PDB-3oyy: Structure of Pseudomonas aeruginosa elongation factor P

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oyy

タイトル

Structure of Pseudomonas aeruginosa elongation factor P

要素

Elongation factor P

キーワード

TRANSLATION / elongation factor

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide biosynthetic process / translation elongation factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Choe, J. / Choi, S.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of elongation factor P from Pseudomonas aeruginosa at 1.75 angstrom resolution.
著者: Choi, S. / Choe, J.

履歴

登録	2010年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oyy.cif.gz	160.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oyy.ent.gz	127.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oyy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oyy_validation.pdf.gz	450 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oyy_full_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示
XML形式データ	3oyy_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	3oyy_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/3oyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/3oyy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6rk3-d 3qln-d 4xoc-d 6a73-1 2qfa-d 6yie-1 5xw7-2 6iej-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Elongation factor P

B: Elongation factor P

ヘテロ分子

42.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Elongation factor P

登録者が定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Elongation factor P

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.852, 51.986, 67.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.19, 99.52, 104.57
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Elongation factor P / EF-P 分子量: 21297.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: efp, PA2851 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HZZ2
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.35M KPhosphate, 0.15M NaPhosphate, 0.2M NaAcetate PH 4.5, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-17A	1	0.97865
シンクロトロン	PAL/PLS	4A	2	0.97904

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 270	1	CCD	2010年6月14日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2010年5月31日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97865	1
2	0.97904	1

反射

解像度: 1.75→19.81 Å / Num. all: 51088 / Num. obs: 46460 / % possible obs: 90.94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→19.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.985 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2593	2346	5 %	RANDOM
R_work	0.20389	-	-	-
obs	0.20679	44114	90.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.897 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.97 Å²	0.44 Å²	1.33 Å²
2-	-	0.4 Å²	0.33 Å²
3-	-	-	1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2924	0	5	492	3421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2977
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.764	1.965	4022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.226	5	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.307	25.286	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.828	15	538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.129	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.256	0.2	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.394	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.23	1.5	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.181	2	2995
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.272	3	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.447	4.5	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.747→1.792 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	141	-
R_work	0.274	3023	-
obs	-	-	84.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.2911 Å / Origin y: 39.654 Å / Origin z: 31.4568 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0052 Å²	0.0006 Å²	0.0115 Å²	-	0.0336 Å²	0.0037 Å²	-	-	0.046 Å²
L	0.0063 °²	0.019 °²	0.0274 °²	-	0.2027 °²	0.0755 °²	-	-	0.1355 °²
S	-0.0061 Å °	-0.0014 Å °	0.0012 Å °	-0.0106 Å °	-0.0067 Å °	0.0193 Å °	-0.0124 Å °	0.0158 Å °	0.0128 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 186
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 186

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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