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- PDB-5agu: The sliding clamp of Mycobacterium tuberculosis in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5agu
タイトルThe sliding clamp of Mycobacterium tuberculosis in complex with a natural product.
要素
  • DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA
  • GRISELIMYCIN
キーワードTRANSFERASE / DNAN / DNA POLYMERASE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / TUBERCULOSIS / NATURAL PRODUCT / SLIDING CLAMP
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / peptidoglycan-based cell wall / DNA-directed DNA polymerase activity / response to antibiotic / DNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / : / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌)
STREPTOMYCES CAELICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.173 Å
データ登録者Lukat, P. / Kling, A. / Heinz, D.W. / Mueller, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Antibiotics. Targeting Dnan for Tuberculosis Therapy Using Novel Griselimycins.
著者: Kling, A. / Lukat, P. / Almeida, D.V. / Bauer, A. / Fontaine, E. / Sordello, S. / Zaburannyi, N. / Herrmann, J. / Wenzel, S.C. / Konig, C. / Ammerman, N.C. / Barrio, M.B. / Borchers, K. / ...著者: Kling, A. / Lukat, P. / Almeida, D.V. / Bauer, A. / Fontaine, E. / Sordello, S. / Zaburannyi, N. / Herrmann, J. / Wenzel, S.C. / Konig, C. / Ammerman, N.C. / Barrio, M.B. / Borchers, K. / Bordon-Pallier, F. / Bronstrup, M. / Courtemanche, G. / Gerlitz, M. / Geslin, M. / Hammann, P. / Heinz, D.W. / Hoffmann, H. / Klieber, S. / Kohlmann, M. / Kurz, M. / Lair, C. / Matter, H. / Nuermberger, E. / Tyagi, S. / Fraisse, L. / Grosset, J.H. / Lagrange, S. / Muller, R.
履歴
登録2015年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Atomic model / Derived calculations
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_proc ...entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年7月17日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA
B: DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA
C: GRISELIMYCIN
D: GRISELIMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4026
ポリマ－87,1894
非ポリマー2122
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-23.4 kcal/mol
Surface area33360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.516, 87.516, 199.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99814, -0.0013, 0.06094), (-0.00185, -0.99866, -0.05164), (0.06092, -0.05166, 0.9968)
ベクター: 5.59392, 155.18793, 3.66655)

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE III SUBUNIT BETA


分子量: 42479.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌)
プラスミド: PVP008_DNANMTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: I6XU56, UniProt: P9WNU1*PLUS, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質・ペプチド GRISELIMYCIN


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1115.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) STREPTOMYCES CAELICUS (バクテリア) / 参照: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
#3: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FIRST 4 N-TERMINAL RESIDUES ARE REMAINING FROM THE TEV- CLEAVAGE SITE AFTER PROTEOLYSIS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 21.2 % (W/V) PEG 3000, 100 MM TRIS-HCL PH 7.67.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→199.3 Å / Num. obs: 45449 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.8 % / Biso Wilson estimate: 32.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.17→2.18 Å / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASERvia位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P16

3p16


解像度: 2.173→70.841 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2267 2339 5.2 %
Rwork0.1838 --
obs0.1861 45371 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.173→70.841 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5668 0 14 357 6039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085886
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2678072
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5422204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761007
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051042
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1726-2.2170.30471440.2572531X-RAY DIFFRACTION100
2.217-2.26520.283950.24312571X-RAY DIFFRACTION100
2.2652-2.31790.28981240.23222545X-RAY DIFFRACTION100
2.3179-2.37580.2571630.21852498X-RAY DIFFRACTION100
2.3758-2.44010.25891380.21612526X-RAY DIFFRACTION100
2.4401-2.51190.2631220.21752517X-RAY DIFFRACTION100
2.5119-2.5930.2791450.21412527X-RAY DIFFRACTION100
2.593-2.68570.28311690.20952498X-RAY DIFFRACTION100
2.6857-2.79320.26071350.20442531X-RAY DIFFRACTION100
2.7932-2.92030.24421380.20722542X-RAY DIFFRACTION100
2.9203-3.07430.27931320.19722516X-RAY DIFFRACTION100
3.0743-3.26690.24321350.19052550X-RAY DIFFRACTION100
3.2669-3.51910.23371220.17652553X-RAY DIFFRACTION100
3.5191-3.87320.22031270.1662524X-RAY DIFFRACTION100
3.8732-4.43360.16941490.14332532X-RAY DIFFRACTION100
4.4336-5.58560.17761530.14492524X-RAY DIFFRACTION100
5.5856-70.8790.19891480.17772547X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8370.7198-0.95711.73730.01910.98880.2343-0.20130.79240.0540.012-0.08780.01370.11050.00240.3054-0.02870.01560.3449-0.03180.4466-8.1859104.8205-12.5497
20.4165-0.00840.14364.41720.95440.53390.0311-0.01720.0611-0.1028-0.01220.314-0.0978-0.0509-0.00020.2144-0.00970.01640.3229-0.01450.2076-27.411881.9703-13.5989
32.0963-0.14380.21264.65270.02651.7084-0.006-0.1078-0.33070.4001-0.0019-0.20470.31370.0274-0.00160.2489-0.0136-0.02860.27340.02860.2325-18.759356.626-11.1138
42.35910.2411-0.03521.7775-0.04911.86790.2369-0.1148-1.04950.1664-0.1025-0.1644-0.21010.54260.02570.322-0.0162-0.04640.54780.0140.668214.242952.9361-14.8064
53.16570.59650.34140.593-0.15530.12280.09570.2376-0.93640.11280.1915-0.0710.12560.06310.00130.32940.062-0.02640.4942-0.01190.495615.588556.4365-13.4374
61.5204-0.72880.31963.6434-0.4420.7340.02050.0872-0.0483-0.05670.0053-0.06570.09590.026300.235-0.01590.02310.4948-0.00760.238932.874974.1721-16.9156
73.0594-1.247-0.36783.56170.56481.651-0.0427-0.12710.49470.2290.0181-0.0467-0.20340.09280.00240.2858-0.04760.01610.4345-0.01710.341823.041799.2019-11.8469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 12 THROUGH 134 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 135 THROUGH 270 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 271 THROUGH 401 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 12 THROUGH 91 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 92 THROUGH 154 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 155 THROUGH 270 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 271 THROUGH 401 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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