+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pcs | ||||||
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Title | Structure of EspG-PAK2 autoinhibitory Ialpha3 helix complex | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT/TRANSFERASE / BACTERIAL EFFECTOR / KINASE / AUTOINHIBITORY IALPHA3 HELIX / PROTEIN TRANSPORT-TRANSFERASE complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / Regulation of PAK-2p34 activity by PS-GAP/RHG10 / protein localization to cell-cell junction / Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / dendritic spine development / bicellular tight junction assembly / adherens junction assembly / Nef and signal transduction / cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway ...: / Regulation of PAK-2p34 activity by PS-GAP/RHG10 / protein localization to cell-cell junction / Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / dendritic spine development / bicellular tight junction assembly / adherens junction assembly / Nef and signal transduction / cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Activation of RAC1 / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / negative regulation of stress fiber assembly / RHOV GTPase cycle / regulation of axonogenesis / protein tyrosine kinase activator activity / RHOJ GTPase cycle / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / regulation of MAPK cascade / regulation of cytoskeleton organization / RHOQ GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / cellular response to organic cyclic compound / RHOU GTPase cycle / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / Generation of second messenger molecules / RHOG GTPase cycle / Smooth Muscle Contraction / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / phosphorylation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / RAC1 GTPase cycle / CD209 (DC-SIGN) signaling / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / VEGFR2 mediated vascular permeability / secretory granule / FCERI mediated MAPK activation / negative regulation of protein kinase activity / MAPK6/MAPK4 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / small GTPase binding / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell-cell junction / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / cadherin binding / protein phosphorylation / cysteine-type endopeptidase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.86 Å | ||||||
Authors | Tomchick, D.R. / Alto, N.M. / Selyunin, A.S. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2011 Title: The assembly of a GTPase-kinase signalling complex by a bacterial catalytic scaffold. Authors: Selyunin, A.S. / Sutton, S.E. / Weigele, B.A. / Reddick, L.E. / Orchard, R.C. / Bresson, S.M. / Tomchick, D.R. / Alto, N.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
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PDB format | pdb3pcs.ent.gz | 480.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pcs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
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Full document | 3pcs_full_validation.pdf.gz | 513.1 KB | Display | |
Data in XML | 3pcs_validation.xml.gz | 51.4 KB | Display | |
Data in CIF | 3pcs_validation.cif.gz | 69.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/3pcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/3pcs | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3pcrSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39611.438 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: O157:H7 / Gene: ECs4590, espG, Z5142 / Plasmid: pPRO-EX-HTb / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q7DB50 #2: Protein/peptide | Mass: 1842.097 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 121-136 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PAK2 / Plasmid: pGEX-4TI1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q13177, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 22% PEG 4000, 0.25 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.0, 15% ethylene glycol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97899 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: SBC-3 / Detector: CCD / Date: Dec 16, 2009 / Details: monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97899 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. all: 44259 / Num. obs: 44259 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3PCR Resolution: 2.86→40.5 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.44 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 76.93 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.47 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.86→40.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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