PDB-3ov4: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase P39GV40GS42G from Pseu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ov4

タイトル

Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase P39GV40GS42G from Pseudomonas Testosteroni (tKSI) bound to Equilenin

要素

Steroid Delta-isomerase

キーワード

TRANSFERASE / Isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas testosteroni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Schwans, J. / Sunden, F. / Herschlag, D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase P39GV40GS42G from Pseudomonas Testosteroni (tKSI)
著者: Schwans, J. / Sunden, F. / Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Herschlag, D.

履歴

登録	2010年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ov4.cif.gz	226.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ov4.ent.gz	185.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ov4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/3ov4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/3ov4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8choS 3m8c 3mh3 3mki 3myt 3nbr 3nhx 3nm2 3nuv 3nxj S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4l7k-6 3m8c-2 3unl-2 6ccf-2 3mki-1 2p0c-2 3m8c-1 1ohs-1 5ugi-1 3mhe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

55.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.360, 64.360, 505.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-164- HOH
2	1	C-567- HOH

#1: タンパク質	Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 分子量: 13299.934 Da / 分子数: 4 / 変異: P39G V40G S42G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 株: ATC 11996 / 遺伝子: ksi / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P00947, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EQU / EQUILENIN / エキレニン分子量: 266.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 10mg/ml protein, 1.8 M ammonium sulfate, 40mM potassium phosphate , 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	1	0.9795
シンクロトロン	SSRL	BL9-1	2	0.9795

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2010年3月24日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2010年4月7日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si double crystal	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	Si single crystal	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.825→37.45 Å / Num. all: 56752 / Num. obs: 56752 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 25.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.83-1.87	2.3	0.383	2	8345	3579	0.383	87.2
1.87-1.92	2.9	0.332	2.4	11374	3880	0.332	96.6
1.92-1.98	5.1	0.266	2.9	19636	3837	0.266	98
1.98-2.04	10.4	0.252	3.1	39590	3797	0.252	100
2.04-2.11	12.7	0.222	3.5	47416	3723	0.222	100
2.11-2.18	13.3	0.193	4	47849	3606	0.193	100
2.18-2.26	13.6	0.168	4.6	46872	3454	0.168	100
2.26-2.36	14	0.151	5	47298	3379	0.151	100
2.36-2.46	14.4	0.133	5.8	46676	3240	0.133	100
2.46-2.58	15	0.116	6.6	46627	3114	0.116	100
2.58-2.72	15.6	0.097	7.8	45878	2948	0.097	100
2.72-2.89	16.3	0.083	8.9	45892	2810	0.083	100
2.89-3.09	17.2	0.067	10.8	45973	2680	0.067	100
3.09-3.33	18	0.057	12.7	44917	2491	0.057	100
3.33-3.65	18.9	0.05	14	43692	2313	0.05	100
3.65-4.08	19.7	0.044	15.1	42089	2141	0.044	100
4.08-4.71	20.3	0.039	16.5	38650	1902	0.039	100
4.71-5.77	20.5	0.039	15.7	33958	1654	0.039	100
5.77-8.16	20.7	0.033	19.9	28041	1354	0.033	100
8.16-38.891	17.8	0.021	28.4	15133	850	0.021	99

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2 Å	39.56 Å
Translation	2 Å	39.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8CHO

8cho

解像度: 1.83→37.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / WR_factor R_free: 0.2065 / WR_factor R_work: 0.1709 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8807 / SU B: 5.923 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.1278 / SU R_free: 0.1253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2276	2873	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1874	-	-	-
all	0.1894	56549	-	-
obs	0.1894	56549	98.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.2 Å² / B_iso mean: 18.6023 Å² / B_iso min: 4.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	0.19 Å²	0 Å²
2-	-	0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→37.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3683	0	125	502	4310

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	4264
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.857	1.971	5840
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.397	3.002	6738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.284	5	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.285	23.137	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.621	15	663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.646	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4968
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.224	1.5	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.255	1.5	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.098	2	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.999	3	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.601	4.5	1586

LS精密化シェル

解像度: 1.825→1.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	174	-
R_work	0.319	3392	-
all	-	3566	-
obs	-	-	86.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1577	0.0223	-0.234	0.0298	-0.0089	0.3787	-0.0069	0.0083	0.0175	0.0102	0.0308	0.0081	0.0337	0.0099	-0.0239	0.0228	0.0065	-0.0063	0.0343	0.0082	0.0143	0.917	17.726	28.094
2	0.2669	-0.0002	0.0125	0.1493	-0.1065	0.4726	-0.0197	-0.0031	0.0337	0.0066	0.0329	0.0102	-0.021	0.0323	-0.0133	0.0032	-0.0025	0.0005	0.0368	0.0032	0.0147	5.529	32.286	15.318
3	0.1858	0.0173	-0.2607	0.0538	-0.0729	0.4591	-0.0092	-0.0508	0.0004	-0.0129	0.0076	-0.0041	0.0439	0.091	0.0016	0.0198	0.0062	-0.0064	0.0411	0.0022	0.0054	16.709	18.239	18.664
4	0.2844	-0.0658	0.1097	0.2032	0.1911	0.5055	0.014	-0.0069	-0.0086	0.0093	0.0079	0.0033	0.0095	-0.0467	-0.0219	0.0073	-0.0051	-0.0036	0.0315	0.0091	0.0062	27.213	27.294	35.295

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	126 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	130 - 622
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	126 - 130
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	131 - 623
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 124
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	126 - 128
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	129 - 621
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 125
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	126 - 129
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	130 - 620

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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