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万見
- PDB-3ovu: Crystal Structure of Human Alpha-Haemoglobin Complexed with AHSP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ovu
タイトルCrystal Structure of Human Alpha-Haemoglobin Complexed with AHSP and the First NEAT Domain of IsdH from Staphylococcus aureus
要素
  • Alpha-hemoglobin-stabilizing protein
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Iron-regulated surface determinant protein H
キーワードOXYGEN TRANSPORT/PROTEIN BINDING / haemoglobin / AHSP / NEAT domain / IsdH / protein-protein complex / host-pathogen interaction / OXYGEN TRANSPORT-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin metabolic process / nitric oxide transport / hemoglobin binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / hemopoiesis / Scavenging of heme from plasma ...hemoglobin metabolic process / nitric oxide transport / hemoglobin binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / hemopoiesis / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / erythrocyte differentiation / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / peroxidase activity / unfolded protein binding / protein folding / protein stabilization / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-haemoglobin stabilising protein / AHSP superfamily / Alpha-haemoglobin stabilising protein / AHSP / Iron-regulated surface determinant protein H / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain ...Alpha-haemoglobin stabilising protein / AHSP superfamily / Alpha-haemoglobin stabilising protein / AHSP / Iron-regulated surface determinant protein H / : / Iron-regulated surface determinant protein H/B, linker domain / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Hemoglobin, pi / YSIRK Gram-positive signal peptide / Hemoglobin, alpha-type / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Iron-regulated surface determinant protein H / Alpha-hemoglobin-stabilizing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Jacques, D.A. / Krishna Kumar, K. / Caradoc-Davies, T.T. / Langley, D.B. / Mackay, J.P. / Guss, J.M. / Gell, D.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A new haem pocket structure in alpha-haemoglobin
著者: Krishna Kumar, K. / Jacques, D.A. / Caradoc-Davies, T.T. / Spirig, T. / Langley, D.B. / Mackay, J.P. / Guss, J.M. / Clubb, R.T. / Gell, D.A.
履歴
登録2010年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-hemoglobin-stabilizing protein
B: Iron-regulated surface determinant protein H
C: Hemoglobin subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3934
ポリマ－45,7763
非ポリマー6161
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.638, 71.659, 82.058
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-hemoglobin-stabilizing protein / Erythroid-associated factor / Erythroid differentiation-related factor


分子量: 11721.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AHSP / プラスミド: pGEX2t / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NZD4
#2: タンパク質 Iron-regulated surface determinant protein H / IsdH / Haptoglobin receptor A / Staphylococcus aureus surface protein I


分子量: 18904.824 Da / 分子数: 1 / Fragment: first NEAT domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MSSA476 / 遺伝子: SAS1657 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6G8J7
#3: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin alpha chain / Alpha-globin


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 % / 解説: The file contains Friedel pair. / Mosaicity: 1.401 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M sodium acetate, 20%(w/v) PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.74086, 1.73903, 1.67541
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月14日
放射モノクロメーター: Double crystal (Si111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.740861
21.739031
31.675411
Reflection冗長度: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 6.6 / 数: 128528 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Χ2: 1.07 / D res high: 2.82 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 18921 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
2.822.8710010.8581.2345.7
2.872.9210010.6841.0866.2
2.922.9810010.6571.1246.7
2.983.0410010.5571.1386.7
3.043.110010.4921.0876.8
3.13.1810010.4051.0616.7
3.183.2610010.3631.0816.8
3.263.3410010.311.0926.8
3.343.4410010.2791.0676.8
3.443.5510010.2541.0816.9
3.553.6810010.2271.0617
3.683.8310010.2061.0597
3.83410010.1881.0787
44.2110010.1661.0057
4.214.4810010.1551.037
4.484.8210010.1381.0337
4.825.3110010.1351.0356.9
5.316.0710010.1311.0457
6.077.6510010.1151.0196.8
7.655010010.111.0457.3
反射解像度: 2.83→50 Å / Num. all: 18538 / Num. obs: 18538 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.83-2.882.90.6691.69331.10199.7
2.88-2.933.20.552.19171.09299.9
2.93-2.993.30.5392.19371.07899.6
2.99-3.053.30.4552.59131.06499.6
3.05-3.113.30.39239491.02899.4
3.11-3.193.40.3523.29051.02499.7
3.19-3.273.30.3093.69271.05299.8
3.27-3.363.30.2734.19161.03499.9
3.36-3.453.30.2514.49290.989100
3.45-3.573.40.2284.99451.06599.7
3.57-3.693.40.2075.59111.023100
3.69-3.843.40.1915.89130.99799.9
3.84-4.023.40.1726.79361.07699.8
4.02-4.233.40.1586.99301.00499.7
4.23-4.493.50.1487.29260.95399.8
4.49-4.843.50.1348.39321.09699.8
4.84-5.323.40.1318.19261.00599.8
5.32-6.093.40.138.49240.99699.8
6.09-7.673.40.11899331.02599.7
7.67-503.60.1198.89361.01100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.83→49.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / WRfactor Rfree: 0.3026 / WRfactor Rwork: 0.2785 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7802 / SU B: 44.029 / SU ML: 0.395 / SU R Cruickshank DPI: 0.408 / SU Rfree: 0.4532 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.453 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The file contains Friedel pair. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2802 477 4.8 %RANDOM
Rwork0.2521 ---
all0.2534 ---
obs0.2534 18538 97.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.24 Å2 / Biso mean: 67.188 Å2 / Biso min: 4.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20 Å2
2--2.03 Å20 Å2
3----2.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→49.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2915 0 43 3 2961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0223036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6571.9974143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70234835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5145368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.76425.036137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.1115486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.071158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0213375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.22921859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.032732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.4532992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.60341177
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.00761151
LS精密化 シェル解像度: 2.825→2.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 22 -
Rwork0.323 601 -
all-623 -
obs--85.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.3489-0.7982-6.22422.09840.835410.3490.53520.41080.75380.0560.12350.2185-1.0045-0.3583-0.65870.44340.00260.07610.19580.07350.4619-3.421935.77551.7587
21.42081.1401-0.18015.48380.51171.81220.07440.1374-0.09020.0428-0.01580.0730.2544-0.2373-0.05860.3770.0248-0.03150.3232-0.02410.2844-10.8457-3.621-4.214
34.2865-0.61341.03469.7635-0.26175.19070.07690.2088-0.2779-0.34430.0406-0.44910.15510.0924-0.11750.277-0.0204-0.03380.2715-0.04830.1785-6.6492-4.2018-7.317
4-0.0010.66641.07222.94173.2026.49120.1594-0.2502-0.12850.2520.0692-0.20870.09660.028-0.22860.3569-0.0517-0.01720.44650.02030.4167-0.942619.350816.6097
50.6621-0.17420.12283.24371.29984.58980.2544-0.22770.00090.2627-0.14280.15530.132-0.0675-0.11160.3348-0.05160.00140.3125-0.00260.3911-6.400316.443517.208
61.20312.3213-3.29822.3115-0.288712.24590.2386-0.13990.27820.4117-0.11840.2308-0.5359-0.4507-0.12020.375-0.0054-0.00220.3280.02990.399-11.195620.40849.9829
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2B84 - 156
3X-RAY DIFFRACTION3B157 - 227
4X-RAY DIFFRACTION4C2 - 50
5X-RAY DIFFRACTION5C51 - 117
6X-RAY DIFFRACTION6C118 - 140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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