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万見
- PDB-3p4c: Alternatingly modified 2'Fluoro RNA octamer f/rA2U2-R32 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p4c
タイトルAlternatingly modified 2'Fluoro RNA octamer f/rA2U2-R32
要素5'-R(*(CFZ)P*GP*(AF2)P*AP*(UFT)P*UP*(CFZ)P*G)-3'
キーワードRNA / 2'-FLUORO-RNA O2'-MODIFICATION / OCTAMER / 2'-fluoro 2'-deoxycytidine / 2'-fluoro 2'-deoxyadenosine / 2'-fluoro 2'-deoxyuridine / siRNA
機能・相同性STRONTIUM ION / RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Greene, E.M. / Jicman, P.A. / Pandey, R.K. / Manoharan, M. / Rozners, E. / Egli, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Unexpected origins of the enhanced pairing affinity of 2'-fluoro-modified RNA.
著者: Pallan, P.S. / Greene, E.M. / Jicman, P.A. / Pandey, R.K. / Manoharan, M. / Rozners, E. / Egli, M.
履歴
登録2010年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32020年6月24日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / struct_conn ...pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*(CFZ)P*GP*(AF2)P*AP*(UFT)P*UP*(CFZ)P*G)-3'
B: 5'-R(*(CFZ)P*GP*(AF2)P*AP*(UFT)P*UP*(CFZ)P*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3325
ポリマ－5,0692
非ポリマー2633
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 5'-R(*(CFZ)P*GP*(AF2)P*AP*(UFT)P*UP*(CFZ)P*G)-3'
B: 5'-R(*(CFZ)P*GP*(AF2)P*AP*(UFT)P*UP*(CFZ)P*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-R(*(CFZ)P*GP*(AF2)P*AP*(UFT)P*UP*(CFZ)P*G)-3'
B: 5'-R(*(CFZ)P*GP*(AF2)P*AP*(UFT)P*UP*(CFZ)P*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,66410
ポリマ－10,1384
非ポリマー5266
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
Buried area3920 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area4780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.550, 40.550, 117.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-303-

SR

21A-322-

HOH

31A-343-

HOH

41A-363-

HOH

51A-387-

HOH

61B-328-

HOH

71B-392-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*(CFZ)P*GP*(AF2)P*AP*(UFT)P*UP*(CFZ)P*G)-3'


分子量: 2534.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized modified RNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Sodium cacodylate (40 mM, pH 6.0), lithium chloride (40 mM), strontium chloride (80 mM), spermine tetrahydrochloride (12 mM), and 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD; 10% (v/v)), equilibrated ...詳細: Sodium cacodylate (40 mM, pH 6.0), lithium chloride (40 mM), strontium chloride (80 mM), spermine tetrahydrochloride (12 mM), and 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD; 10% (v/v)), equilibrated against a reservoir of MPD (1 mL, 35%) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.7687 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月16日
放射プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7687 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. all: 13629 / Num. obs: 13343 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 50.1
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique all: 489 / % possible all: 72.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
HKL2Mapモデル構築
SHELXL精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL2Map位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.15→50 Å / WRfactor Rwork: 0.182 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 666 -
Rwork0.182 --
obs0.182 13314 99.8 %
all-13343 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 334 3 93 430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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