PDB-3ow8: Crystal Structure of the WD repeat-containing protein 61

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ow8

タイトル

Crystal Structure of the WD repeat-containing protein 61

要素

WD repeat-containing protein 61

キーワード

TRANSCRIPTION / WD repeat / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Ski complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / negative regulation of myeloid cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / rescue of stalled ribosome / transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Tempel, W. / Li, Z. / Chao, X. / Lam, R. / Wernimont, A.K. / He, H. / Seitova, A. / Pan, P.W. / Li, Y. / Bountra, C. ...

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2011
タイトル: Structure and function of WD40 domain proteins.
著者: Xu, C. / Min, J.

履歴

登録	2010年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3ow8_full_validation.pdf.gz	463.8 KB	表示
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CIF形式データ	3ow8_validation.cif.gz	54.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/3ow8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/3ow8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3e0cC 3fm0C 3gfcC 3i2nC 3frxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vfc-d 2h9m-2 2o9k-2 4o45-d 2o9k-1 5sxm-1 4qqe-d 2h9m-1 2co0-1 2h13-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 61

B: WD repeat-containing protein 61

C: WD repeat-containing protein 61

D: WD repeat-containing protein 61

143 kDa, 4 ポリマー
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1

A: WD repeat-containing protein 61

ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: WD repeat-containing protein 61

ソフトウェアが定義した集合体
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3

C: WD repeat-containing protein 61

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4

D: WD repeat-containing protein 61

ソフトウェアが定義した集合体
35.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.544, 72.922, 81.514
Angle α, β, γ (deg.)	114.340, 96.440, 90.120
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D
1	3	A
2	3	C
1	4	A
2	4	C
1	5	B
2	5	C
1	6	B
2	6	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	2	A	A	5 - 60	21 - 76
2	1	1	TYR	TYR	LEU	LEU	2	B	B	5 - 60	21 - 76
1	2	1	GLN	GLN	LEU	LEU	4	A	A	64 - 228	80 - 244
2	2	1	GLN	GLN	LEU	LEU	4	B	B	64 - 228	80 - 244
1	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	4	A	A	232 - 304	248 - 320
2	3	1	ALA	ALA	PRO	PRO	4	B	B	232 - 304	248 - 320
1	1	2	TYR	TYR	PRO	PRO	2	C	C	5 - 304	21 - 320
2	1	2	TYR	TYR	PRO	PRO	2	D	D	5 - 304	21 - 320
1	1	3	SER	SER	HIS	HIS	2	A	A	229 - 231	245 - 247
2	1	3	SER	SER	HIS	HIS	2	C	C	229 - 231	245 - 247
1	1	4	GLU	GLU	HIS	HIS	2	A	A	61 - 63	77 - 79
2	1	4	GLU	GLU	HIS	HIS	2	C	C	61 - 63	77 - 79
1	1	5	SER	SER	HIS	HIS	3	B	B	229 - 231	245 - 247
2	1	5	SER	SER	HIS	HIS	3	C	C	229 - 231	245 - 247
1	1	6	GLU	GLU	HIS	HIS	3	B	B	61 - 63	77 - 79
2	1	6	GLU	GLU	HIS	HIS	3	C	C	61 - 63	77 - 79

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 61 / Meiotic recombination REC14 protein homolog 分子量: 35629.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR61 / プラスミド: pFBOH-MHL 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q9GZS3
#2: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.46 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Mix 0.5uL precipitant (6% PEG20000, 8% PEG-MME550, 0.2M calcium acetate), 0.5uL protein stock solution (11 mg/mL protein), 0.2 uL additive (5% w/v polyvinylpyrrolidine K15), vapor diffusion, ...詳細: Mix 0.5uL precipitant (6% PEG20000, 8% PEG-MME550, 0.2M calcium acetate), 0.5uL protein stock solution (11 mg/mL protein), 0.2 uL additive (5% w/v polyvinylpyrrolidine K15), vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.46 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Mix 0.5uL precipitant (6% PEG20000, 8% PEG-MME550, 0.2M calcium acetate), 0.5uL protein stock solution (11 mg/mL protein), 0.2 uL additive (5% w/v polyvinylpyrrolidine K15), vapor diffusion, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 58481 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Χ²: 1.868 / Net I/σ(I): 9.89

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.3-2.34	1.8	0.865	1.05	2898	1.915	96
2.34-2.38	1.8	0.781		2882	1.783	96.8
2.38-2.43	1.8	0.735		2905	1.812	96.9
2.43-2.48	1.9	0.635		2894	1.688	97.3
2.48-2.53	1.9	0.582		2913	1.902	97.4
2.53-2.59	1.9	0.564		2931	1.826	97.5
2.59-2.66	1.9	0.444		2902	1.809	97.5
2.66-2.73	1.9	0.374		2918	1.905	97.6
2.73-2.81	1.9	0.324		2970	1.899	98.1
2.81-2.9	1.9	0.265		2886	1.939	98
2.9-3	1.9	0.198		2923	1.784	98.2
3-3.12	1.9	0.174		2963	1.93	98.2
3.12-3.26	1.9	0.132		2929	1.87	98.2
3.26-3.44	1.9	0.104		2918	1.893	98.2
3.44-3.65	1.9	0.079		2950	1.89	98.5
3.65-3.93	1.9	0.068		2936	1.943	98.3
3.93-4.33	1.9	0.055		2952	1.943	98.5
4.33-4.95	1.9	0.042		2947	1.818	98.5
4.95-6.24	1.9	0.048		2937	1.727	98.9
6.24-40	2	0.046		2927	2.057	97.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3frx

3frx

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / WR_factor R_free: 0.257 / WR_factor R_work: 0.226 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 23.543 / SU ML: 0.245
交差検証法: THROUGHOUT. Change of flag assignment was followed by slow-cool simulated annealing (from temperature = 5000.0, phenix).
σ(F): 0 / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED. Programs chainsaw, resolve, buccaneer, phenix, autobuster, coot and the molprobity server were also used during refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2766	2000	3.434 %	phenix.reflection_file_converter --use-lattice-symmetry-in-r-free-flag-generation
R_work	0.244	-	-	-
obs	0.245	58241	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.65 Å² / B_iso mean: 29.377 Å² / B_iso min: 19.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.228 Å²	-0.256 Å²	-0.235 Å²
2-	-	-0.925 Å²	0.491 Å²
3-	-	-	3.505 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8828	0	35	0	8863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	9056
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5573
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.1	1.919	12391
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.812	3	13657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.18	5	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.43	24.768	367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.38	15	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.022	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.249	1.5	5852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.066	1.5	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.456	2	9326
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.79	3	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.213	4.5	3065

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	285	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
1	A	3128	MEDIUM POSITIONAL	0.11	0.5
1	A	285	TIGHT THERMAL	0.19	0.5
1	A	3128	MEDIUM THERMAL	0.19	2
2	C	1766	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	C	1875	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
2	C	1766	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
2	C	1875	MEDIUM THERMAL	0.04	2
3	A	17	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	A	13	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
3	A	17	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
3	A	13	MEDIUM THERMAL	0.05	2
4	A	17	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	A	21	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
4	A	17	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
4	A	21	MEDIUM THERMAL	0.05	2
5	B	17	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
5	B	13	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
5	B	17	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
5	B	13	LOOSE THERMAL	0.09	10
6	B	17	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
6	B	21	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
6	B	17	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
6	B	21	LOOSE THERMAL	0.05	10

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.3-2.359	0.402	148	0.378	4025	4173
2.359-2.424	0.422	147	0.371	3987	4134
2.424-2.493	0.34	136	0.353	3952	4088
2.493-2.57	0.405	132	0.336	3756	3888
2.57-2.653	0.353	133	0.315	3689	3822
2.653-2.746	0.31	123	0.29	3553	3676
2.746-2.848	0.301	119	0.263	3450	3569
2.848-2.963	0.34	118	0.253	3357	3475
2.963-3.094	0.283	112	0.237	3208	3320
3.094-3.243	0.279	117	0.229	3064	3181
3.243-3.416	0.249	97	0.227	2903	3000
3.416-3.621	0.243	96	0.219	2797	2893
3.621-3.867	0.249	93	0.221	2578	2671
3.867-4.171	0.217	88	0.2	2421	2509
4.171-4.56	0.201	80	0.177	2247	2327
4.56-5.084	0.2	77	0.18	2019	2096
5.084-5.842	0.252	61	0.229	1820	1881
5.842-7.088	0.334	56	0.254	1526	1582
7.088-9.756	0.253	43	0.262	1197	1240
9.756-30	0.289	24	0.26	692	716

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5128	0.4818	0.1022	2.6918	-0.0018	2.1441	0.0844	-0.2337	0.3174	0.3174	-0.1291	0.308	-0.214	-0.0735	0.0447	0.1398	-0.0036	0.0257	0.0281	-0.0474	0.13	11.7708	20.2199	51.7681
2	2.2668	-0.0707	-0.0318	2.3743	0.2722	1.8823	0.058	0.1592	-0.2039	-0.1631	-0.0313	0.0732	0.1909	-0.0664	-0.0268	0.123	0.0149	-0.0413	0.0236	-0.0046	0.058	-20.6897	26.6757	19.7435
3	2.5936	0.2829	0.3055	1.7898	0.451	2.0754	-0.0249	0.2357	0.2493	-0.2767	-0.0405	0.0661	-0.1602	-0.0054	0.0654	0.0518	0.0081	-0.0155	0.025	0.0239	0.0376	-19.353	-12.5286	19.7952
4	2.3019	-0.0903	0.1264	2.1488	0.3048	1.9569	0.0468	-0.2058	-0.1123	0.2779	-0.0632	0.0602	0.1563	-0.1114	0.0164	0.0486	-0.0173	0.0042	0.0255	0.0069	0.0077	13.0173	-13.3138	51.8319

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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