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万見
- PDB-3p16: Crystal structure of DNA polymerase III sliding clamp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p16
タイトルCrystal structure of DNA polymerase III sliding clamp
要素DNA polymerase III subunit beta
キーワードTRANSFERASE / DNA polymerase III sliding clamp
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / peptidoglycan-based cell wall / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / response to antibiotic / DNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta sliding clamp / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Gui, W.J. / Lin, S.Q. / Chen, Y.Y. / Zhang, X.E. / Bi, L.J. / Jiang, T.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of DNA polymerase III beta sliding clamp from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Gui, W.J. / Lin, S.Q. / Chen, Y.Y. / Zhang, X.E. / Bi, L.J. / Jiang, T.
履歴
登録2010年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit beta
B: DNA polymerase III subunit beta
C: DNA polymerase III subunit beta
D: DNA polymerase III subunit beta
E: DNA polymerase III subunit beta
F: DNA polymerase III subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,8786
ポリマ－257,8786
非ポリマー00
水00
1
A: DNA polymerase III subunit beta
B: DNA polymerase III subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9592
ポリマ－85,9592
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area34710 Å2
手法PISA
2
C: DNA polymerase III subunit beta
D: DNA polymerase III subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9592
ポリマ－85,9592
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area33860 Å2
手法PISA
3
E: DNA polymerase III subunit beta
F: DNA polymerase III subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9592
ポリマ－85,9592
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area33630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.050, 132.974, 113.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA polymerase III subunit beta


分子量: 42979.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: dnaN, Rv0002, MT0002, MTV029.02, MTCY10H4.0 / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q50790, UniProt: P9WNU1*PLUS, DNA-directed DNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15%(v/v) PEG 3350, 200mM MgCl2, and 100mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. all: 55132 / Num. obs: 55132 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 %
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.9-32.80.5352.1198.7
3-3.122.80.4082.7198.7
3.12-3.272.80.2783.7198.3
3.27-3.442.70.1884.8198.1
3.44-3.652.70.1227.1198.1
3.65-3.942.60.08610.1196.7
3.94-4.332.90.05715.9199.1
4.33-4.962.90.03823.9198.9
4.96-6.242.90.03823.5198.8
6.24-502.80.02433.7197

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2POL

2pol


解像度: 2.89→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.483 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28655 2703 5 %RANDOM
Rwork0.25992 ---
all0.26124 51324 --
obs0.26124 51324 97.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.57 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16587 0 0 0 16587
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02216864
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.373222988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.57752226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.92823.221624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.094152706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.64315145
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.894→2.969 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 181 -
Rwork0.331 3629 -
obs--94.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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