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- PDB-3pg9: Thermotoga maritima DAH7P synthase in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pg9
タイトルThermotoga maritima DAH7P synthase in complex with inhibitor
要素Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / Thermotoga maritima / DAH7PS / Shikimate pathway / aromatic biosynthesis / Tyr-bound / Tim barrel / act domain / ferredoxin-like domain / Transferase / Transferase-Transferase inhibitor complex / allosteric regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aldehyde-lyase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase; domain 1 / DAHP synthase ferredoxin-like domain / DAHP synthase ferredoxin-like domain / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, subtype 2 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel ...Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase; domain 1 / DAHP synthase ferredoxin-like domain / DAHP synthase ferredoxin-like domain / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, subtype 2 / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / NITRATE ION / TYROSINE / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Cross, P.J. / Dobson, R.C.J. / Patchett, M.L. / Parker, E.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Tyrosine latching of a regulatory gate affords allosteric control of aromatic amino acid biosynthesis
著者: Cross, P.J. / Dobson, R.C.J. / Patchett, M.L. / Parker, E.J.
履歴
登録2010年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年8月22日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
C: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
D: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
E: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
F: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
G: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
H: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,25823
ポリマ－299,4418
非ポリマー1,81715
水10,178565
1
A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
F: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
G: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,68913
ポリマ－149,7214
非ポリマー9689
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15930 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area44590 Å2
手法PISA
2
C: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
D: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
E: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
H: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,56910
ポリマ－149,7214
非ポリマー8496
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15560 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area44750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.610, 121.002, 133.379
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3- ...3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / DAHP synthase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase


分子量: 37430.137 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 (DSM3109) / 遺伝子: aroF / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9WYH8, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase

-
非ポリマー , 5種, 580分子

#2: 化合物
ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#3: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2M ammonium nitrate, 0.02%(w/v) sodium azide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→52.567 Å / Num. all: 104678 / Num. obs: 104678 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 36.09 Å2 / Rsym value: 0.102
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2.35-2.480.5281.4154760.52898.6
2.48-2.630.3861.9145650.38698.4
2.63-2.810.2872.5136690.28798.2
2.81-3.030.1933.7127010.19397.9
3.03-3.320.1245.6116490.12497.6
3.32-3.720.0857.2105020.08597.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VR6

1vr6


解像度: 2.35→52.567 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8761 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2100 2.01 %Random, Thin shells
Rwork0.1712 ---
obs0.1723 104678 97.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.456 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 242.64 Å2 / Biso mean: 36.1 Å2 / Biso min: 9.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0875 Å20 Å20.2392 Å2
2--0.3073 Å20 Å2
3----0.2198 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→52.567 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20437 0 127 565 21129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00320915
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65428307
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0443299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2197722
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Num. reflection Rfree: 210 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.4340.25450.2016103771058799
2.434-2.53140.26170.1861103151052598
2.5314-2.64660.25730.1843103391054998
2.6466-2.78610.23970.1862103191052998
2.7861-2.96070.24860.1872102971050798
2.9607-3.18930.24840.1842102541046497
3.1893-3.51010.21470.1748102651047597
3.5101-4.01790.23230.1577102101042097
4.0179-5.06150.1860.1385101631037396
5.0615-52.57970.17720.1495100391024994
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2094-0.43290.32830.12070.09793.8644-0.03940.16240.5215-0.37950.02680.151-0.9018-0.29580.00560.29680.01140.00750.10040.03830.1946-13.93947.941329.7771
22.1086-0.12060.32241.20490.06320.10730.0143-0.4316-0.05990.2850.0273-0.14070.0606-0.0572-0.01310.3191-0.0198-0.01550.31080.00060.2195-10.732542.875236.1542
31.21830.25080.13621.45840.40631.3547-0.0875-0.0849-0.07410.25120.0434-0.265-0.14120.10030.05140.0261-0.0077-0.08190.08490.0080.151914.108126.367662.6002
41.49-1.725-3.16244.21221.98458.0032-1.04820.50191.04850.3642-0.34920.7543-0.7575-0.62591.2870.7314-0.1258-0.32090.73480.09491.1551-6.549223.977276.6342
51.8021-0.64561.1582.465-0.11353.1809-0.169-0.17550.40630.4718-0.2452-0.0033-0.7498-0.07390.40670.22640.005-0.09610.1754-0.07150.1957.910933.703869.9063
62.34260.3493-0.41480.40790.21560.8992-0.1210.02010.03270.10530.0363-0.0208-0.1336-0.02090.10960.1638-0.0117-0.03680.10790.00260.12111.902127.387152.6944
71.7561.1723-0.14470.6826-0.55442.85130.04080.067-0.22760.1286-0.109-0.36450.3652-0.13450.02460.14410.0199-0.05380.07680.02350.201210.600713.108961.9885
81.6333-0.79390.23933.6351-1.01441.26190.1588-0.1783-0.3806-0.0883-0.03920.74880.1446-0.1901-0.15630.29490.0140.00650.29430.1070.4176-26.2202-3.603468.7566
90.7870.02050.20920.8701-0.80061.0337-0.0665-0.1063-0.2587-0.20290.21540.14660.0978-0.0474-0.06210.2130.01080.00050.10080.070.2309-16.8049-2.856659.4517
102.67930.7074-0.92780.8840.77021.4959-0.05150.1988-0.1386-0.203-0.0879-0.27080.31970.36150.160.19480.08250.05870.136-0.02280.17298.0571-0.176130.7694
115.0101-2.42330.25663.2769-1.21082.19460.19340.48940.41620.4795-0.17380.2223-1.314-0.4763-0.15180.51220.16750.05510.33240.00860.2902-9.02359.814322.1459
121.28461.32410.53741.8158-0.14261.5616-0.0522-0.0063-0.0341-0.3375-0.03670.33620.3521-0.21080.07850.28820.0273-0.01610.1459-0.06130.1882-5.8218-3.747828.6783
130.6530.38010.39071.50580.95651.56040.0204-0.1134-0.0695-0.0591-0.00260.16940.0731-0.0017-0.01450.1769-0.00650.01650.08140.00250.1766-5.68714.375446.0572
140.48170.2455-0.65550.28610.33172.60260.0796-0.09490.0186-0.00980.0376-0.1685-0.16030.0872-0.12020.1490.02540.05310.12360.00020.15968.96811.351135.875
151.7559-0.5587-0.22091.38290.57130.5132-0.1319-0.07240.02840.27650.0720.10220.0577-0.0520.06090.20610.0417-0.03370.1401-0.03140.1677-28.72738.66096.159
161.8794-2.2313-0.55254.38990.6360.223-0.3841-0.31880.09060.86510.2055-0.14970.0220.19840.10130.21280.1136-0.04290.1885-0.02840.0675-14.978123.34445.2666
171.1962-0.8637-0.13890.64950.31891.6958-0.0394-0.0014-0.27180.39270.2361-0.24420.47770.1096-0.2020.33690.0852-0.11080.1987-0.0310.2339-7.9929-5.9656-1.8999
180.2239-1.18440.34818.035-1.08190.8507-0.2412-1.0450.158-0.62610.9142-0.03230.0739-0.0442-0.56490.49410.0878-0.10220.6983-0.27310.7714-30.8203-10.187-5.3135
191.0352-0.5082-0.49283.2018-0.02562.1192-0.2148-0.5635-0.05021.1280.48860.07120.3077-0.2613-0.16070.420.04810.05080.26320.09040.2334-18.9212-5.32495.5919
201.735-0.37780.61581.8206-0.51440.5938-0.10940.125-0.0349-0.00660.0746-0.02670.11280.06420.02180.17430.0373-0.00630.1155-0.02290.0627-17.286111.2995-4.2757
210.60930.01580.84621.4881-0.01491.15560.12480.1623-0.1041-0.07810.135-0.04670.24910.1656-0.21440.21880.0785-0.01480.2001-0.05420.2185-9.2092-2.7176-13.8132
220.46390.54590.38620.8114-0.11861.40130.15580.0020.020.2031-0.028-0.15540.0548-0.0289-0.08150.29170.0001-0.01110.2010.10310.262140.494-60.812639.2146
230.95860.06420.17011.7348-0.6191.5431-0.3526-0.4082-0.04780.70610.55470.5887-0.1825-0.4067-0.24560.17610.05130.20610.31870.05910.18942.0426-40.811732.6247
243.81843.1794-0.69572.6667-0.42792.161-0.283-0.0120.2476-0.4492-0.3919-0.0717-0.39290.52320.50160.4844-0.083-0.08360.43260.16160.411512.9951-22.563727.5363
251.0342-0.17740.23931.2031-0.78130.4654-0.2225-0.4343-0.05991.01840.16920.1659-0.1432-0.0773-0.0060.48250.18020.12590.3678-0.09170.25484.0681-27.712937.4271
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502.75690.69580.19541.62890.64760.74480.2363-0.1147-0.2279-0.01920.0341-0.12140.3261-0.0378-0.19270.35880.006-0.05930.3408-0.05720.288551.3894-11.9897-28.2103
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:34)A1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 35:67)A35 - 67
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16X-RAY DIFFRACTION16(chain C and resid 63:76)C63 - 76
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 77:129)C77 - 129
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24X-RAY DIFFRACTION24(chain D and resid 126:140)D126 - 140
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30X-RAY DIFFRACTION30(chain E and resid 68:82)E68 - 82
31X-RAY DIFFRACTION31(chain E and resid 83:136)E83 - 136
32X-RAY DIFFRACTION32(chain E and resid 137:182)E137 - 182
33X-RAY DIFFRACTION33(chain E and resid 183:208)E183 - 208
34X-RAY DIFFRACTION34(chain E and resid 209:267)E209 - 267
35X-RAY DIFFRACTION35(chain E and resid 268:338)E268 - 338
36X-RAY DIFFRACTION36(chain F and resid 1:67)F1 - 67
37X-RAY DIFFRACTION37(chain F and resid 68:125)F68 - 125
38X-RAY DIFFRACTION38(chain F and resid 126:143)F126 - 143
39X-RAY DIFFRACTION39(chain F and resid 144:236)F144 - 236
40X-RAY DIFFRACTION40(chain F and resid 237:249)F237 - 249
41X-RAY DIFFRACTION41(chain F and resid 250:269)F250 - 269
42X-RAY DIFFRACTION42(chain F and resid 270:338)F270 - 338
43X-RAY DIFFRACTION43(chain G and resid 1:65)G1 - 65
44X-RAY DIFFRACTION44(chain G and resid 66:91)G66 - 91
45X-RAY DIFFRACTION45(chain G and resid 92:131)G92 - 131
46X-RAY DIFFRACTION46(chain G and resid 132:158)G132 - 158
47X-RAY DIFFRACTION47(chain G and resid 159:205)G159 - 205
48X-RAY DIFFRACTION48(chain G and resid 206:267)G206 - 267
49X-RAY DIFFRACTION49(chain G and resid 268:338)G268 - 338
50X-RAY DIFFRACTION50(chain H and resid 1:66)H1 - 66
51X-RAY DIFFRACTION51(chain H and resid 67:125)H67 - 125
52X-RAY DIFFRACTION52(chain H and resid 126:144)H126 - 144
53X-RAY DIFFRACTION53(chain H and resid 145:206)H145 - 206
54X-RAY DIFFRACTION54(chain H and resid 207:267)H207 - 267
55X-RAY DIFFRACTION55(chain H and resid 268:297)H268 - 297
56X-RAY DIFFRACTION56(chain H and resid 298:338)H298 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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