PDB-3p67: T26S mutant of pentaerythritol tetranitrate reductase containing ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p67

タイトル

T26S mutant of pentaerythritol tetranitrate reductase containing a bound acetate molecule

要素

Pentaerythritol tetranitrate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / old yellow enzyme family / alpha / beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN binding / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Toogood, H.S. / Scrutton, N.S.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2010
タイトル: Focused Directed Evolution of Pentaerythritol Tetranitrate Reductase by Using Automated Anaerobic Kinetic Screening of Site-Saturated Libraries
著者: Hulley, M.E. / Toogood, H.S. / Fryszkowska, A. / Mansell, D. / Stephens, G.M. / Gardiner, J.M. / Scrutton, N.S.

履歴

登録	2010年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p67.cif.gz	180.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p67.ent.gz	139.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3p67_validation.pdf.gz	761.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p67_full_validation.pdf.gz	761.4 KB	表示
XML形式データ	3p67_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	3p67_validation.cif.gz	35.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/3p67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/3p67	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p62C 1h50S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3p84-d 3kft-2 6gi9-d 3f03-d 3p81-d 1gvq-d 1vyp-d 5lgx-d 1h62-d 6gi8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pentaerythritol tetranitrate reductase

ヘテロ分子

41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.919, 69.063, 88.871
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pentaerythritol tetranitrate reductase 分子量: 40626.332 Da / 分子数: 1 / 変異: T26S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 株: PB2 / 遺伝子: onr, PETNR / プラスミド: pBluescript II-KS(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P71278, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100mM sodium cacodylate, 100 mM sodium acetate, 16-18% isopropanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.542 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月10日

放射

モノクロメーター: Osmic blue optics - mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.542 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→54.554 Å / Num. all: 56705 / Num. obs: 56705 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.054 / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 19.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.5-1.58	4.3	0.188	0.164	4.3	35233	8161	0.089	0.188	0.164	6.3	100
1.58-1.68	4.4	0.129	0.114	6.2	34271	7788	0.061	0.129	0.114	9.8	100
1.68-1.79	4.5	0.105	0.092	7.4	32468	7280	0.049	0.105	0.092	14	100
1.79-1.94	4.5	0.088	0.078	8.3	30867	6822	0.041	0.088	0.078	17.7	100
1.94-2.12	4.6	0.072	0.063	9.9	28873	6300	0.033	0.072	0.063	22.1	100
2.12-2.37	4.6	0.062	0.055	11.2	26572	5726	0.029	0.062	0.055	24.9	100
2.37-2.74	4.7	0.061	0.054	10.2	23715	5062	0.028	0.061	0.054	28.7	100
2.74-3.35	4.7	0.058	0.051	10.8	20207	4311	0.026	0.058	0.051	33.9	99.9
3.35-4.74	4.7	0.048	0.043	13.4	15922	3384	0.022	0.048	0.043	36.4	99.5
4.74-16.476	4.6	0.045	0.04	13.4	8587	1871	0.02	0.045	0.04	35.7	96.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	16.48 Å
Translation	3 Å	16.48 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.21	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H50

1h50

解像度: 1.5→16.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / WR_factor R_free: 0.1795 / WR_factor R_work: 0.1547 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9132 / SU B: 2.12 / SU ML: 0.037 / SU R Cruickshank DPI: 0.0895 / SU R_free: 0.0668 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1706	2872	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1458	-	-	-
obs	0.147	56644	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.5 Å² / B_iso mean: 14.5332 Å² / B_iso min: 5.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→16.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2756	0	35	675	3466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.212	1.973	4021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.976	3	4813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.471	5	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.756	23.786	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.626	15	464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.243	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.271	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.137	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.775	1.5	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.303	1.5	752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.076	2	2964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.658	3	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.238	4.5	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.897	3	5473
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	3.262	3	675
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	1.385	3	4839

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	198	-
R_work	0.235	3916	-
all	-	4114	-
obs	-	-	99.98 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)