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- PDB-3p2t: Crystal Structure of Leukocyte Ig-like Receptor LILRB4 (ILT3/LIR-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p2t
タイトルCrystal Structure of Leukocyte Ig-like Receptor LILRB4 (ILT3/LIR-5/CD85k)
要素Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / LILR / IG / Inhibitory receptor / disulfide
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane receptor protein tyrosine kinase inhibitor activity / negative regulation of cytotoxic T cell differentiation / negative regulation of IP-10 production / tolerance induction / negative regulation of T cell costimulation / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of intracellular signal transduction / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of interleukin-5 production ...transmembrane receptor protein tyrosine kinase inhibitor activity / negative regulation of cytotoxic T cell differentiation / negative regulation of IP-10 production / tolerance induction / negative regulation of T cell costimulation / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of intracellular signal transduction / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of interleukin-5 production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of monocyte activation / immune response-regulating signaling pathway / positive regulation of T cell anergy / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of chemokine production / protein tyrosine kinase inhibitor activity / negative regulation of protein localization to nucleus / signaling receptor inhibitor activity / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / fibronectin binding / apolipoprotein binding / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of T cell proliferation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of miRNA transcription / receptor internalization / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / protein phosphatase binding / adaptive immune response / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Chen, Y. / Nam, G. / Cheng, H. / Zhang, J.H. / Willcox, B.E. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of leukocyte Ig-like receptor LILRB4 (ILT3/LIR-5/CD85k): a myeloid inhibitory receptor involved in immune tolerance
著者: Cheng, H. / Mohammed, F. / Nam, G. / Chen, Y. / Qi, J. / Garner, L.I. / Allen, R.L. / Yan, J. / Willcox, B.E. / Gao, G.F.
履歴
登録2010年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0754
ポリマ－21,7871
非ポリマー2883
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4
ヘテロ分子

A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1508
ポリマ－43,5732
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area2610 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.863, 61.863, 115.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-254-

HOH

21A-415-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 4 / LILRB4 (ILT3/LIR-5/CD85k) / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 5 / LIR-5 / Immunoglobulin-like ...LILRB4 (ILT3/LIR-5/CD85k) / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 5 / LIR-5 / Immunoglobulin-like transcript 3 / ILT-3 / Monocyte inhibitory receptor HM18 / CD85 antigen-like family member K


分子量: 21786.658 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 24-219 / 変異: I133C, H143C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRB4, ILT3, LIR5 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NHJ6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M sodium sulfate heptahydrate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.699→50 Å / Num. obs: 25152 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2D3V

2d3v


解像度: 1.699→22.488 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2175 1262 5.08 %RANDOM
Rwork0.1857 ---
obs0.1873 24860 97.35 %-
all-24860 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.46 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1926 Å20 Å2-0 Å2
2--1.1926 Å20 Å2
3----2.3852 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.699→22.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1522 0 15 234 1771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9432180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.475584
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6994-1.76740.21161330.17062503X-RAY DIFFRACTION94
1.7674-1.84780.21061380.16762588X-RAY DIFFRACTION98
1.8478-1.94510.23241370.16832606X-RAY DIFFRACTION99
1.9451-2.06690.23381580.17012605X-RAY DIFFRACTION99
2.0669-2.22640.181360.17032647X-RAY DIFFRACTION99
2.2264-2.45020.22681270.1772638X-RAY DIFFRACTION99
2.4502-2.80420.24621460.19232663X-RAY DIFFRACTION99
2.8042-3.53080.20771380.17682665X-RAY DIFFRACTION97
3.5308-22.49030.19971490.18852683X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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