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- PDB-3ori: Mycobacterium tuberculosis PknB kinase domain L33D mutant (crysta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ori
タイトルMycobacterium tuberculosis PknB kinase domain L33D mutant (crystal form 1)
要素Serine/threonine protein kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Kinase / Signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular biosynthetic process / negative regulation of growth rate / regulation of primary metabolic process / acetyltransferase activator activity / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / response to host immune response / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA binding / peptidoglycan biosynthetic process ...regulation of cellular biosynthetic process / negative regulation of growth rate / regulation of primary metabolic process / acetyltransferase activator activity / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / response to host immune response / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA binding / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / negative regulation of protein binding / manganese ion binding / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / phosphorylation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Serine/threonine-protein kinase PknB / Serine/threonine-protein kinase PknB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lombana, T.N. / Echols, N. / Good, M.C. / Thomsen, N.D. / Ng, H.-L. / Alber, T. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Allosteric activation mechanism of the Mycobacterium tuberculosis receptor Ser/Thr protein kinase, PknB.
著者: Lombana, T.N. / Echols, N. / Good, M.C. / Thomsen, N.D. / Ng, H.L. / Greenstein, A.E. / Falick, A.M. / King, D.S. / Alber, T.
履歴
登録2010年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年1月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine protein kinase
B: Serine/threonine protein kinase
C: Serine/threonine protein kinase
D: Serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,61516
ポリマ－134,0824
非ポリマー2,53212
水16,340907
1
A: Serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1544
ポリマ－33,5211
非ポリマー6333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1544
ポリマ－33,5211
非ポリマー6333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1544
ポリマ－33,5211
非ポリマー6333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1544
ポリマ－33,5211
非ポリマー6333
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.931, 51.544, 141.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 10 - 289 / Label seq-ID: 13 - 292

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine protein kinase


分子量: 33520.605 Da / 分子数: 4 / 断片: Kinase domain (UNP residues 1 to 308) / 変異: L33D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MRA_0016, pknB, PknB (Rv0014c) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5TY84, UniProt: P9WI81*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 907 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 100mM Tris pH 8.5, 200mM (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月1日
放射モノクロメーター: Y / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11591
21.1161
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 75618 / Num. obs: 75618 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1mru

1mru


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 9.326 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25794 3895 5.2 %RANDOM
Rwork0.2009 ---
obs0.20396 71720 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20.29 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8085 0 132 907 9124
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.98611460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.844317621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.83751060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.59523.441372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.915151258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0311572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21776
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.27774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.24113
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.24960
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2160.2754
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1390.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1230.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8071.55511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1991.52136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15828580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8633242
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.874.52880
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3877 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.390.5
2Bmedium positional0.410.5
3Cmedium positional0.390.5
4Dmedium positional0.410.5
1Amedium thermal0.472
2Bmedium thermal0.482
3Cmedium thermal0.52
4Dmedium thermal0.462
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.243 5384 -
Rfree-0 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08230.45680.08173.07620.93361.2845-0.08840.12840.104-0.43690.0210.1384-0.1417-0.11590.06740.0304-0.0078-0.0106-0.0654-0.0067-0.0873-23.46934.229111.476
21.7324-0.06520.24051.3791-0.05620.65060.0122-0.0582-0.06-0.05270.01970.00030.0439-0.0344-0.0319-0.0488-0.04880.0073-0.03190.0012-0.0485-9.99716.726124.788
32.083-0.59540.11843.13071.07811.271-0.1132-0.1709-0.06740.34160.05960.08010.1405-0.13370.05360.00060.00440.0088-0.07570.002-0.0901-2.26315.44590.753
41.75910.0067-0.13151.4431-0.22660.9876-0.01210.07580.07690.02940.04590.0225-0.0627-0.0079-0.0337-0.0640.03640.0045-0.0565-0.0006-0.049310.38532.90378.538
52.07440.175-0.44242.05011.25562.2636-0.04030.0168-0.03380.3069-0.01360.07210.1227-0.35390.05380.07110.0142-0.0114-0.04760.0096-0.0988-43.35414.60491.571
61.32320.3343-0.23291.4582-0.08380.65920.02240.08650.07070.04560.0246-0.0197-0.0768-0.1121-0.047-0.0560.0457-0.0046-0.0539-0.0082-0.0563-30.46632.08278.426
72.1078-0.45220.73772.31421.89272.1555-0.02130.07360.064-0.3416-0.01420.1439-0.2003-0.26490.03540.0554-0.0325-0.0118-0.02070.0301-0.1047-63.78835.041111.336
81.2703-0.28120.28881.4159-0.14740.62490.0077-0.0746-0.0499-0.0430.03610.0180.088-0.1161-0.0438-0.0561-0.0528-0.0035-0.0396-0.0078-0.0525-50.74317.481124.807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2A97 - 285
3X-RAY DIFFRACTION3B11 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4B97 - 285
5X-RAY DIFFRACTION5C11 - 96
6X-RAY DIFFRACTION6C97 - 285
7X-RAY DIFFRACTION7D11 - 96
8X-RAY DIFFRACTION8D97 - 285

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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