PDB-3p3w: Structure of a dimeric GluA3 N-terminal domain (NTD) at 4.2 A res...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p3w

タイトル

Structure of a dimeric GluA3 N-terminal domain (NTD) at 4.2 A resolution

要素

Glutamate receptor 3

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Periplasmatic binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Trafficking of AMPA receptors / Synaptic adhesion-like molecules / protein heterotetramerization / parallel fiber to Purkinje cell synapse / Activation of AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 4.2 Å

データ登録者

Rossmann, M. / Sukumaran, M. / Greger, I.H.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Dynamics and allosteric potential of the AMPA receptor N-terminal domain
著者: Sukumaran, M. / Rossmann, M. / Shrivastava, I. / Dutta, A. / Bahar, I. / Greger, I.H.

履歴

登録	2010年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3p3w.ent.gz	493.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p3w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3p3w_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p3w_full_validation.pdf.gz	485.1 KB	表示
XML形式データ	3p3w_validation.xml.gz	58.9 KB	表示
CIF形式データ	3p3w_validation.cif.gz	75.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/3p3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/3p3w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3o21C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dvj-d 5dvi-d 6fpj-2 5gsn-1 4xrs-d 5wi5-5 6kbw-d 5xgw-d 1ybq-d 4v98-12 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (13) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor 3

B: Glutamate receptor 3

C: Glutamate receptor 3

D: Glutamate receptor 3

180 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glutamate receptor 3

C: Glutamate receptor 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Glutamate receptor 3

D: Glutamate receptor 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.960, 127.920, 130.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	A	A	3 - 380	3 - 380
2	1	PHE	PHE	PHE	PHE	1	B	B	2 - 380	2 - 380
1	2	PRO	PRO	PHE	PHE	4	C	C	3 - 380	3 - 380
2	2	PHE	PHE	PRO	PRO	4	D	D	2 - 379	2 - 379

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Glutamate receptor 3 / GluR-3 / GluR-C / GluR-K3 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 3 / GluA3 / AMPA-selective ...GluR-3 / GluR-C / GluR-K3 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 3 / GluA3 / AMPA-selective glutamate receptor 3 分子量: 44964.773 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: HEK 293 Cell / 遺伝子: Gria3, Glur3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19492
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

Glutamate receptor 3 / GluR-3 / GluR-C / GluR-K3 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 3 / GluA3 / AMPA-selective ...

分子量: 44964.773 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: HEK 293 Cell / 遺伝子: Gria3, Glur3 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19492

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.06 % / Mosaicity: 1.1 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.7 詳細: 200mM ammonium phosphate, 20% PEG3350, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 173 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 4.2→91.197 Å / Num. all: 13979 / Num. obs: 13979 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.316 / Net I/σ(I): 3.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
4.2-4.43	3.6	0.964	0.822	0.9	7168	2008	0.494	0.964	0.822	1.7	99.8
4.43-4.7	3.7	0.788	0.674	1.1	6951	1896	0.401	0.788	0.674	2	99.9
4.7-5.02	3.7	0.606	0.52	1.5	6656	1794	0.307	0.606	0.52	2.5	100
5.02-5.42	3.7	0.562	0.482	1.6	6230	1685	0.285	0.562	0.482	2.6	99.9
5.42-5.94	3.7	0.621	0.532	1.4	5719	1548	0.314	0.621	0.532	2.4	99.9
5.94-6.64	3.7	0.579	0.496	1.5	5169	1406	0.292	0.579	0.496	2.6	99.8
6.64-7.67	3.7	0.351	0.301	2.5	4597	1245	0.178	0.351	0.301	4.2	99.5
7.67-9.39	3.6	0.169	0.144	5	3914	1075	0.086	0.169	0.144	7.7	99.4
9.39-13.28	3.6	0.098	0.083	6.4	3003	838	0.05	0.098	0.083	10.8	98.9
13.28-55.413	3.3	0.074	0.062	5.8	1594	484	0.04	0.074	0.062	12.1	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 4.2→55.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.819 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.751 / WR_factor R_free: 0.3529 / WR_factor R_work: 0.3232 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7088 / SU B: 233.534 / SU ML: 1.339 / SU R_free: 1.4609 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3377	688	4.9 %	RANDOM
R_work	0.3059	-	-	-
obs	0.3075	13916	99.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.37 Å² / B_iso mean: 116.809 Å² / B_iso min: 54.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.68 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.2→55.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11484	0	0	0	11484

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	12188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.822	1.924	16546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.124	5	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.458	23.911	629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.377	15	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.247	15	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	9465
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.027	1.5	7406
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.053	2	11935
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.07	3	4782
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.125	4.5	4611

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2959	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
1	A	2959	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
2	C	2899	MEDIUM POSITIONAL	0.52	0.5
2	C	2899	MEDIUM THERMAL	0.04	2

LS精密化シェル

解像度: 4.2→4.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.429	52	-
R_work	0.342	946	-
all	-	998	-
obs	-	-	99.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0295	1.9631	-2.6293	15.6362	1.2158	3.0512	0.3479	1.2264	0.1611	-0.3736	-0.7174	0.232	0.8992	-0.119	0.3695	0.8096	0.2593	0.2354	0.5429	0.1856	0.352	-28.9504	-6.1089	-3.7908
2	5.9255	-14.7491	12.1571	40.3131	-25.3425	31.7273	-0.608	1.1101	-0.1272	0.5694	-1.6076	2.2043	-2.5131	4.0186	2.2156	0.4007	-0.5768	-0.3503	0.8454	0.4435	1.0805	-25.9995	6.1545	0.5635
3	2.1706	-0.2488	-0.7348	3.0136	-1.9305	7.0217	0.1411	-0.1379	0.3189	0.4968	0.0351	-0.2779	-0.3242	0.4494	-0.1762	0.401	-0.0692	-0.0406	0.2117	-0.0303	0.3829	-33.6711	-4.4599	21.8387
4	17.09	4.0035	-0.7941	4.5316	0.5126	2.9566	-0.4246	1.3007	2.5041	-1.3525	0.5476	0.8454	-1.1052	0.4658	-0.123	1.1645	-0.1478	-0.0236	0.8674	0.0355	0.5428	-37.8801	7.4691	-7.1679
5	7.1888	-2.3641	2.2335	5.679	5.5153	8.688	0.4888	-0.3009	-0.2011	0.3476	-0.4291	-0.0031	0.761	-0.9748	-0.0597	0.1093	-0.1262	-0.0838	0.7393	-0.0914	0.4807	-46.7538	-3.8032	18.5006
6	7.1377	-5.5372	-3.2167	9.4817	-1.065	3.8983	-0.0171	0.5813	-0.2387	0.2012	-0.2857	-0.1436	-0.1111	-0.3747	0.3027	0.6816	-0.1326	-0.0743	0.3918	0.2124	0.4457	25.2033	-5.7412	2.6447
7	6.0052	4.6697	-9.5132	4.1182	-7.738	15.3671	1.8148	-0.2935	0.7352	1.7384	-0.5183	0.5561	-3.2336	0.4387	-1.2965	0.8637	0.0104	0.3032	0.7531	0.2616	0.2586	20.8681	4.8958	18.6363
8	11.4816	-12.4701	4.4827	21.1431	-10.3852	5.9222	-0.375	-0.601	0.7252	0.8782	0.0962	-1.1313	-0.6743	0.1806	0.2788	1.1709	-0.2202	-0.2747	0.5375	-0.2661	0.8451	26.226	3.5907	39.0371
9	1.0851	-0.9992	-2.4094	4.1911	-0.5362	8.9333	-0.0987	-0.2789	-0.0548	0.1848	0.4743	0.3038	1.1064	0.2904	-0.3756	0.7238	-0.1703	-0.0737	0.3942	-0.0146	0.3149	19.762	-11.4273	26.914
10	2.2459	0.7843	-1.5771	3.0274	-3.2439	8.8625	0.0988	0.1797	-0.0317	0.1645	0.1607	-0.1681	-1.5221	-0.7592	-0.2595	0.4125	0.0263	-0.0335	0.6234	-0.0013	0.751	11.5279	2.0621	13.4624
11	6.2935	3.6785	-1.1843	9.1874	2.772	5.5117	-0.6935	0.4551	-0.1409	-0.2908	0.1911	-0.15	0.1988	-0.1119	0.5023	0.1971	0.1578	0.1547	0.401	0.2353	0.2376	-7.8973	25.0375	5.3428
12	12.3465	-0.3377	-7.9042	0.5977	-1.6742	11.4714	0.1522	0.4736	0.6536	-0.5664	0.1247	-0.1739	2.0523	-0.9648	-0.2769	1.0728	-0.1814	-0.0533	0.1687	0.1811	0.542	-13.6187	18.7973	30.0401
13	24.8148	-2.2161	-0.2207	11.5769	-9.8671	18.1255	1.307	-0.686	-1.7396	0.274	-0.3096	2.9166	-0.4143	-1.4161	-0.9975	0.4884	-0.4025	-0.0004	0.6787	-0.3005	0.9938	-27.4421	19.7462	35.4587
14	19.4763	1.8308	5.6619	11.3727	1.3418	16.9116	1.1192	0.794	-0.1763	0.2502	-0.5364	1.455	-1.1802	-0.8169	-0.5828	0.3871	0.0137	-0.14	0.385	0.2049	0.5432	-23.8485	32.6883	31.6306
15	3.9934	0.268	-1.9608	4.6752	-0.2086	1.6594	0.2344	-0.2101	-0.0508	0.1921	-0.3747	-0.6127	-0.1658	0.7312	0.1403	0.2291	0.0747	-0.1258	0.6981	0.0534	0.3644	-2.6087	29.1263	19.3263
16	12.2483	12.8844	-0.2785	14.9291	0.5634	9.0123	-0.8261	0.7025	1.0737	-0.8992	0.7351	0.4544	0.0353	0.1669	0.0909	0.3275	0.0404	-0.0543	0.0805	0.0692	0.4616	49.2672	27.5283	11.9483
17	5.6971	-1.7853	-6.5408	1.0791	0.5035	12.7491	-1.2837	0.7083	-1.6057	0.7577	-0.5722	0.5535	0.0415	-0.1435	1.8559	0.6803	-0.2941	0.2383	0.4399	-0.1977	0.7037	41.11	17.1846	28.5093
18	4.098	1.6713	-4.6388	5.3623	-0.8297	5.5494	0.1675	0.2154	0.1377	-0.2943	-0.1589	0.816	-0.1495	-0.4165	-0.0087	0.3623	-0.0773	-0.091	0.4935	-0.0838	0.4919	30.9307	28.9183	36.8267
19	8.8659	-2.2085	3.6456	2.1089	-3.5186	5.9851	-0.1008	0.3077	-0.8033	-0.256	-0.0643	-0.2185	0.5092	0.1704	0.1651	0.1654	0.0747	-0.0174	0.4123	-0.1306	0.5274	54.5811	20.2065	20.1482
20	15.7238	-12.8289	-5.8649	32.0708	17.1273	9.239	-2.8253	-2.928	-0.4623	0.7301	3.1345	-0.4227	0.1508	1.5478	-0.3092	1.1317	0.3483	0.067	1.0078	0.221	0.1065	47.0118	26.9169	43.4527

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	94 - 296
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	297 - 339
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	340 - 380
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 70
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	71 - 131
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	132 - 182
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	183 - 293
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	294 - 380
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	3 - 106
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	107 - 150
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	151 - 193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	194 - 230
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	231 - 380
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	2 - 71
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	72 - 134
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	135 - 269
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	270 - 348
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	349 - 379

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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