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Yorodumi- PDB-3ha4: Crystal structure of the type one membrane protein MIX1 from Leis... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3ha4 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the type one membrane protein MIX1 from Leishmania | ||||||
Components | MIX1 | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / TPR-like / helix-turn-helix | ||||||
| Function / homology | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #690 / Mitochondrial membrane-anchored protein / Mitochondrial membrane-anchored proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / protein homodimerization activity / Mainly Alpha / CARBONATE ION / Mitochondrial membrane-anchored protein domain-containing protein Function and homology information | ||||||
| Biological species | Leishmania major (eukaryote) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIR / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Gorman, M.A. / Walsh, P.J. / Parker, M.W. | ||||||
Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2011Title: Crystal structure of the Leishmania major MIX protein: A scaffold protein that mediates protein-protein interactions. Authors: Gorman, M.A. / Uboldi, A.D. / Walsh, P.J. / Tan, K.S. / Hansen, G. / Huyton, T. / Ji, H. / Curtis, J. / Kedzierski, L. / Papenfuss, A.T. / Dogovski, C. / Perugini, M.A. / Simpson, R.J. / ...Authors: Gorman, M.A. / Uboldi, A.D. / Walsh, P.J. / Tan, K.S. / Hansen, G. / Huyton, T. / Ji, H. / Curtis, J. / Kedzierski, L. / Papenfuss, A.T. / Dogovski, C. / Perugini, M.A. / Simpson, R.J. / Handman, E. / Parker, M.W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3ha4.cif.gz | 399.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3ha4.ent.gz | 332.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3ha4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3ha4_validation.pdf.gz | 520.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3ha4_full_validation.pdf.gz | 562.3 KB | Display | |
| Data in XML | 3ha4_validation.xml.gz | 42 KB | Display | |
| Data in CIF | 3ha4_validation.cif.gz | 57.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3ha4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3ha4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 17673.150 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 46-195 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leishmania major (eukaryote) / Strain: Friedlin / Gene: LmjF08.1200 / Plasmid: pET15b / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-CO3 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.75 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 1.18M di-ammonium-hydrogen phosphate, 0.1M citric acid, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.95364 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: May 15, 2008 |
| Radiation | Monochromator: SILICON 1 1 1 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.95364 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 90601 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1827 |
| Reflection shell | Resolution: 2.15→2.25 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 3.64 / Num. unique all: 8903 / % possible all: 99.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MIR / Resolution: 2.4→19.961 Å / SU ML: -0 / Isotropic thermal model: TLS and isotropic ADP refinement / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.02 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→19.961 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Leishmania major (eukaryote)
X-RAY DIFFRACTION
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