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- PDB-3pf5: Crystal structure of Bs-CspB in complex with rU6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pf5
タイトルCrystal structure of Bs-CspB in complex with rU6
要素
  • Cold shock protein cspB
  • hexaribouracil (rU6)
キーワードGENE REGULATION/RNA / BETA BARREL / PROTEIN-RNA complex / COLD SHOCK RESPONSE / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSLATION REGULATION / OB fold / cold shock domain / RNA/DNA binding / single-stranded RNA and DNA / cytosol / GENE REGULATION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / regulation of gene expression / nucleic acid binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Cold shock protein CspB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Sachs, R. / Max, K.E.A. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2012
タイトル: RNA single strands bind to a conserved surface of the major cold shock protein in crystals and solution.
著者: Sachs, R. / Max, K.E. / Heinemann, U. / Balbach, J.
履歴
登録2010年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月14日Group: Database references
改定 1.22011年12月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cold shock protein cspB
B: Cold shock protein cspB
R: hexaribouracil (rU6)
S: hexaribouracil (rU6)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3535
ポリマ－18,3284
非ポリマー241
水3,207178
1
A: Cold shock protein cspB
S: hexaribouracil (rU6)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1883
ポリマ－9,1642
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4660 Å2
手法PISA
2
B: Cold shock protein cspB
R: hexaribouracil (rU6)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1642
ポリマ－9,1642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.038, 49.769, 57.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cold shock protein cspB / Major cold shock protein


分子量: 7372.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU09100, cspA, cspB / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P32081
#2: RNA鎖 hexaribouracil (rU6)


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.61 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: protein buffer: 50mM TRIS, 20mM Na-HEPES, pH 7.5; Bs-CspB.rU6 complex concentration: 70mg/ml; crystallization buffer: 31% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: protein buffer: 50mM TRIS, 20mM Na-HEPES, pH 7.5; Bs-CspB.rU6 complex concentration: 70mg/ml; crystallization buffer: 31% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月12日 / 詳細: mirrors, slits
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→17.5 Å / Num. all: 15961 / Num. obs: 15961 / % possible obs: 96.08 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.87 % / Biso Wilson estimate: 25.148 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 10.48
反射 シェル解像度: 1.68→1.72 Å / 冗長度: 2.84 % / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique all: 1033 / Rsym value: 0.545 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CSP

1csp


解像度: 1.68→17.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.445 / SU ML: 0.081 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC + TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23466 798 5 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
all0.18252 15162 --
obs0.18252 15162 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.765 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----1.21 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.217 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→17.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1036 117 1 178 1332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221219
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4592.0621673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98131949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8465143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3326.20758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.61915186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.603152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.2797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2658
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0090.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0932862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2832286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34131064
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6034.5654
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4656601
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.723 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.332 56
Rwork0.22 1071

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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