PDB-3p4q: Crystal structure of Menaquinol:oxidoreductase in complex with ox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p4q

タイトル

Crystal structure of Menaquinol:oxidoreductase in complex with oxaloacetate

要素

(Fumarate reductase ...) x 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

: / fumarate reductase (quinol) / : / fermentation / succinate dehydrogenase activity / anaerobic electron transport chain / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / anaerobic respiration ...
類似検索 - 分子機能

Fumarate reductase, subunit C / Fumarate reductase subunit C / Fumarate reductase, subunit D / Fumarate reductase subunit D / Fumarate reductase, flavoprotein subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S dicluster domain / succinate dehydrogenase protein domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain ...Fumarate reductase, subunit C / Fumarate reductase subunit C / Fumarate reductase, subunit D / Fumarate reductase subunit D / Fumarate reductase, flavoprotein subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S dicluster domain / succinate dehydrogenase protein domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain / Alpha-helical ferredoxin / Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2 / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / Alpha-helical ferredoxin / FAD binding domain / Rhinovirus 14, subunit 4 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Ubiquitin-like (UB roll) / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli 042 (大腸菌)

Escherichia coli 536 (大腸菌)

Escherichia coli DH1 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankowskaya, V. / Stern, H.A. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Geometric restraint drives on- and off-pathway catalysis by the Escherichia coli menaquinol:fumarate reductase.
著者: Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankovskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / ...

履歴

登録	2010年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3p4q.ent.gz	722 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3p4q_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p4q_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3p4q_validation.xml.gz	77.8 KB	表示
CIF形式データ	3p4q_validation.cif.gz	103.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/3p4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/3p4q	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	1l0v-2 3p4r-1 3p4p-1 1l0v-1 1kf6-2 2b76-1 1kfy-2 3p4s-1 1kfy-1 4kx6-1 2wp9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Fumarate reductase flavoprotein subunit

B: Fumarate reductase iron-sulfur protein

C: Fumarate reductase subunit C

D: Fumarate reductase subunit D

M: Fumarate reductase flavoprotein subunit

N: Fumarate reductase iron-sulfur protein

O: Fumarate reductase subunit C

P: Fumarate reductase subunit D

ヘテロ分子

241 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Fumarate reductase flavoprotein subunit

B: Fumarate reductase iron-sulfur protein

C: Fumarate reductase subunit C

D: Fumarate reductase subunit D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 4 ポリマー
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2

M: Fumarate reductase flavoprotein subunit

N: Fumarate reductase iron-sulfur protein

O: Fumarate reductase subunit C

P: Fumarate reductase subunit D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.641, 137.964, 272.803
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Fumarate reductase ... , 4種, 8分子 AMBNCODP

#1: タンパク質	Fumarate reductase flavoprotein subunit 分子量: 63477.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 042 (大腸菌) / 株: 042 / EAEC / 遺伝子: frdA, EC042_4630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: D3GV56, UniProt: P00363*PLUS, succinate dehydrogenase
#2: タンパク質	Fumarate reductase iron-sulfur protein 分子量: 27021.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 536 (大腸菌) / 株: 536 / UPEC / 遺伝子: ECP_4399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q0T9N6, UniProt: P0AC47*PLUS, succinate dehydrogenase
#3: タンパク質	Fumarate reductase subunit C 分子量: 14898.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 株: DSM 4235 / NCIB 12045 / K12 / DH1 / 遺伝子: frdC, EcDH1_3838 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QU46, UniProt: P0A8Q0*PLUS
#4: タンパク質	Fumarate reductase subunit D 分子量: 13118.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli DH1 (大腸菌) / 株: DSM 4235 / NCIB 12045 / K12 / DH1 / 遺伝子: frdD, EcDH1_3839 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QU47, UniProt: P0A8Q3*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 10分子

#5: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#6: 化合物	ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION 分子量: 131.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃O₅
#7: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#8: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#9: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8 詳細: 12.5% PEG 5000 mme, 85mM MgAc, 100mM Citrate pH 5.8, 0.1% w/v DTT, 0.1mM EDTA, 5mM fumarate, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 47456 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
3.35-3.47	2.2	0.237	73.9
3.47-3.61	2.3	0.207	78.4
3.61-3.77	2.5	0.179	81.2
3.77-3.97	2.6	0.15	81.9
3.97-4.22	3	0.138	92.5
4.22-4.55	3.2	0.121	95.3
4.55-5	3.4	0.109	95.8
5-5.73	3.5	0.104	96.2
5.73-7.21	3.7	0.094	97.1
7.21-50	4	0.063	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

解像度: 3.35→47.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 55.396 / SU ML: 0.436 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	920	1.9 %
R_work	0.22	-	-
obs	0.221	47428	89.2 %

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 95.455 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→47.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16642	0	162	0	16804

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	17233
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.868	1.966	23454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.973	5	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.661	23.529	748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.4	15	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.539	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.449	0.2	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	13074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.281	1.5	10608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.518	2	17044
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.468	3	6625
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.839	4.5	6328
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.35→3.44 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	56	-
R_work	0.271	2810	-
obs	-	-	74.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4065	0.3667	-0.0078	0.9107	0.4274	1.0319	-0.051	0.0063	-0.0754	-0.0233	0.0547	-0.0917	0.141	0.075	-0.0037	0.2733	0.0278	0.0118	0.4056	0.0156	0.3641	18.2118	19.9208	-12.2784
2	0.3418	0.4871	-0.5684	2.69	-0.645	2.625	-0.0546	0.0175	0.0107	-0.259	0.0525	-0.0441	-0.0007	-0.1795	0.0022	0.2306	0.0257	-0.007	0.4666	0.0349	0.3988	4.8335	31.1389	-12.0754
3	5.3601	0.0254	0.5479	4.3007	-0.7719	3.3246	0.4038	-0.1577	0.2752	0.0261	-0.0359	-0.0338	-0.5438	0.0772	-0.3679	0.3328	-0.0165	0.147	0.3789	-0.0353	0.4293	13.539	53.0978	-15.7341
4	3.0481	2.367	-2.0765	2.8281	-2.4028	2.3946	0.1159	0.1815	-0.0046	-0.3006	-0.0907	-0.3581	-0.283	0.3272	-0.0252	0.9602	-0.2816	0.4943	0.4484	-0.1354	0.702	18.0354	44.8363	-30.0771
5	1.4289	0.5722	-0.2356	1.4246	-0.0227	0.8168	-0.0867	-0.1448	-0.1508	0.202	0.0826	-0.0618	0.1479	-0.0174	0.004	0.3249	0.0216	0.0139	0.4525	0.0129	0.3645	10.3006	18.6143	-4.1485
6	2.4135	1.0272	0.8234	1.873	1.5789	1.4668	-0.2044	0.0251	0.2971	-0.0082	-0.0105	0.5039	-0.0359	-0.1813	0.2149	0.2396	0.0105	0.009	0.554	0.098	0.5511	-10.066	28.4231	-14.8268
7	1.3114	-0.0504	-0.0933	0.8615	0.3369	1.2864	-0.0032	-0.2353	0.0759	0.1258	-0.0256	0.1605	-0.0013	-0.2298	0.0288	0.2789	-0.0022	0.0278	0.4194	0.004	0.3668	-2.4644	31.9611	-3.0641
8	1.3571	0.8019	0.4216	1.376	0.7008	1.9467	0.0584	0.2267	0.145	-0.1117	-0.0341	0.1942	-0.0428	-0.2968	-0.0243	0.2631	-0.014	-0.0204	0.4896	0.0039	0.3577	-3.8698	26.4314	-35.6744
9	1.679	1.5975	-0.2036	2.8267	0.9425	1.0333	0.0053	0.1959	0.0189	-0.2274	-0.0633	0.01	-0.129	-0.2743	0.058	0.3697	0.0015	0.0557	0.5019	-0.0179	0.4565	1.4219	23.6168	-39.6048
10	2.8324	1.6848	2.0079	3.0798	0.8041	2.4259	-0.1278	-0.0783	-0.0713	-0.0707	0.0121	-0.148	0.3196	-0.0092	0.1157	0.3157	0.0472	0.1264	0.4531	-0.0321	0.3698	29.14	15.6958	-25.2884
11	5.6564	-1.5624	1.8816	1.6415	-1.1171	4.6711	-0.2158	0.0406	-0.0299	-0.0605	0.1106	0.0509	0.3796	0.0964	0.1052	0.3046	-0.0368	0.0918	0.3933	-0.0012	0.3361	19.952	16.3141	-37.9042
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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