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- PDB-3opz: Crystal structure of trans-sialidase in complex with the Fab frag... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3opz | ||||||
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Title | Crystal structure of trans-sialidase in complex with the Fab fragment of a neutralizing monoclonal IgG antibody | ||||||
![]() |
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![]() | hydrolase/immune system / six-bladed beta-propeller neuraminidase immunoglobulin domain / viral protein-immune system complex / hydrolase-immune system complex | ||||||
Function / homology | ![]() exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Larrieux, N. / Muia, R. / Campetella, O. / Buschiazzo, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with a neutralizing antibody: structure/function studies towards the rational design of inhibitors. Authors: Buschiazzo, A. / Muia, R. / Larrieux, N. / Pitcovsky, T. / Mucci, J. / Campetella, O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 522.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 576.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 106 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 146 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Details | The biological assembly is a heterotrimer, with three trimers in the ASU (chains A-H-L, B-I-M and C-J-N). Each heterotrimers corresponds to a stable binary complex between trans-sialidase (e.g. chain A) and a Fab IgG fragment, itself a heterodimer (chains H and L). |
-
Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 71389.258 Da / Num. of mol.: 3 Mutation: N59F,S263T,R477H,V485L,S496K,V497G,E521K,E559V,D594G,I598D,H600R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 6 molecules HIJLMN
#2: Antibody | Mass: 23869.732 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source Details: monoclonal antibody was obtained from hybridomas (after fusion of mice splenocytes with Sp2/0 cells), and the Fab fragment obtained by standard papain digestion Source: (natural) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 23382.764 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: isolated from a natural source Details: monoclonal antibody was obtained from hybridomas (after fusion of mice splenocytes with Sp2/0 cells), and the Fab fragment obtained by standard papain digestion Source: (natural) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 3 types, 45 molecules ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/DIO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DIO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-NA / | ||
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#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Sequence details | AUTHORS STATE THAT UNIPROT ENTRY Q26966 HAS FOUR SEQUENCE ERRORS. THESE DISCREPANCIES HAVE BEEN ...AUTHORS STATE THAT UNIPROT ENTRY Q26966 HAS FOUR SEQUENCE ERRORS. THESE DISCREPANC |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.62 Å3/Da / Density % sol: 66.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Bicina, 10 % PEG 20000, 4% 1,4-dioxano, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 108 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 27, 2009 / Details: Varimax HF multilayer mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: multilayer mirrors (Varimax HF) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.4→154.273 Å / Num. all: 68611 / Num. obs: 68611 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.6 % / Rsym value: 0.19 / Net I/σ(I): 6.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 35.39 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 203.88 Å2 / Biso mean: 59.3104 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→29.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.4→3.487 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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