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Yorodumi- PDB-1vr6: Crystal structure of Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1vr6 | ||||||
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Title | Crystal structure of Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase (DAHP synthase) (TM0343) from Thermotoga Maritima at 1.92 A resolution | ||||||
Components | Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / TM0343 / PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE (EC 2.5.1.54) (DAHP SYNTHASE) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aldehyde-lyase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.92 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase (DAHP synthase) (TM0343) from Thermotoga Maritima at 1.92 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1vr6.cif.gz | 277 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1vr6.ent.gz | 223.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1vr6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1vr6_validation.pdf.gz | 458 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1vr6_full_validation.pdf.gz | 475 KB | Display | |
Data in XML | 1vr6_validation.xml.gz | 53.7 KB | Display | |
Data in CIF | 1vr6_validation.cif.gz | 76.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vr6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1rzmS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 6
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 38891.762 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Gene: TM0343 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9WYH8, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 43.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop, nanodrop / pH: 5.5 Details: 35.0% Ethylene-Glycol, 0.1M Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 3, 2004 / Details: fixed-height exit beam, toroidal focusing mirror |
Radiation | Monochromator: Double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.92→47.76 Å / Num. obs: 102464 / % possible obs: 98.79 % / Redundancy: 3.57 % / Biso Wilson estimate: 44.73 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 23.07 |
Reflection shell | Resolution: 1.93→1.96 Å / Redundancy: 2.63 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique all: 4594 / Rsym value: 0.659 / % possible all: 90.38 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1RZM Resolution: 1.92→47.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 7.386 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.142 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THERE IS A LARGE POSITIVE PEAK BETWEEN RESIDUE 211 OF CHAINS A AND C AND B AND D.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.205 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.92→47.76 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.92→1.975 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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