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Yorodumi- PDB-3ha4: Crystal structure of the type one membrane protein MIX1 from Leis... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ha4 | ||||||
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Title | Crystal structure of the type one membrane protein MIX1 from Leishmania | ||||||
Components | MIX1 | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / TPR-like / helix-turn-helix | ||||||
Function / homology | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #690 / Mitochondrial membrane-anchored protein / Mitochondrial membrane-anchored proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / protein homodimerization activity / Mainly Alpha / CARBONATE ION / MIX domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Leishmania major (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIR / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Gorman, M.A. / Walsh, P.J. / Parker, M.W. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2011 Title: Crystal structure of the Leishmania major MIX protein: A scaffold protein that mediates protein-protein interactions. Authors: Gorman, M.A. / Uboldi, A.D. / Walsh, P.J. / Tan, K.S. / Hansen, G. / Huyton, T. / Ji, H. / Curtis, J. / Kedzierski, L. / Papenfuss, A.T. / Dogovski, C. / Perugini, M.A. / Simpson, R.J. / ...Authors: Gorman, M.A. / Uboldi, A.D. / Walsh, P.J. / Tan, K.S. / Hansen, G. / Huyton, T. / Ji, H. / Curtis, J. / Kedzierski, L. / Papenfuss, A.T. / Dogovski, C. / Perugini, M.A. / Simpson, R.J. / Handman, E. / Parker, M.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ha4.cif.gz | 399.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ha4.ent.gz | 332.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ha4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3ha4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3ha4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17673.150 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 46-195 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leishmania major (eukaryote) / Strain: Friedlin / Gene: LmjF08.1200 / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q4QI49 #2: Chemical | ChemComp-CO3 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 1.18M di-ammonium-hydrogen phosphate, 0.1M citric acid, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.95364 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: May 15, 2008 |
Radiation | Monochromator: SILICON 1 1 1 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95364 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 90601 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1827 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.25 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 3.64 / Num. unique all: 8903 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MIR / Resolution: 2.4→19.961 Å / SU ML: -0 / Isotropic thermal model: TLS and isotropic ADP refinement / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.02 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→19.961 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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