+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pg9 | ||||||
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Title | Thermotoga maritima DAH7P synthase in complex with inhibitor | ||||||
Components | Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase | ||||||
Keywords | Transferase/Transferase inhibitor / Thermotoga maritima / DAH7PS / Shikimate pathway / aromatic biosynthesis / Tyr-bound / Tim barrel / act domain / ferredoxin-like domain / Transferase / Transferase-Transferase inhibitor complex / allosteric regulation | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aldehyde-lyase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Cross, P.J. / Dobson, R.C.J. / Patchett, M.L. / Parker, E.J. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Tyrosine latching of a regulatory gate affords allosteric control of aromatic amino acid biosynthesis Authors: Cross, P.J. / Dobson, R.C.J. / Patchett, M.L. / Parker, E.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
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PDB format | pdb3pg9.ent.gz | 857.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pg9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3pg9_validation.pdf.gz | 519 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3pg9_full_validation.pdf.gz | 549.4 KB | Display | |
Data in XML | 3pg9_validation.xml.gz | 96.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3pg9_validation.cif.gz | 131.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pg9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3pg8C 1vr6S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 37430.137 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Strain: MSB8 (DSM3109) / Gene: aroF / Plasmid: pT7-7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q9WYH8, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase |
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-Non-polymers , 5 types, 580 molecules
#2: Chemical | ChemComp-TYR / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NO3 / #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2M ammonium nitrate, 0.02%(w/v) sodium azide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 24, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→52.567 Å / Num. all: 104678 / Num. obs: 104678 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 36.09 Å2 / Rsym value: 0.102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 3 %
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1VR6 Resolution: 2.35→52.567 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8761 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / Phase error: 20.51 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.456 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 242.64 Å2 / Biso mean: 36.1 Å2 / Biso min: 9.95 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→52.567 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Num. reflection Rfree: 210 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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