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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3ooa
タイトル
Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor AcbH reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-D-galactopyranose
要素
ABC transporter binding protein AcbH
キーワード
SUGAR BINDING PROTEIN / class 2 SBP fold / ABC transporter extracellular solute binding protein / D-galactose Binding
機能・相同性
機能・相同性情報
hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / xylan catabolic process / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing 類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.04→33.75 Å / Num. obs: 57305 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 23.568 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.48
反射 シェル
Diffraction-ID: 1
解像度 (Å)
最高解像度 (Å)
Rmerge F obs
Rmerge(I) obs
Mean I/σ(I) obs
Num. measured obs
Num. possible
Num. unique obs
Rrim(I) all
% possible all
2.04-2.09
0.747
0.538
2.2
11621
4277
4119
0.655
96.3
2.09-2.15
0.623
0.449
2.6
11726
4190
4064
0.547
97
2.15-2.21
0.501
0.371
3.2
11520
4047
3942
0.451
97.4
2.21-2.28
0.437
0.33
3.6
11716
3982
3890
0.399
97.7
2.28-2.36
0.377
0.293
4.1
11229
3754
3664
0.354
97.6
2.36-2.44
0.308
0.243
4.9
11488
3745
3672
0.293
98.1
2.44-2.53
0.28
0.221
5.4
11225
3531
3485
0.265
98.7
2.53-2.63
0.225
0.184
6.6
11298
3503
3450
0.22
98.5
2.63-2.75
0.183
0.156
7.8
10910
3273
3226
0.185
98.6
2.75-2.89
0.162
0.132
9.1
10799
3150
3120
0.157
99
2.89-3.04
0.122
0.106
11.2
10437
3009
2981
0.126
99.1
3.04-3.23
0.093
0.085
13.8
10193
2846
2821
0.1
99.1
3.23-3.45
0.07
0.07
16.6
9658
2656
2648
0.082
99.7
3.45-3.72
0.058
0.061
18.7
9209
2505
2500
0.072
99.8
3.72-4.08
0.049
0.054
20.7
8499
2305
2300
0.063
99.8
4.08-4.56
0.048
0.053
21.5
7716
2090
2086
0.062
99.8
4.56-5.27
0.047
0.05
20.8
6888
1837
1835
0.058
99.9
5.27-6.45
0.052
0.051
18.9
6024
1605
1605
0.06
100
6.45-9.12
0.036
0.036
22.5
4456
1208
1208
0.043
100
9.12
0.027
0.026
25.3
2402
707
689
0.031
97.5
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
XSCALE
データスケーリング
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.1
データ抽出
ADSC
Quantum
データ収集
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: model from SeMet SAD phasing 解像度: 2.04→33.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.2088 / WRfactor Rwork: 0.1544 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8685 / SU B: 4.044 / SU ML: 0.11 / SU R Cruickshank DPI: 0.1844 / SU Rfree: 0.1703 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2255
2866
5 %
RANDOM
Rwork
0.1675
-
-
-
obs
0.1704
54440
100 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK