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- PDB-3p9f: Urate oxidase-azaxanthine-azide ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p9f
タイトルUrate oxidase-azaxanthine-azide ternary complex
要素Uricase
キーワードOXYGEN BINDING / INHIBITION / DEGRADATION MECHANISM / PEROXISOME / PURINE METABOLISM / HETEROTETRAMER / OXYGEN BINDING OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / purine nucleobase catabolic process / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-AZAXANTHINE / AZIDE ION / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gabison, L. / Colloc'H, N. / El Hajji, M. / Castro, B. / Chiadmi, M. / Prange, T.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Azide and cyanide have different inhibition modes of urate oxidase
著者: Gabison, L. / Colloc'h, N. / El Hajji, M. / Castro, B. / Chiadmi, M. / Prange, T.
#1: ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of urate oxidase in complex with its natural substrate inhibited by cyanide: mechanistic implications.
著者: Gabison, L. / Prange, T. / Colloc'h, N. / El Hajji, M. / Castro, B. / Chiadmi, M.
履歴
登録2010年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4445
ポリマ－34,1841
非ポリマー2604
水6,017334
1
A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子

A: Uricase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,77520
ポリマ－136,7344
非ポリマー1,04116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area27600 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area42760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.730, 95.177, 104.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Uricase / Urate oxidase


分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE


分子量: 153.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3N5O2
#3: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10
詳細: 50 MM TRIS BUFFER, 0.3 M SODIUM AZIDE, SATURATED WITH AZAXANTHINE, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.982 / 波長: 0.982 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月13日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.982 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→26.7 Å / Num. all: 43877 / Num. obs: 43286 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3L8W

3l8w


解像度: 1.7→10 Å / Num. parameters: 10995 / Num. restraintsaints: 9911 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 2727 6 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.189 43193 99.9 %-
all-43877 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2715.6
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 18 334 2714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.073
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.049
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.133
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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