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万見
- PDB-3otx: Crystal Structure of Trypanosoma brucei rhodesiense Adenosine Kin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3otx
タイトルCrystal Structure of Trypanosoma brucei rhodesiense Adenosine Kinase Complexed with Inhibitor AP5A
要素Adenosine kinase, putative
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Adenosine Kinase / AP5A / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleotide biosynthetic process / adenosine kinase / adenosine kinase activity / AMP salvage / glycosome / ciliary plasm / purine ribonucleoside salvage / purine nucleobase metabolic process / phosphorylation / nucleoplasm ...purine ribonucleotide biosynthetic process / adenosine kinase / adenosine kinase activity / AMP salvage / glycosome / ciliary plasm / purine ribonucleoside salvage / purine nucleobase metabolic process / phosphorylation / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase, small domain / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Adenosine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Kuettel, S. / Greenwald, J. / Kostrewa, D. / Ahmed, S. / Scapozza, L. / Perozzo, R.
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of T. b. rhodesiense Adenosine Kinase Complexed with Inhibitor and Activator: Implications for Catalysis and Hyperactivation
著者: Kuettel, S. / Greenwald, J. / Kostrewa, D. / Ahmed, S. / Scapozza, L. / Perozzo, R.
履歴
登録2010年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine kinase, putative
B: Adenosine kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1426
ポリマ－76,2632
非ポリマー1,8794
水11,277626
1
A: Adenosine kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0713
ポリマ－38,1311
非ポリマー9392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Adenosine kinase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0713
ポリマ－38,1311
非ポリマー9392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.893, 70.549, 72.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Adenosine kinase, putative


分子量: 38131.480 Da / 分子数: 2 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
株: rhodesiense / 遺伝子: Tb927.6.2360 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q584S0, adenosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A


分子量: 916.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M sodium citrate, 20% iso-propanol, 20% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月24日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→80 Å / Num. all: 97047 / Num. obs: 97047 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.6 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 8658 / Rsym value: 0.434 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BX4

1bx4


解像度: 1.55→72.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.863 / SU ML: 0.062 / Isotropic thermal model: TLS and isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21417 4858 5 %RANDOM
Rwork0.18093 ---
obs0.1826 92189 96.49 %-
all-97047 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.354 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20.57 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----0.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.088 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→72.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5253 0 116 626 5995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4851.987570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5245703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.61423.695249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.08415926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8781542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.74723414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.14815514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6424.52144
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1612042
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 324 -
Rwork0.266 6689 -
obs-7013 95.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4449-0.1717-0.3571.08990.1431.20720.00080.06490.0363-0.0855-0.0435-0.0531-0.03210.07710.04260.01950.0019-0.01160.01260.00690.022816.4990.24129.535
21.31640.08220.11281.11570.24371.1599-0.00910.21160.0159-0.1045-0.0204-0.0273-0.0469-0.08620.02950.05230.0070.01520.0810.0090.020951.3447.3967.532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 345
2X-RAY DIFFRACTION1A346
3X-RAY DIFFRACTION2B4 - 345
4X-RAY DIFFRACTION2B346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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