PDB-3p4a: 2'Fluoro modified RNA octamer fA2U2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p4a

タイトル

2'Fluoro modified RNA octamer fA2U2

要素

2'Fluoro modified RNA 8-MER

キーワード

RNA / 2'-FLUORO-RNA / O2'-MODIFICATION / OCTAMER / 2'-fluoro 2'-deoxycytidine / 2'-fluoro 2'-deoxyguanosine / 2'-fluoro 2'-deoxyadenosine / 2'-fluoro 2'-deoxyuridine / siRNA

機能・相同性

STRONTIUM ION / RNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Manoharan, M. / Akinc, A. / Pandey, R.K. / Qin, J. / Hadwiger, P. / John, M. / Mills, K. / Charisse, K. / Maier, M.A. / Nechev, L. ...

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Unexpected origins of the enhanced pairing affinity of 2'-fluoro-modified RNA.
著者: Pallan, P.S. / Greene, E.M. / Jicman, P.A. / Pandey, R.K. / Manoharan, M. / Rozners, E. / Egli, M.

履歴

登録	2010年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p4a.cif.gz	76.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p4a.ent.gz	68.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3p4a_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p4a_full_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示
XML形式データ	3p4a_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	3p4a_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/3p4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/3p4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p4bC 3p4cC 3p4dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gq6-2 2gq7-2 1saq-2 2g32-2 1slp-d 2krw-d 1slo-d 2gq4-2 2dqp-d 5dek-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2'Fluoro modified RNA 8-MER

B: 2'Fluoro modified RNA 8-MER

C: 2'Fluoro modified RNA 8-MER

D: 2'Fluoro modified RNA 8-MER

E: 2'Fluoro modified RNA 8-MER

F: 2'Fluoro modified RNA 8-MER

ヘテロ分子

16.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2'Fluoro modified RNA 8-MER

B: 2'Fluoro modified RNA 8-MER

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
5.28 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 2'Fluoro modified RNA 8-MER

D: 2'Fluoro modified RNA 8-MER

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
5.44 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: 2'Fluoro modified RNA 8-MER

F: 2'Fluoro modified RNA 8-MER

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
5.37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.245, 43.245, 60.791
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-711- MG
2	1	E-712- MG
3	1	A-859- HOH
4	1	B-723- HOH
5	1	B-736- HOH
6	1	B-828- HOH
7	1	B-871- HOH
8	1	B-896- HOH
9	1	B-929- HOH
10	1	C-729- HOH
11	1	C-740- HOH
12	1	D-717- HOH
13	1	D-743- HOH
14	1	E-710- HOH
15	1	E-735- HOH
16	1	E-987- HOH
17	1	E-989- HOH
18	1	E-1004- HOH
19	1	F-727- HOH
20	1	F-943- HOH

#1: RNA鎖	2'Fluoro modified RNA 8-MER 分子量: 2542.489 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized modified RNA
#2: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン分子量: 87.620 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 40mM Sodium cacodylate pH 6.0, 80 mM strontium chloride, 20 mM magnesium chloride, 12mM spermine tetrahydrochloride, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol, equilibrated against a reservoir of 35% MPD, ...詳細: 40mM Sodium cacodylate pH 6.0, 80 mM strontium chloride, 20 mM magnesium chloride, 12mM spermine tetrahydrochloride, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol, equilibrated against a reservoir of 35% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.83 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 40mM Sodium cacodylate pH 6.0, 80 mM strontium chloride, 20 mM magnesium chloride, 12mM spermine tetrahydrochloride, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol, equilibrated against a reservoir of 35% MPD, ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-D	1	0.7689
シンクロトロン	APS	21-ID-D	2	0.9787

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2008年11月17日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.7689	1
2	0.9787	1

反射

解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 40060 / Num. obs: 39940 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 38.8

反射シェル

解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4027 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
MAR345dtb	データ収集
HKL2Map	モデル構築
SHELXL-97	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
HKL2Map	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.2→30 Å / 交差検証法: Troughout / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	1997	-	Random
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.17	39888	99.9 %	-
all	-	39940	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1002	11	296	1309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	0.026

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.24 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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