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万見
- PDB-3osr: Maltose-bound maltose sensor engineered by insertion of circularl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3osr
タイトルMaltose-bound maltose sensor engineered by insertion of circularly permuted green fluorescent protein into E. coli maltose binding protein at position 311
要素Maltose-binding periplasmic protein,Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Transport Protein / Engineered Protein / Sensor Protein / MBP / GFP / Maltose Sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein ...Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Echevarria, I.M. / Marvin, J.S. / Looger, L.L. / Schreiter, E.R.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: A genetically encoded, high-signal-to-noise maltose sensor.
著者: Marvin, J.S. / Schreiter, E.R. / Echevarria, I.M. / Looger, L.L.
履歴
登録2010年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 3.12024年10月30日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,Green fluorescent protein
B: Maltose-binding periplasmic protein,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,0684
ポリマ－145,3842
非ポリマー6852
水10,070559
1
A: Maltose-binding periplasmic protein,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0342
ポリマ－72,6921
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Maltose-binding periplasmic protein,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,0342
ポリマ－72,6921
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.825, 74.813, 171.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein,Green fluorescent protein / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 72691.812 Da / 分子数: 2
断片: GFP P42212 residues 2-146, 147-238, MBP P0AEX9 residues 27-199, 201-396
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, GFP / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: P42212
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 8% w/v polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月2日
放射モノクロメーター: Diamond (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→34.24 Å / Num. obs: 96467 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
specデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3EK4, 1ANF

3ek4

1anf


解像度: 2→34.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 8.508 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22573 4826 5 %RANDOM
Rwork0.18269 ---
obs0.18488 91629 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.638 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20 Å2-0.95 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9479 0 46 559 10084
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0229781
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8681.96913268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.005316208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29851205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.92825.516446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.088151649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1571526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.21434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02110885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021881
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0671.55986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3091.52453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89729629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.04733793
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7944.53635
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 371 -
Rwork0.223 6696 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.45610.09050.30.10360.07010.49640.02010.0182-0.01640.01360.0191-0.0347-0.0035-0.0073-0.03920.07250.02180.0010.0446-0.01020.046610.13449.27126.468
20.46620.288-0.37450.74420.26771.5681-0.02450.04560.03120.08120.099-0.02670.2950.0677-0.07450.14460.0073-0.03160.0295-0.01170.021212.54614.36516.257
30.39270.20540.05580.2788-0.02570.6474-0.00230.05060.0235-0.0454-0.0011-0.0586-0.04920.05050.00340.07180.01160.00570.04190.00080.0538.27154.70614.554
40.14330.13740.16240.34460.25440.90230.0314-0.0201-0.042-0.05030.013-0.0897-0.0445-0.0114-0.04440.09940.0011-0.01460.02660.00180.040429.14817.07461.389
52.45350.14471.12030.43280.44960.8772-0.00710.2628-0.04260.04630.0719-0.061-0.00330.1696-0.06490.11230.0228-0.04440.0506-0.03540.045839.03251.88265.748
60.11810.19530.33350.3560.62981.19450.07030.0623-0.09240.04830.1319-0.15670.06880.2106-0.20220.08480.0121-0.03090.0464-0.03970.124238.43211.9469.063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 312
2X-RAY DIFFRACTION2A313 - 559
3X-RAY DIFFRACTION3A560 - 619
4X-RAY DIFFRACTION4B-3 - 312
5X-RAY DIFFRACTION5B313 - 559
6X-RAY DIFFRACTION6B560 - 619

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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