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- PDB-3pcr: Structure of EspG-Arf6 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pcr
タイトルStructure of EspG-Arf6 complex
要素
  • ADP-ribosylation factor 6
  • EspG
キーワードPROTEIN TRANSPORT / BACTERIAL EFFECTOR / SMALL G PROTEIN / SMALL GTP-BINDING PROTEIN / ARF / ADP-RIBOSYLATION FACTOR 6
機能・相同性
機能・相同性情報


erythrocyte apoptotic process / maintenance of postsynaptic density structure / protein localization to cleavage furrow / positive regulation of mitotic cytokinetic process / establishment of epithelial cell polarity / regulation of dendritic spine development / negative regulation of protein localization to cell surface / protein localization to endosome / regulation of Rac protein signal transduction / negative regulation of dendrite development ...erythrocyte apoptotic process / maintenance of postsynaptic density structure / protein localization to cleavage furrow / positive regulation of mitotic cytokinetic process / establishment of epithelial cell polarity / regulation of dendritic spine development / negative regulation of protein localization to cell surface / protein localization to endosome / regulation of Rac protein signal transduction / negative regulation of dendrite development / ruffle assembly / regulation of filopodium assembly / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / endocytic recycling / MET receptor recycling / thioesterase binding / Flemming body / filopodium membrane / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / cortical actin cytoskeleton organization / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of actin filament polymerization / cleavage furrow / endocytic vesicle / regulation of presynapse assembly / synaptic vesicle endocytosis / ruffle / vesicle-mediated transport / signaling adaptor activity / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein secretion / liver development / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of neuron projection development / intracellular protein transport / recycling endosome membrane / GDP binding / nervous system development / Clathrin-mediated endocytosis / presynapse / G protein activity / early endosome membrane / midbody / cell cortex / cell differentiation / cell adhesion / endosome / postsynapse / cell division / cysteine-type endopeptidase activity / focal adhesion / GTPase activity / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
EspG protein, N-terminal domain / Cysteine protease, VirA/EspG / Cysteine protease, VirA/EspG, N-terminal / EspG protein / ADP-ribosylation factor 6 / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family ...EspG protein, N-terminal domain / Cysteine protease, VirA/EspG / Cysteine protease, VirA/EspG, N-terminal / EspG protein / ADP-ribosylation factor 6 / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor 6 / T3SS secreted effector EspG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Alto, N.M. / Selyunin, A.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: The assembly of a GTPase-kinase signalling complex by a bacterial catalytic scaffold.
著者: Selyunin, A.S. / Sutton, S.E. / Weigele, B.A. / Reddick, L.E. / Orchard, R.C. / Bresson, S.M. / Tomchick, D.R. / Alto, N.M.
履歴
登録2010年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EspG
B: ADP-ribosylation factor 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4434
ポリマ－58,8952
非ポリマー5472
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.566, 104.566, 98.238
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 EspG / EspG protein


分子量: 40033.488 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 42-398 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: ECs4590, espG, Z5142 / プラスミド: pPRO-EX-HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7DB50
#2: タンパク質 ADP-ribosylation factor 6


分子量: 18861.986 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 14-175 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARF6 / プラスミド: pPRO-EX-HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62330
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 5% 2,3-methylpentanediol, pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97956, 0.97989, 0.97188
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979561
20.979891
30.971881
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 34977 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.549.80.839490.9671100
2.54-2.599.70.7329380.971100
2.59-2.649.80.6049500.9561100
2.64-2.699.80.4749650.9611100
2.69-2.759.70.3949560.9621100
2.75-2.829.80.3229500.9221100
2.82-2.899.70.2669560.9841100
2.89-2.969.70.2179530.9561100
2.96-3.059.70.1619570.9921100
3.05-3.159.70.1199481.0191100
3.15-3.269.70.0959731.0261100
3.26-3.399.70.0749661.0511100
3.39-3.559.70.069581.0331100
3.55-3.739.60.059771.1291100
3.73-3.979.60.0439721.062199.9
3.97-4.279.50.0369751.002199.9
4.27-4.79.50.0329920.977199.8
4.7-5.389.40.0319940.93199.8
5.38-6.789.10.03110110.94199.6
6.78-508.10.02910720.959197

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.001 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7427 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE HIGHER-THAN-AVERAGE RFREE VALUE IS PROBABLY DUE TO THE RELATIVE DEARTH OF LATTICE CONTACTS FOR THE ARF6 MOLECULE, AS EVIDENCED BY WEAK ELECTRON DENSITY FOR THE PORTIONS OF ARF6 THAT ARE ...詳細: THE HIGHER-THAN-AVERAGE RFREE VALUE IS PROBABLY DUE TO THE RELATIVE DEARTH OF LATTICE CONTACTS FOR THE ARF6 MOLECULE, AS EVIDENCED BY WEAK ELECTRON DENSITY FOR THE PORTIONS OF ARF6 THAT ARE DISTAL TO THE ESPG-BINDING SITE. THE DENSITY FOR THE PORTIONS OF ARF6 THAT ARE PROXIMAL TO ESPG AND THE MG2+-GTP IS STRONG AND WELL CONNECTED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3264 1804 5.16 %RANDOM
Rwork0.2228 ---
all0.2278 34977 --
obs0.2278 34977 97.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.73 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 258.54 Å2 / Biso mean: 64.0262 Å2 / Biso min: 5.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8779 Å20 Å20 Å2
2--0.8779 Å2-0 Å2
3----1.7557 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4000 0 33 134 4167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2655601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2441543
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.59040.43361520.30852620277278
2.5904-2.69410.41412180.28393272349097
2.6941-2.81660.36772040.270333893593100
2.8166-2.96490.47521840.278834073591100
2.9649-3.15050.33671690.238134063575100
3.1505-3.39340.29581870.236134143601100
3.3934-3.73420.31961790.217534083587100
3.7342-4.27310.32251840.190833953579100
4.2731-5.37810.24681690.180834353604100
5.3781-29.00330.29611580.206334273585100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86920.2655-0.83480.8523-0.39361.68080.210.37920.3839-0.3302-0.3317-0.231-0.0370.39250.05580.0141-0.00740.01450.190.15110.2607-10.5743-2.0037-22.2513
20.81950.3980.50760.32790.42421.01320.3318-0.0667-0.00420.0398-0.2199-0.14860.01360.17560.44170.1331-0.00470.07610.22960.23310.2623-17.2618-0.5503-14.534
30.28210.02-0.0040.2418-0.04130.13020.12210.16490.0351-0.1322-0.0940.1839-0.1019-0.0596-0.0201-0.0293-0.12340.19310.03840.36390.1321-25.63456.0643-23.0193
40.18730.1172-0.11480.1551-0.12480.09620.18320.0309-0.16780.0226-0.1151-0.0011-0.0812-0.01410.2582-0.1331-0.62360.48-0.26320.53750.2005-16.01447.3006-23.3994
52.32210.64520.22760.98141.11711.58870.44960.57360.0894-0.02440.1372-0.2634-0.0986-0.3688-0.26230.14190.07230.03590.10920.11210.3304-27.4688-8.1912-23.2255
61.10730.4870.14970.66350.84621.37390.62180.1689-0.30430.04620.0499-0.74920.60640.1082-0.580.52230.1036-0.12580.6552-0.07180.9228-15.655-20.7843-14.4513
71.8240.17281.4111.42570.84482.26250.7485-0.5568-0.29020.2235-0.3307-0.45830.7209-0.8099-0.5350.147-0.047-0.1441-0.03820.29290.3368-27.0427-12.3953-12.9761
80.38870.2643-0.1490.99290.11830.09490.3827-0.3202-0.08880.6698-0.0184-0.39530.355-0.2148-0.1070.1801-0.3274-0.00890.12470.4270.0523-32.5205-8.2092.1838
91.91120.94740.00970.62490.08051.69560.6083-0.89990.01850.4636-0.43420.09940.0421-0.7038-0.30690.2595-0.21460.04720.31320.14620.1303-29.7952-0.7785.3746
100.660.27610.20620.1210.04381.26440.1231-0.1764-0.4757-0.1193-0.097-0.4840.8732-0.4199-0.28190.4909-0.2149-0.21570.08350.18240.5295-30.9563-28.5804-12.1328
110.28-0.0444-0.27070.03640.17410.820.2087-0.5356-0.0909-0.340.13960.2884-0.1375-0.3637-0.11930.2072-0.1321-0.23770.09230.18620.2133-28.3272-2.2508-4.716
121.1120.6470.52190.4515-0.05832.14510.3604-0.1588-0.5475-0.05080.1555-0.24110.78590.0466-0.1280.2408-0.1219-0.14170.10830.13490.2754-29.9153-17.1234-15.5614
131.06670.299-0.29860.8337-0.08481.71920.4966-0.1782-0.3024-0.0025-0.09080.00590.2094-0.42310.6020.0855-0.15180.00550.22210.24740.1651-35.7534-6.1873-8.7009
141.2684-0.8363-1.19292.04080.36361.24220.4740.4486-0.1475-0.9035-0.17950.43260.2853-1.5165-0.41571.16490.4131-0.47051.96820.04620.1648-43.2649-15.9201-44.6728
151.3420.322-0.78940.3123-0.32872.96230.268-0.10410.0868-0.25470.36630.16150.5377-1.5949-0.36050.2588-0.2297-0.20220.66660.21890.1624-39.5392-18.6801-33.2827
161.3059-1.80130.80242.8651-1.41282.8950.57120.13390.0811-0.43950.48630.1474-0.1971-1.7538-0.69480.32050.1692-0.05770.61740.43410.3183-39.1977-12.5641-32.0515
171.7698-0.0320.1091.9049-1.03630.64620.0807-0.1160.1546-0.69220.76250.3990.7474-1.7299-1.09180.5260.193-0.04111.07670.4760.417-38.7568-16.0802-42.6603
180.04270.0178-0.05990.0088-0.02610.0815-0.0885-0.3489-0.0970.07250.04960.0820.0489-0.01870.03020.82460.4006-0.29771.92210.42071.3454-55.0566-10.9137-33.79
190.3386-0.03020.08670.82880.40260.28730.58580.1418-0.0415-0.5212-1.0973-0.2352-0.2267-1.07620.37030.97220.121-0.44081.37840.38640.568-49.2035-15.3634-42.9547
206.64622.61711.22072.7711.26840.88650.3523-0.4220.32560.4873-0.6077-0.11150.6765-0.65880.24861.1347-0.893-0.1121.4495-0.11660.6807-53.4712-27.6432-26.988
210.11090.005-0.00660.0056-0.01920.0550.0561-0.35630.1737-0.0364-0.08450.13480.0615-0.273-0.00260.7323-0.0732-0.32181.8286-0.0671.3251-59.5966-22.5783-35.4163
223.0338-0.2938-1.08374.15470.78431.41120.2374-0.13340.6403-1.15620.00720.2148-0.42010.0527-0.33051.1999-0.366-0.50770.98740.61131.2496-57.1764-15.1218-48.0474
230.0118-0.00160.00770.01520.02260.03150.4370.34480.11010.55-0.0262-0.05650.4954-0.2434-0.30520.9829-0.0589-0.28841.512-0.08450.5275-47.3541-25.3564-41.4517
241.17251.5804-1.57613.0239-2.55963.05450.5913-0.4292-0.32710.2263-0.50410.02210.3634-0.2619-0.17511.4027-0.5706-0.42391.090.26920.6273-46.749-34.6655-28.2631
250.41920.68730.86241.96520.42463.9068-0.62320.32450.4738-0.49410.13610.4778-0.8680.56930.47521.6127-1.0218-0.67251.20240.05651.4027-54.1481-35.1449-36.5576
260.04030.1342-0.09050.5104-0.39930.33450.08240.0278-0.10640.2456-0.2598-0.128-0.0622-0.00540.06911.4335-0.4049-0.99791.04670.11071.0113-59.1703-30.7129-46.167
270.471-0.192-0.62540.72120.50311.01430.14370.163-0.06790.0251-0.33310.0818-0.4942-0.36260.25551.2521-0.076-0.30610.545-0.03930.5022-44.825-29.0973-40.5559
280.30790.0837-0.26930.1545-0.05840.9703-0.0426-0.2574-0.332-0.104-0.3815-0.0886-0.629-0.26730.30081.39250.0338-0.4960.4892-0.13960.3771-39.337-26.6895-46.0346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 47:66)A47 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 67:104)A67 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 105:115)A105 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 116:138)A116 - 138
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 139:158)A139 - 158
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 159:164)A159 - 164
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 165:187)A165 - 187
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 188:236)A188 - 236
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 237:301)A237 - 301
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 302:321)A302 - 321
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 322:337)A322 - 337
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 338:356)A338 - 356
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 357:395)A357 - 395
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 14:18)B14 - 18
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 19:37)B19 - 37
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 38:52)B38 - 52
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 53:67)B53 - 67
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 68:75)B68 - 75
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 76:88)B76 - 88
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 89:95)B89 - 95
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 96:105)B96 - 105
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 106:113)B106 - 113
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 114:123)B114 - 123
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 124:131)B124 - 131
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 132:138)B132 - 138
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 139:146)B139 - 146
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 147:159)B147 - 159
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 160:173)B160 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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