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- PDB-3ooh: Crystal structure of E. Coli purine nucleoside phosphorylase with PO4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ooh
タイトルCrystal structure of E. Coli purine nucleoside phosphorylase with PO4
要素Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
キーワードTRANSFERASE / Purine nucleoside phosphorylase / phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleoside interconversion / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / DNA damage response / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Mikleusevic, G. / Stefanic, Z. / Narzyk, M. / Wielgus-Kutrowska, B. / Bzowska, A. / Luic, M.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2011
タイトル: Validation of the catalytic mechanism of Escherichia coli purine nucleoside phosphorylase by structural and kinetic studies.
著者: Mikleusevic, G. / Stefanic, Z. / Narczyk, M. / Wielgus-Kutrowska, B. / Bzowska, A. / Luic, M.
履歴
登録2010年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
D: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
E: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
F: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
G: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
H: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
I: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
J: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
K: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
L: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
M: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
N: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
O: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
P: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
Q: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
R: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,17441
ポリマ－462,98918
非ポリマー2,18423
水20,7711153
1
A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
B: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
C: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
D: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
E: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
F: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,99513
ポリマ－154,3306
非ポリマー6657
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20950 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area44680 Å2
手法PISA
2
G: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
H: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
I: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
J: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
K: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
L: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,18515
ポリマ－154,3306
非ポリマー8559
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21030 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area44810 Å2
手法PISA
3
M: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
N: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
O: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
P: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
Q: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
R: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,99513
ポリマ－154,3306
非ポリマー6657
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20970 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area44760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.447, 165.923, 135.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Purine nucleoside phosphorylase deoD-type / PNP


分子量: 25721.633 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: deoD, EcDH1_3614 / プラスミド: pSE380 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HS533
参照: UniProt: C9QST6, UniProt: P0ABP8*PLUS, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物...
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 55-75% ammonium phosphate, 50mM citric buffer, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.32 % / 数: 262054 / Rmerge(I) obs: 0.137 / D res high: 2.9 Å / D res low: 55.72 Å
反射解像度: 2.9→48.2 Å / Num. obs: 89913 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) allMean I/σ(I) allNum. measured allNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.9-3.060.372.05242507202154.55
3.06-3.240.292.63309509096172.95
3.24-3.470.233.393546910622190.75
3.47-3.740.174.423540510787198.44
3.74-4.10.126.3325239913198.25
4.1-4.590.098.48293738907198.13
4.59-5.290.089.66259707864197.82
5.29-6.480.17.69219366611197.62
6.48-9.170.0612.17169905110197.06
9.17-55.720.0315.791882763195.13

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 39.2
最高解像度最低解像度
Rotation2.53 Å48.16 Å
Translation2.53 Å48.16 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.9 2008/10/21データスケーリング
DNAデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K9S

1k9s


解像度: 2.9→48.163 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.875 / SU ML: 2.91 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1999 2.22 %RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.165 ---
obs0.165 78875 98.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 11.332 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 105.1 Å2 / Biso mean: 21.752 Å2 / Biso min: 4.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.98 Å20 Å2-2.333 Å2
2--0.397 Å20 Å2
3----2.376 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32311 0 115 1153 33579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00332925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63944399
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0455058
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.17711865
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-3.0040.2641990.2188727892699
3.004-3.1240.2641980.2098746894499
3.124-3.2660.2462000.1918744894499
3.266-3.4380.2241990.178752895199
3.438-3.6540.2151990.1618807900699
3.654-3.9350.1842000.1418799899999
3.935-4.3310.1722010.1288817901899
4.331-4.9570.1612000.1238797899799
4.957-6.2440.2142010.168846904799
6.244-48.170.2012020.1818879908198

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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