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- PDB-3pfe: Crystal structure of a M20A metallo peptidase (dapE, lpg0809) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pfe
タイトルCrystal structure of a M20A metallo peptidase (dapE, lpg0809) from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. philadelphia 1 at 1.50 A resolution
要素Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
キーワードHYDROLASE / METAL BINDING / MEROPS M20 FAMILIY / PHOSPHORYLASE/HYDROLASE-LIKE FOLD / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich ...: / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a M20A metallo peptidase (dapE, lpg0809) from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. philadelphia 1 at 1.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,95325
ポリマ－53,3121
非ポリマー1,64124
水9,476526
1
A: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子

A: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,90650
ポリマ－106,6232
非ポリマー3,28348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area16680 Å2
ΔGint-472 kcal/mol
Surface area32400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.388, 178.600, 50.803
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-679-

HOH

詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS AND ANALYTICAL SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIC STATE IN SOLUTION.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Succinyl-diaminopimelate desuccinylase


分子量: 53311.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: dapE, lpg0809 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5ZXC3

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非ポリマー , 6種, 550分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20.00% polyethylene glycol 6000, 1.00M lithium chloride, 0.1M MES pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97922
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→29.767 Å / Num. all: 87563 / Num. obs: 87563 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 16.089 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.5-1.544.90.77213106563860.772100
1.54-1.584.90.6251.23010861930.625100
1.58-1.634.90.5241.52966060790.524100
1.63-1.684.90.4211.82873658790.421100
1.68-1.734.90.3532.22806857320.353100
1.73-1.794.90.2892.72717455370.289100
1.79-1.864.90.2243.42643853670.224100
1.86-1.944.90.1834.12522751240.183100
1.94-2.024.90.1445.12456049790.144100
2.02-2.124.90.1265.72347347670.126100
2.12-2.244.90.1146.22218545000.114100
2.24-2.374.90.1076.42117642880.107100
2.37-2.544.90.1046.51990640260.104100
2.54-2.744.90.097.71849637650.09100
2.74-34.90.0768.91735435140.076100
3-3.354.90.079.21549231590.07100
3.35-3.874.90.0639.91372128220.063100
3.87-4.744.80.05411.81156924030.054100
4.74-6.714.70.06110.5898019220.061100
6.71-29.7674.30.0649.7483811210.06498.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
SCALA3.3.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.767 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 2.029 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.059 / 位相誤差: 0.056
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3.ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4.WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5.CHLORIDE (CL) AND POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 6.GLYCEROL (GOL) FROM THE CRYOPROTECTANT AND IMIDAZOLE (IMD) FROM THE PURIFICATION BUFFER HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 7.ZINC (ZN) HAS BEEN MODELED BASED ON AN ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAP AND X-RAY FLUORESCENCE EXCITATION SCAN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.163 4389 5 %RANDOM
Rwork0.1376 ---
obs0.1389 87480 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.75 Å2 / Biso mean: 21.667 Å2 / Biso min: 8.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3676 0 84 526 4286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5781.9855708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92737141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3675565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.4825.112178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.15915729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7381516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.51932547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.46331017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.50154157
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.19981625
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.137111518
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 298 -
Rwork0.248 6060 -
all-6358 -
obs--99.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.4328 Å / Origin y: 21.5784 Å / Origin z: 36.2128 Å
111213212223313233
T0.0256 Å20.0043 Å20.0066 Å2-0.0213 Å2-0.0027 Å2--0.0088 Å2
L0.3861 °2-0.1848 °20.1503 °2-0.3289 °2-0.1788 °2--0.1693 °2
S-0.0119 Å °0.0181 Å °0.0087 Å °0.011 Å °0.019 Å °0.0056 Å °0.0086 Å °-0.0155 Å °-0.0072 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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