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万見
- PDB-3opz: Crystal structure of trans-sialidase in complex with the Fab frag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3opz
タイトルCrystal structure of trans-sialidase in complex with the Fab fragment of a neutralizing monoclonal IgG antibody
要素
  • Trans-sialidase
  • heavy chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
  • light chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
キーワードhydrolase/immune system / six-bladed beta-propeller neuraminidase immunoglobulin domain / viral protein-immune system complex / hydrolase-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Trans-sialidase, C-terminal domain / Trypanosome sialidase / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase ...: / Trans-sialidase, C-terminal domain / Trypanosome sialidase / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Trans-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Larrieux, N. / Muia, R. / Campetella, O. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with a neutralizing antibody: structure/function studies towards the rational design of inhibitors.
著者: Buschiazzo, A. / Muia, R. / Larrieux, N. / Pitcovsky, T. / Mucci, J. / Campetella, O.
履歴
登録2010年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq ...database_2 / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trans-sialidase
B: Trans-sialidase
C: Trans-sialidase
H: heavy chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
I: heavy chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
J: heavy chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
L: light chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
M: light chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
N: light chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,12412
ポリマ－355,9259
非ポリマー1993
水75742
1
A: Trans-sialidase
H: heavy chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
L: light chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,7535
ポリマ－118,6423
非ポリマー1112
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Trans-sialidase
I: heavy chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
M: light chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,7304
ポリマ－118,6423
非ポリマー881
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Trans-sialidase
J: heavy chain of the Fab fragment of immunoglobulin G
N: light chain of the Fab fragment of immunoglobulin G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6423
ポリマ－118,6423
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.140, 178.140, 140.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A B C
12L M N
13H I J
21A B C
22L M N
23H I J
31A B C
32L M N
33H I J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUMETMETAA1 - 63315 - 647
21LEULEUMETMETBB1 - 63315 - 647
31LEULEUMETMETCC1 - 63315 - 647
12VALVALGLUGLULG2 - 2122 - 212
22VALVALGLUGLUMH2 - 2122 - 212
32VALVALGLUGLUNI2 - 2122 - 212
13VALVALTHRTHRHD2 - 2221 - 221
23VALVALTHRTHRIE2 - 2221 - 221
33VALVALTHRTHRJF2 - 2221 - 221

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細The biological assembly is a heterotrimer, with three trimers in the ASU (chains A-H-L, B-I-M and C-J-N). Each heterotrimers corresponds to a stable binary complex between trans-sialidase (e.g. chain A) and a Fab IgG fragment, itself a heterodimer (chains H and L).

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Trans-sialidase


分子量: 71389.258 Da / 分子数: 3
変異: N59F,S263T,R477H,V485L,S496K,V497G,E521K,E559V,D594G,I598D,H600R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
プラスミド: pTrcHisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10f / 参照: UniProt: Q26966, exo-alpha-sialidase

-
抗体 , 2種, 6分子 HIJLMN

#2: 抗体 heavy chain of the Fab fragment of immunoglobulin G


分子量: 23869.732 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: monoclonal antibody was obtained from hybridomas (after fusion of mice splenocytes with Sp2/0 cells), and the Fab fragment obtained by standard papain digestion
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C3H/HeJ
#3: 抗体 light chain of the Fab fragment of immunoglobulin G


分子量: 23382.764 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: monoclonal antibody was obtained from hybridomas (after fusion of mice splenocytes with Sp2/0 cells), and the Fab fragment obtained by standard papain digestion
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C3H/HeJ

-
非ポリマー , 3種, 45分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT UNIPROT ENTRY Q26966 HAS FOUR SEQUENCE ERRORS. THESE DISCREPANCIES HAVE BEEN ...AUTHORS STATE THAT UNIPROT ENTRY Q26966 HAS FOUR SEQUENCE ERRORS. THESE DISCREPANCIES HAVE BEEN REPEATEDLY INDICATED IN ALL PROVIOUS XRAY STRUCTURES RELATED TO TRYPANOSOMA CRUZI TRANS-SIALIDASE. THESE ERRORS CONCERN RESIDUES 262 (INDEED A THR), 476 (A HIS), 484 (A LEU) AND 558 (A VAL). HENCE, THESE DISCREPANCIES IN CHAINS A, B AND C, ARE NOT THE RESULT OF PROTEIN ENGINEERING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bicina, 10 % PEG 20000, 4% 1,4-dioxano, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月27日 / 詳細: Varimax HF multilayer mirrors
放射モノクロメーター: multilayer mirrors (Varimax HF) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→154.273 Å / Num. all: 68611 / Num. obs: 68611 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.19 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.4-3.583.50.5161.535581100260.516100
3.58-3.83.60.3632.13394695060.363100
3.8-4.063.60.3022.53219489700.302100
4.06-4.393.60.2053.72975982830.205100
4.39-4.813.60.1485.12749976280.148100
4.81-5.383.60.145.42504569190.14100
5.38-6.213.60.15252201160860.152100
6.21-7.63.60.1295.81865351290.129100
7.6-10.753.60.06610.31456639990.066100
10.75-29.793.60.04713.1751320650.04795.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 35.39 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.4 Å29.79 Å
Translation3.4 Å29.79 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→29.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / WRfactor Rfree: 0.1811 / WRfactor Rwork: 0.1456 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8948 / SU B: 44.979 / SU ML: 0.316 / SU R Cruickshank DPI: 0.3886 / SU Rfree: 0.4221 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.422 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: U VALUES : WITH TLS COMPONENT INCLUDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2053 1014 1.5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.1647 68587 --
obs0.1647 68587 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 203.88 Å2 / Biso mean: 59.3104 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24414 0 13 42 24469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02225030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5271.94234035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.68253158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.1323.8061022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.703154033
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.63315123
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.23790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02118855
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 70 -
Rwork0.251 4974 -
all-5044 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16040.38-0.66460.9099-0.56341.67990.1003-0.19390.1630.0378-0.0331-0.05760.00790.1691-0.06710.18130.01790.0080.0865-0.08140.09214.60814.3470.256
21.03070.14510.18871.48940.62951.5560.2031-0.2889-0.1434-0.0199-0.03730.13590.18-0.1383-0.16590.2164-0.1047-0.14810.18040.1090.133386.58431.366-35.124
31.7513-0.1354-0.92790.6920.17881.5382-0.0390.26140.1718-0.0822-0.03080.0627-0.0957-0.24820.06980.23260.0079-0.09470.18090.05470.335671.887-41.2163.497
41.2981.53840.79323.02712.71134.76190.02920.0584-0.09340.0669-0.14120.26640.1526-0.21570.1120.10.08120.01340.2218-0.0820.224835.4840.296-33.37
56.536-1.8451.92883.27980.72492.02840.0036-0.343-0.64290.05780.04750.16470.37460.0421-0.05110.16290.07630.020.3385-0.0060.188654.136-28.38-47.336
64.3921-3.0150.28285.50841.5354.07280.1355-0.12280.36760.16460.0506-0.3562-0.06830.8126-0.18610.15170.03060.02540.4012-0.13720.190754.1525.417-23.421
73.9994-0.84670.72255.08811.84629.482-0.15250.20840.2248-0.36710.1889-0.16520.0207-0.0391-0.03640.06770.04960.02450.3327-0.0080.334764.591-16.691-48.593
82.9883-0.74961.71384.2698-2.15592.78140.38990.0796-0.1128-0.1145-0.1280.13640.1992-0.2423-0.26180.1861-0.0725-0.12720.17750.1070.192361.77829.005-68.803
96.3631.0126-0.44433.3658-0.71112.11270.3455-0.12270.2179-0.0265-0.23160.56650.0175-0.6408-0.11390.2587-0.0647-0.06450.4510.01120.265829.0837.911-83.953
107.69620.88313.07191.38-1.0053.03380.6777-0.6073-1.01420.06560.07570.17140.7679-0.7279-0.75330.8007-0.5089-0.2980.51880.31010.517250.49513.077-59.239
116.53141.519-1.57353.1988-2.11959.23080.16110.26-0.6911-0.5476-0.0353-0.01510.5758-0.5439-0.12570.4412-0.1784-0.14870.3968-0.0540.520730.46722.365-85.229
122.4421-2.13150.10274.3015-2.01832.4072-0.1112-0.1946-0.19180.282-0.0596-0.06980.088-0.26840.17080.1205-0.1056-0.05520.3403-0.06850.451154.497-59.7636.593
130.9531-1.27090.47571.8491-0.20782.61150.1953-0.2587-0.7034-0.00890.39910.6940.919-0.8044-0.59440.6518-0.3419-0.18980.86310.20141.300242.521-92.06650.477
143.71661.56760.02854.3-2.40153.95230.0804-0.02020.05670.0356-0.03830.5052-0.1999-0.7778-0.04210.1665-0.0099-0.02710.5624-0.03290.536335.184-59.09126.686
153.3926-0.86395.08452.2553-0.99769.70140.0903-0.957-0.76190.32090.69340.85610.4843-0.9796-0.78370.469-0.23610.14621.38150.31961.288730.288-82.20551.674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 633
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 633
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 633
4X-RAY DIFFRACTION4L1 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5L107 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6H2 - 118
7X-RAY DIFFRACTION7H119 - 222
8X-RAY DIFFRACTION8M1 - 106
9X-RAY DIFFRACTION9M107 - 212
10X-RAY DIFFRACTION10I4 - 118
11X-RAY DIFFRACTION11I119 - 219
12X-RAY DIFFRACTION12N1 - 106
13X-RAY DIFFRACTION13N107 - 212
14X-RAY DIFFRACTION14J2 - 118
15X-RAY DIFFRACTION15J119 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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