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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3p9f | ||||||
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タイトル | Urate oxidase-azaxanthine-azide ternary complex | ||||||
要素 | Uricase | ||||||
キーワード | OXYGEN BINDING / INHIBITION / DEGRADATION MECHANISM / PEROXISOME / PURINE METABOLISM / HETEROTETRAMER / OXYGEN BINDING OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus flavus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Gabison, L. / Colloc'H, N. / El Hajji, M. / Castro, B. / Chiadmi, M. / Prange, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Azide and cyanide have different inhibition modes of urate oxidase 著者: Gabison, L. / Colloc'h, N. / El Hajji, M. / Castro, B. / Chiadmi, M. / Prange, T. #1: ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structural analysis of urate oxidase in complex with its natural substrate inhibited by cyanide: mechanistic implications. 著者: Gabison, L. / Prange, T. / Colloc'h, N. / El Hajji, M. / Castro, B. / Chiadmi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3p9f.cif.gz | 83 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3p9f.ent.gz | 59.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3p9f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3p9f_validation.pdf.gz | 434.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3p9f_full_validation.pdf.gz | 435.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3p9f_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3p9f_validation.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/3p9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/3p9f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3l8wS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-AZA / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.05 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10 詳細: 50 MM TRIS BUFFER, 0.3 M SODIUM AZIDE, SATURATED WITH AZAXANTHINE, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.982 / 波長: 0.982 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月13日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.982 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→26.7 Å / Num. all: 43877 / Num. obs: 43286 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 3L8W 解像度: 1.7→10 Å / Num. parameters: 10995 / Num. restraintsaints: 9911 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 8 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2715.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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拘束条件 |
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