PDB-3otd: Crystal structure of human tRNAHis guanylyltransferase (Thg1)- Na...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3otd

タイトル

Crystal structure of human tRNAHis guanylyltransferase (Thg1)- NaI derivative

要素

tRNA(His) guanylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / guanylyltransferase / polymerase-like palm domain / catalytic carboxylates

機能・相同性

機能・相同性情報

stress-induced mitochondrial fusion / tRNAHis guanylyltransferase / tRNA guanylyltransferase activity / transferase complex / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA processing / mitochondrial fusion / nucleotidyltransferase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Hyde, S.J. / Eckenroth, B.E. / Doublie, S.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: tRNAHis guanylyltransferase (THG1), a unique 3'-5' nucleotidyl transferase, shares unexpected structural homology with canonical 5'-3' DNA polymerases.
著者: Hyde, S.J. / Eckenroth, B.E. / Smith, B.A. / Eberley, W.A. / Heintz, N.H. / Jackman, J.E. / Doublie, S.

履歴

登録	2010年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Source and taxonomy
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3otd.cif.gz	112.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3otd.ent.gz	87 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3otd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3otd_validation.pdf.gz	433.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3otd_full_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示
XML形式データ	3otd_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	3otd_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3otd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3otd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3otbC 3otcC 3oteC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ote-1 3otb-1 7cv1-d 2wln-2 3wc0-3 1i7q-d 2wln-1 4lp8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA(His) guanylyltransferase

B: tRNA(His) guanylyltransferase

ヘテロ分子

64.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: tRNA(His) guanylyltransferase

B: tRNA(His) guanylyltransferase

ヘテロ分子

A: tRNA(His) guanylyltransferase

B: tRNA(His) guanylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.574, 140.574, 80.962
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: chain A,B, using restrain)

詳細

The biological unit is a tetramer generated from the dimer in the asymetric unit by the operation: Y, X, -Z+1

#1: タンパク質	tRNA(His) guanylyltransferase / tRNA-histidine guanylyltransferase / Interphase cytoplasmic foci protein 45 分子量: 31628.938 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: KATO III / 遺伝子: ICF45, THG1L / プラスミド: pME182-FL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS 参照: UniProt: Q9NWX6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.09 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, MgSO4, pH 7.5, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 104 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月10日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.28→15 Å / Num. obs: 37206 / % possible obs: 99.9 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Χ²: 1.034 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.28-2.36	0.804	3635	1.031	1	99.6
2.36-2.46	0.628	3662	1.03	1	100
2.46-2.57	0.516	3662	1.011	1	100
2.57-2.7	0.351	3677	1.031	1	99.9
2.7-2.87	0.256	3668	1.079	1	99.9
2.87-3.09	0.171	3702	1.065	1	100
3.09-3.4	0.103	3730	0.991	1	100
3.4-3.88	0.063	3741	1.008	1	100
3.88-4.86	0.046	3773	1.073	1	99.9
4.86-15	0.041	3956	1.017	1	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.28→15 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8192 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2584	3708	9.8 %
R_work	0.2361	-	-
obs	-	37084	98 %

溶媒の処理

B_sol: 34.1007 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.61 Å² / B_iso mean: 44.4873 Å² / B_iso min: 23.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.796 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.796 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.591 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3998	0	10	107	4115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.178
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.309	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.098	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.152	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.21	2.5

Refine LS restraints NCS

Rms: 0.091 / タイプ: restrain / Weight: 50

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.28-2.29	0.3819	10	0.2572	71	81
2.29-2.3	0.3465	71	0.3442	654	725
2.3-2.32	0.4009	70	0.3471	677	747
2.32-2.33	0.4304	75	0.3247	661	736
2.33-2.35	0.3723	70	0.307	676	746
2.35-2.37	0.3097	79	0.3011	649	728
2.37-2.39	0.3512	75	0.2989	704	779
2.39-2.41	0.2774	77	0.2878	645	722
2.41-2.42	0.3163	81	0.277	674	755
2.42-2.44	0.2693	91	0.2734	636	727
2.44-2.47	0.3346	73	0.2906	705	778
2.47-2.49	0.3015	72	0.2928	648	720
2.49-2.51	0.2737	74	0.27	671	745
2.51-2.53	0.3279	62	0.2756	694	756
2.53-2.56	0.3356	90	0.2837	662	752
2.56-2.58	0.3245	63	0.2889	673	736
2.58-2.61	0.3163	72	0.2637	663	735
2.61-2.63	0.3028	69	0.251	672	741
2.63-2.66	0.2915	82	0.261	678	760
2.66-2.69	0.3086	77	0.2744	667	744
2.69-2.72	0.2856	82	0.2807	670	752
2.72-2.75	0.268	63	0.2734	690	753
2.75-2.78	0.3272	73	0.2685	691	764
2.78-2.82	0.3101	71	0.2599	656	727
2.82-2.86	0.3045	70	0.282	684	754
2.86-2.9	0.2901	75	0.2521	695	770
2.9-2.94	0.3247	69	0.2729	651	720
2.94-2.98	0.3172	79	0.2874	671	750
2.98-3.03	0.3086	80	0.2735	671	751
3.03-3.08	0.2877	76	0.25	676	752
3.08-3.13	0.2365	83	0.2463	685	768
3.13-3.18	0.2691	78	0.2551	662	740
3.18-3.25	0.3059	76	0.275	701	777
3.25-3.31	0.2546	81	0.2628	654	735
3.31-3.38	0.267	82	0.2534	678	760
3.38-3.46	0.2359	64	0.2498	687	751
3.46-3.54	0.3306	67	0.2627	680	747
3.54-3.64	0.2517	79	0.2613	697	776
3.64-3.74	0.2406	84	0.234	655	739
3.74-3.86	0.2361	81	0.2403	688	769
3.86-4	0.2924	89	0.2153	659	748
4-4.16	0.202	82	0.2041	688	770
4.16-4.34	0.2223	78	0.2004	677	755
4.34-4.56	0.167	79	0.1729	706	785
4.56-4.84	0.1462	55	0.1674	713	768
4.84-5.2	0.1933	63	0.201	706	769
5.2-5.7	0.272	83	0.2007	699	782
5.7-6.46	0.2515	63	0.2305	728	791
6.46-7.94	0.2921	89	0.2244	721	810
7.94-15	0.1636	81	0.1636	757	838

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param	CNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param	CNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:water_rep.param	CNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:ion.param	CNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	iod.param	iod.top

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)