PDB-3om1: Crystal structure of the GluK5 (KA2) ATD dimer at 1.7 Angstrom Re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3om1

タイトル

Crystal structure of the GluK5 (KA2) ATD dimer at 1.7 Angstrom Resolution

要素

Glutamate receptor ionotropic, kainate 5

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / protein retention in ER lumen / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / glutamate receptor activity / receptor clustering / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.677 Å

データ登録者

Kumar, J. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of the Glutamate Receptor Ion Channel GluK3 and GluK5 Amino-Terminal Domains.
著者: Kumar, J. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2010年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年6月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.type / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年3月31日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3om1.cif.gz	453 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3om1.ent.gz	380.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3om1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/3om1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/3om1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3olzC 3om0SC 3h6g 3h6h S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jcf-1 3ser-d 7c6l-d 6er8-1 4l4l-d 7c6j-d 2ov9-d 6e68-d 1gpe-d 2nq5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (10) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glutamate receptor ionotropic, kainate 5

B: Glutamate receptor ionotropic, kainate 5

ヘテロ分子

90.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.344, 65.635, 113.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.72, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glutamate receptor ionotropic, kainate 5 / GluK5 / Glutamate receptor KA-2 / KA2 分子量: 43798.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik5 / プラスミド: pRK / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI(-) / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q63273

-
糖 , 2種, 10分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 613分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 0.1 M BICINE, 20% PEG 8K, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月22日 / 詳細: double-crystal Si(220)
放射	モノクロメーター: double-crystal monochromator Si 220 プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.677→30 Å / Num. all: 91506 / Num. obs: 91506 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 7006 / % possible all: 77.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.2_432)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OM0

3om0

解像度: 1.677→29.894 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1963	4410	4.99 %	Random
R_work	0.1682	-	-	-
all	0.1696	88368	-	-
obs	0.1696	88368	96.12 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.478 Å² / k_sol: 0.418 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.183 Å²	0 Å²	-7.3888 Å²
2-	-	-5.7739 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.4091 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.677→29.894 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5714	0	182	609	6505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6154
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	8363
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.442	2366
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	988
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1055

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.677-1.6959	0.3208	92	0.2674	1795	X-RAY DIFFRACTION	63
1.6959-1.7158	0.263	122	0.249	2226	X-RAY DIFFRACTION	76
1.7158-1.7367	0.3033	138	0.2332	2337	X-RAY DIFFRACTION	81
1.7367-1.7587	0.2441	120	0.2286	2481	X-RAY DIFFRACTION	85
1.7587-1.7819	0.2246	157	0.2143	2552	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7819-1.8063	0.2517	120	0.2112	2714	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8063-1.8321	0.2244	155	0.2048	2811	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8321-1.8594	0.2199	142	0.1993	2871	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8594-1.8885	0.2084	130	0.1948	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8885-1.9194	0.2886	165	0.1955	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9194-1.9525	0.2256	144	0.1906	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9525-1.988	0.2081	157	0.1804	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
1.988-2.0262	0.2194	131	0.1776	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0262-2.0676	0.2051	139	0.1725	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0676-2.1125	0.1887	155	0.1679	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1125-2.1617	0.1982	171	0.1648	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1617-2.2157	0.2057	149	0.1618	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2157-2.2756	0.2335	138	0.1609	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2756-2.3425	0.222	146	0.1667	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3425-2.4181	0.1876	164	0.1635	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4181-2.5045	0.2081	164	0.1674	2897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5045-2.6047	0.2221	170	0.1607	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6047-2.7232	0.2041	152	0.1668	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7232-2.8666	0.2046	164	0.1674	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8666-3.0461	0.1864	141	0.1651	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0461-3.281	0.2226	141	0.1757	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
3.281-3.6107	0.162	144	0.1656	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6107-4.132	0.1701	174	0.1454	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
4.132-5.2014	0.1355	168	0.1265	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2014-29.8989	0.2161	157	0.1914	3024	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8071	-0.5175	0.4566	1.9685	-0.5092	1.6892	0.045	0.066	-0.0124	-0.1417	0.0344	0.2048	0.1256	-0.0277	-0.0731	0.1592	-0.0084	0.0053	0.148	0.0128	0.1812	11.856	-10.6769	42.0472
2	0.4818	-0.4364	-0.2022	0.9026	-0.3782	0.5071	-0.0005	0.0043	0.0694	0.037	-0.1042	-0.1234	-0.0166	0.0403	0.0851	0.1675	0.0237	0.027	0.183	0.0188	0.2104	41.1509	-12.4136	32.1963
3	1.2866	0.1253	-0.1917	0.9575	0.4936	1.2232	0.0209	0.1515	-0.3168	-0.0008	-0.0193	0.0676	0.1865	-0.011	0.0133	0.2136	0.0309	0.0197	0.191	-0.0221	0.2611	38.0613	-26.3515	30.0681
4	0.9312	0.0014	0.0258	1.4026	-0.2021	0.53	0.1185	-0.0201	-0.1106	-0.0655	-0.1147	0.1567	0.1289	-0.0501	-0.0064	0.1887	-0.0184	0.0126	0.1612	0.0002	0.1622	15.0265	-16.5258	49.6518
5	2.0677	-0.5099	-1.2187	0.3096	0.2464	1.0355	-0.0816	-0.2074	-0.072	0.0667	-0.0023	-0.0246	0.0212	0.1205	0.0852	0.1959	-0.0042	0.0042	0.1515	-0.0109	0.1432	30.5812	-13.0952	50.0543
6	0.8969	0.2146	-0.1061	1.1468	-0.6555	1.4454	0.0759	-0.0651	-0.0207	-0.0154	-0.0208	0.0507	0.0176	-0.1027	-0.0459	0.1937	-0.0214	-0.0226	0.1828	0.0058	0.147	16.1387	6.4725	13.4854
7	0.4358	0.376	-0.0341	1.9656	-0.7112	0.9824	0.0776	-0.0191	-0.0881	0.1522	-0.1937	-0.1254	0.0507	0.123	0.0841	0.1872	-0.0355	-0.0503	0.2095	0.0428	0.2198	45.1868	3.7807	24.3168
8	1.0114	-0.1342	0.3346	0.3789	-0.4016	1.0075	-0.025	-0.0679	0.366	0.1183	-0.1546	-0.0298	-0.3051	-0.0132	0.204	0.2347	-0.0218	-0.0781	0.1501	-0.0259	0.2799	42.9134	17.3119	22.0003
9	0.751	0.5046	0.4074	0.895	0.1789	0.7938	0.0132	0.045	0.0577	-0.2302	-0.0151	0.063	-0.0112	-0.0622	0.0003	0.204	0.0219	-0.0289	0.1654	-0.0144	0.1313	20.8983	10.6009	4.8528
10	4.349	0.086	2.1251	2.0428	-0.6631	1.4335	0.0064	0.4856	0.0735	-0.3525	-0.1817	0.0454	-0.0299	0.222	0.1295	0.2614	0.0466	-0.0171	0.2389	-0.0387	0.1656	39.9214	8.7069	6.49

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:119)	A	3 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 120:176) or (chain A and resid 178:180)	A	120 - 176
3	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 120:176) or (chain A and resid 178:180)	A	178 - 180
4	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 181:249) or (chain N and resid 1) or (chain D and resid 1)	A	181 - 249
5	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 181:249) or (chain N and resid 1) or (chain D and resid 1)	N	1
6	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 181:249) or (chain N and resid 1) or (chain D and resid 1)	D	1
7	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 250:325) or (chain N and resid 2:4)	A	250 - 325
8	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 250:325) or (chain N and resid 2:4)	N	2 - 4
9	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 326:376) or (chain N and resid 5)	A	326 - 376
10	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 326:376) or (chain N and resid 5)	N	5
11	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 2:35) or (chain B and resid 41:107) or (chain B and resid 109:119)	B	2 - 35
12	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 2:35) or (chain B and resid 41:107) or (chain B and resid 109:119)	B	41 - 107
13	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 2:35) or (chain B and resid 41:107) or (chain B and resid 109:119)	B	109 - 119
14	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 120:175) or (chain B and resid 177:197)	B	120 - 175
15	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 120:175) or (chain B and resid 177:197)	B	177 - 197
16	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 198:252) or (chain N and resid 6) or (chain F and resid 1)	B	198 - 252
17	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 198:252) or (chain N and resid 6) or (chain F and resid 1)	N	6
18	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 198:252) or (chain N and resid 6) or (chain F and resid 1)	F	1
19	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 253:344) or (chain N and resid 7:9)	B	253 - 344
20	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 253:344) or (chain N and resid 7:9)	N	7 - 9
21	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 345:375) or (chain N and resid 10)	B	345 - 375
22	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 345:375) or (chain N and resid 10)	N	10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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