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万見
- PDB-3p0v: anti-EGFR/HER3 Fab DL11 alone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p0v
タイトルanti-EGFR/HER3 Fab DL11 alone
要素
  • Fab DL11 heavy chain
  • Fab DL11 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta-sandwich / antigens EGFR and HER3
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Shia, S.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2011
タイトル: A two-in-one antibody against HER3 and EGFR has superior inhibitory activity compared with monospecific antibodies.
著者: Schaefer, G. / Haber, L. / Crocker, L.M. / Shia, S. / Shao, L. / Dowbenko, D. / Totpal, K. / Wong, A. / Lee, C.V. / Stawicki, S. / Clark, R. / Fields, C. / Lewis Phillips, G.D. / Prell, R.A. ...著者: Schaefer, G. / Haber, L. / Crocker, L.M. / Shia, S. / Shao, L. / Dowbenko, D. / Totpal, K. / Wong, A. / Lee, C.V. / Stawicki, S. / Clark, R. / Fields, C. / Lewis Phillips, G.D. / Prell, R.A. / Danilenko, D.M. / Franke, Y. / Stephan, J.P. / Hwang, J. / Wu, Y. / Bostrom, J. / Sliwkowski, M.X. / Fuh, G. / Eigenbrot, C.
履歴
登録2010年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab DL11 light chain
H: Fab DL11 heavy chain
M: Fab DL11 light chain
I: Fab DL11 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9348
ポリマ－94,7734
非ポリマー1604
水19811
1
L: Fab DL11 light chain
H: Fab DL11 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4674
ポリマ－47,3872
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
2
M: Fab DL11 light chain
I: Fab DL11 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4674
ポリマ－47,3872
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.375, 77.168, 82.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11L
21M
12H
22I

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112L1 - 230
2112M1 - 230
1122H1 - 134
2122I1 - 134
1222H142 - 230
2222I142 - 230

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 Fab DL11 light chain


分子量: 23385.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pW0579-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab DL11 heavy chain


分子量: 24000.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pW0579-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MgCl/PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月30日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 20713 / Num. obs: 20173 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 55 Å2 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 9.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 44.118 / SU ML: 0.387 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.47 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28018 1064 5.1 %RANDOM
Rwork0.22706 ---
all0.23 20687 --
obs0.22969 19623 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.986 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.76 Å20 Å2-0.26 Å2
2--4.22 Å20 Å2
3----1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6493 0 4 11 6508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2671.9549077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1545859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1924.615260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.919151054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.5361524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.22517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.24433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0230.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1932.54356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.55156922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.522.52623
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.74852155
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1L852tight positional0.040.05
2H860tight positional0.040.05
1L785medium positional0.270.5
2H736medium positional0.160.5
1L852tight thermal0.080.5
2H860tight thermal0.070.5
1L785medium thermal0.612
2H736medium thermal0.52
LS精密化 シェル解像度: 2.852→3.006 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 141 -
Rwork0.294 2769 -
obs--97.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3872-0.14880.30450.8601-0.68862.67670.12110.16180.04970.004-0.06220.0321-0.09670.064-0.0589-0.001-0.01410.0134-0.0852-0.0072-0.0817-25.4336-12.4619-39.902
21.75950.1060.03610.9692-1.062.4105-0.03640.7507-0.38260.03330.168-0.16130.06940.0106-0.1317-0.1470.00010.01740.2792-0.0808-0.0537.7414-18.659-43.9035
31.1320.3638-0.53880.7395-0.96582.97990.079-0.05440.04070.0472-0.1076-0.0356-0.09140.10430.0286-0.0512-0.0068-0.0027-0.1087-0.0019-0.0501-20.689-30.3438-79.4895
41.962-0.26150.85310.9947-0.40862.44810.09450.0438-0.0464-0.1626-0.01380.18450.2459-0.0007-0.0807-0.0897-0.0043-0.0586-0.30760.0261-0.0865-53.6974-37.8541-81.5308
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 123
2X-RAY DIFFRACTION1L1 - 108
3X-RAY DIFFRACTION2H124 - 223
4X-RAY DIFFRACTION2L109 - 212
5X-RAY DIFFRACTION3I1 - 123
6X-RAY DIFFRACTION3M1 - 108
7X-RAY DIFFRACTION4I124 - 222
8X-RAY DIFFRACTION4M109 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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