PDB-3p5z: Crystal structure of the mutant T159S of orotidine 5'-monophospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p5z

タイトル

Crystal structure of the mutant T159S of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor BMP

要素

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / tim barrel / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / inhibitor BMP

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanobacterium thermoautotrophicum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Wood, B.M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
著者: Desai, B.J. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Goryanova, B. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2010年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p5z.cif.gz	109 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p5z.ent.gz	82.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3p5z_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p5z_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3p5z_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	3p5z_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/3p5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/3p5z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3li0C 3p5yC 3p60C 3p61C 3qezC 3qf0C 3qmrC 3qmsC 3qmtC 3rluC 3rlvC 3sj3C 3v1pC 4fx6C 4fx8C 4fxrC 4gc4C 3ltpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3siz-d 3g1h-2 3g18-d 3g1f-4 3g1h-4 3ltp-d 3rlv-d 3v1p-d 3nqm-1 3g1y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

ヘテロ分子

51 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.666, 73.874, 59.523
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24870.672 Da / 分子数: 2 / 変異: T159S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanobacterium thermoautotrophicum (古細菌) 株: Delta H / 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BMP / 6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE / 6-ヒドロキシウリジン5′-りん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₁₀P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20% iso-propanol, 20% PEG 4000, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月19日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→30.075 Å / Num. all: 104965 / Num. obs: 104965 / % possible obs: 96.84 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LTP

3ltp

解像度: 1.3→30.075 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1764	5244	5 %	RANDOM
R_work	0.1647	-	-	-
all	0.1653	104965	-	-
obs	0.1653	104965	96.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.805 Å² / k_sol: 0.374 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8579 Å²	0 Å²	0.0033 Å²
2-	-	1.3373 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.4794 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→30.075 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3336	0	82	410	3828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3551
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.113	4798
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.697	1389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	541
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	630

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3001-1.3149	0.2395	150	0.2162	2897	X-RAY DIFFRACTION	85
1.3149-1.3304	0.2442	152	0.214	3079	X-RAY DIFFRACTION	90
1.3304-1.3466	0.209	173	0.2	3140	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3466-1.3637	0.2165	165	0.1975	3246	X-RAY DIFFRACTION	94
1.3637-1.3816	0.2088	152	0.188	3299	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3816-1.4005	0.2258	170	0.1821	3260	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4005-1.4205	0.1821	175	0.1831	3285	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4205-1.4417	0.2033	180	0.1774	3255	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4417-1.4643	0.1909	162	0.1689	3331	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4643-1.4883	0.189	169	0.1672	3311	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4883-1.5139	0.1749	162	0.1608	3306	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5139-1.5415	0.1941	180	0.1605	3326	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5415-1.5711	0.1858	170	0.1662	3393	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5711-1.6032	0.1961	172	0.152	3315	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6032-1.638	0.1836	155	0.1518	3372	X-RAY DIFFRACTION	98
1.638-1.6761	0.161	191	0.1523	3311	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6761-1.718	0.1611	180	0.1469	3340	X-RAY DIFFRACTION	98
1.718-1.7645	0.1789	165	0.1464	3398	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7645-1.8164	0.1562	219	0.1449	3345	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8164-1.875	0.1664	173	0.1395	3371	X-RAY DIFFRACTION	99
1.875-1.942	0.1546	190	0.139	3374	X-RAY DIFFRACTION	99
1.942-2.0198	0.1531	169	0.14	3427	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0198-2.1117	0.1526	200	0.1407	3382	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1117-2.223	0.138	186	0.1454	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.223-2.3622	0.1687	166	0.1508	3449	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3622-2.5445	0.1603	169	0.156	3418	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5445-2.8004	0.1757	199	0.1582	3402	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8004-3.2052	0.1561	196	0.1646	3339	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2052-4.0367	0.1455	169	0.1466	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0367-30.0834	0.1852	185	0.1715	3453	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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