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- PDB-3om0: Crystal structure of the GluK5 (KA2) ATD crystallographic dimer a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3om0
タイトルCrystal structure of the GluK5 (KA2) ATD crystallographic dimer at 1.4 Angstrom resolution
要素Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / protein retention in ER lumen / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / glutamate receptor activity / receptor clustering / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse ...regulation of synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / protein retention in ER lumen / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / glutamate receptor activity / receptor clustering / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / cellular response to glucose stimulus / establishment of localization in cell / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / SH3 domain binding / terminal bouton / positive regulation of neuron apoptotic process / presynaptic membrane / perikaryon / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / axon / neuronal cell body / dendrite / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Response regulator / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region ...Response regulator / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Glutamate receptor ionotropic, kainate 5
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Kumar, J. / Mayer, M.L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of the Glutamate Receptor Ion Channel GluK3 and GluK5 Amino-Terminal Domains.
著者: Kumar, J. / Mayer, M.L.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The N-terminal domain of GluR6-subtype glutamate receptor ion channels.
履歴
登録2010年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年3月31日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,60510
ポリマ－43,7981
非ポリマー1,8079
水7,819434
1
A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
ヘテロ分子

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,21020
ポリマ－87,5962
非ポリマー3,61318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area1840 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area32210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.314, 101.987, 116.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glutamate receptor, ionotropic kainate 5 / Glutamate receptor KA-2 / KA2


分子量: 43798.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik5 / プラスミド: pRK-IRES_EGFP / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 GNTI(-) / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q63273

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糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-3-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-L-Talp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 438分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.1 M CHES, 20% PEG 6K, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月22日 / 詳細: double-crystal Si(220)
放射モノクロメーター: Si 220 double-crystal monochromato
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 77538 / Num. obs: 77538 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 17.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 29.21
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 7414 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OM0

解像度: 1.401→31.885 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1961 3885 5.08 %Random
Rwork0.175 ---
all0.1761 76424 --
obs0.1761 76424 98.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.97 Å2 / ksol: 0.463 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4043 Å2-0 Å20 Å2
2---1.4482 Å2-0 Å2
3---1.8525 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.401→31.885 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2864 0 116 434 3414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5944415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.081279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008560
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4007-1.45080.28343640.27047017X-RAY DIFFRACTION96
1.4508-1.50890.24683980.22217121X-RAY DIFFRACTION98
1.5089-1.57760.23453940.19617125X-RAY DIFFRACTION98
1.5776-1.66070.20543730.1817195X-RAY DIFFRACTION98
1.6607-1.76480.23973950.18997194X-RAY DIFFRACTION99
1.7648-1.9010.22753860.18067284X-RAY DIFFRACTION99
1.901-2.09230.193920.16867292X-RAY DIFFRACTION99
2.0923-2.3950.18993760.16637335X-RAY DIFFRACTION100
2.395-3.0170.18464010.16687420X-RAY DIFFRACTION100
3.017-31.89310.18224060.16947556X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99241.23170.75742.19410.88321.0687-0.01080.0051-0.1563-0.16770.0663-0.2224-0.0148-0.0167-0.03440.1488-0.03850.04930.1117-0.01350.14539.223913.4948-13.418
20.51730.16220.17351.4872-0.79730.8759-0.04550.04530.0243-0.0567-0.0763-0.10630.03720.05880.09960.1114-0.02650.00590.115-0.00520.104415.977336.624-19.44
30.2420.09690.10991.1068-0.00050.91830.1382-0.1510.05010.3333-0.17670.12540.0314-0.10650.0470.1086-0.02170.0410.137-0.01180.08614.600924.148-4.5871
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:107)A1 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 112:299) or (chain B and resid 1:3) or (chain E and resid 1)A112 - 299
3X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 112:299) or (chain B and resid 1:3) or (chain E and resid 1)B1 - 3
4X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 112:299) or (chain B and resid 1:3) or (chain E and resid 1)E1
5X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 300:377) or (chain B and resid 4:5)A300 - 377
6X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 300:377) or (chain B and resid 4:5)B4 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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