[日本語] English
万見
- PDB-3pgj: 2.49 Angstrom resolution crystal structure of shikimate 5-dehydro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pgj
タイトル2.49 Angstrom resolution crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroE) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate
要素Shikimate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Shikimate 5-Dehydrogenase / Shikimate / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha/beta domain
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate metabolic process / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily ...Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SKM / Shikimate dehydrogenase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Light, S.H. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.49 Angstrom resolution crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroE) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate
著者: Halavaty, A.S. / Light, S.H. / Shuvalova, L. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Shikimate dehydrogenase
B: Shikimate dehydrogenase
C: Shikimate dehydrogenase
D: Shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,7948
ポリマ－132,0984
非ポリマー6974
水2,072115
1
A: Shikimate dehydrogenase
D: Shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3974
ポリマ－66,0492
非ポリマー3482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area23410 Å2
手法PISA
2
B: Shikimate dehydrogenase
C: Shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3974
ポリマ－66,0492
非ポリマー3482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area23390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.527, 83.657, 79.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Shikimate dehydrogenase


分子量: 33024.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: aroE, VC_0056 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/Magic / 参照: UniProt: Q9KVT3, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-SKM / (3R,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYCYCLOHEX-1-ENE-1-CARBOXYLIC ACID / SHIKIMATE / シキミ酸


分子量: 174.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Protein: 7.5 mg/mL in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 0.5 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition: The Classic suite H3 (#87) condition (0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M tri-Sodium citrate pH 5.6, 30 ...詳細: Protein: 7.5 mg/mL in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 0.5 M NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition: The Classic suite H3 (#87) condition (0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M tri-Sodium citrate pH 5.6, 30 % (w/v) PEG4000). Crystal was soaked in 25 mM shikimate. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日 / 詳細: Be-Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 34293 / Num. obs: 34293 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 20.77
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Num. unique all: 1679 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O8Q

3o8q


解像度: 2.49→28.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 22.894 / SU ML: 0.232 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24711 1723 5 %RANDOM
Rwork0.19338 ---
obs0.19609 32555 98.68 %-
all-32555 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5 Å20 Å20.58 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3---1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→28.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8261 0 48 115 8424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0228475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.96211459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.825313948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg0.93851073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg18.35924.308390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg5.85151429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.1981557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5781.55316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1071.52215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13228468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84833159
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1034.52991
LS精密化 シェル解像度: 2.491→2.556 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 118 -
Rwork0.256 1991 -
obs-1991 82.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8318-1.2131-1.86424.98841.17694.0446-0.1852-0.3586-0.33660.50610.27970.12120.21560.188-0.09450.06980.08910.04830.25190.11580.27234.2868-9.824337.2569
21.78840.8541-0.93353.5074-1.4951.9215-0.13160.071-0.2936-0.31660.09930.39110.2281-0.05860.03230.03960.018-0.01290.2239-0.01270.2379.3342-2.9420.2124
32.58760.963-0.91383.0117-0.75691.77380.0637-0.20570.0034-0.0016-0.0256-0.0994-0.06270.2242-0.03810.01320.0316-0.00590.23370.01280.179417.32396.356324.8302
43.1956-0.4590.63292.8471-0.78015.45150.0303-0.03580.3288-0.17720.13670.134-0.2994-0.4289-0.16710.0736-0.02240.0920.15130.01010.3373-35.072715.2593.8884
58.1807-1.66091.32863.8831.63495.3885-0.3292-1.29530.74060.2478-0.0507-0.1111-0.2563-0.76430.37990.05040.0768-0.01230.4588-0.14190.2821-19.583912.737523.5415
66.8171-0.27674.07851.0875-0.91444.37830.12110.1182-0.0337-0.19-0.0772-0.15780.42910.3726-0.04380.12280.05330.11160.13560.00710.2599-18.1754.98927.934
75.22382.30020.01887.5897-1.774.9374-0.0892-0.072-0.04060.1198-0.02230.0270.1635-0.10880.11150.0587-0.03120.03930.10990.02310.1166-28.577912.8602-16.0135
84.9417-0.28881.16821.2256-1.41594.7825-0.14140.58710.3234-0.20680.17190.1005-0.1854-0.1333-0.03050.1914-0.1094-0.0010.33680.04620.3177-30.042223.1337-36.538
94.3287-2.77051.69038.5025-5.326.78060.11560.13050.2441-0.32890.65331.22840.1527-1.5012-0.76890.1009-0.1082-0.01620.5950.10360.5376-44.398718.8229-30.4222
106.835-1.7628-0.08865.7176-0.94583.49020.40240.36510.56-0.1795-0.5123-0.9646-0.21140.46540.10980.1153-0.00860.15280.2140.07610.35124.4608-1.336153.5346
112.70880.8225-2.05643.9547-1.94373.63640.1449-0.34060.44650.83-0.0678-0.5076-0.65760.4192-0.0770.2818-0.0312-0.0830.2917-0.15360.3091-0.3229-4.96273.6907
121.28020.3609-0.57526.569-1.4952.94880.01020.01450.06160.48310.2060.0853-0.0984-0.1571-0.21620.05880.05280.04780.2373-0.05880.2142-10.7782-13.930469.1096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2A81 - 152
3X-RAY DIFFRACTION3A153 - 276
4X-RAY DIFFRACTION4B5 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5B122 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6B197 - 275
7X-RAY DIFFRACTION7C5 - 71
8X-RAY DIFFRACTION8C72 - 202
9X-RAY DIFFRACTION9C203 - 275
10X-RAY DIFFRACTION10D5 - 75
11X-RAY DIFFRACTION11D76 - 169
12X-RAY DIFFRACTION12D170 - 275

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る