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- PDB-3olt: X-ray crystal structure of arachidonic acid bound to the cyclooxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3olt
タイトルX-ray crystal structure of arachidonic acid bound to the cyclooxygenase channel of R513H murine COX-2
要素Prostaglandin G/H synthase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Monotopic Membrane Protein / N-glycosylation / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity ...Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of EPA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3 SPMs / Biosynthesis of electrophilic ω-3 PUFA oxo-derivatives / Synthesis of 15-eicosatetraenoic acid derivatives / cellular response to non-ionic osmotic stress / : / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of fever generation / response to selenium ion / prostaglandin secretion / cellular response to fluid shear stress / response to nematode / nuclear inner membrane / prostaglandin biosynthetic process / dioxygenase activity / bone mineralization / nuclear outer membrane / decidualization / brown fat cell differentiation / keratinocyte differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / embryo implantation / peroxidase activity / regulation of blood pressure / regulation of cell population proliferation / response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / neuron projection / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ARACHIDONIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO / Prostaglandin G/H synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The structural basis of endocannabinoid oxygenation by cyclooxygenase-2.
著者: Vecchio, A.J. / Malkowski, M.G.
履歴
登録2010年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin G/H synthase 2
B: Prostaglandin G/H synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,53127
ポリマ－136,0572
非ポリマー5,47425
水9,242513
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16040 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area42050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.148, 132.048, 180.758
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prostaglandin G/H synthase 2 / Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / Prostaglandin H2 synthase 2 / ...Cyclooxygenase-2 / COX-2 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 / Prostaglandin H2 synthase 2 / PGH synthase 2 / PGHS-2 / PHS II / Glucocorticoid-regulated inflammatory cyclooxygenase / Gripghs / TIS10 protein / Macrophage activation-associated marker protein P71/73 / PES-2


分子量: 68028.438 Da / 分子数: 2 / 変異: R513H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptgs2, Cox-2, Cox2, Pghs-b, Tis10 / プラスミド: pFastbac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21
参照: UniProt: Q05769, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 4種, 7分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-L-IdopNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 531分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸


分子量: 304.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O2
#6: 化合物 ChemComp-COH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING CO


分子量: 619.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32CoN4O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23-34% polyacrylic acid 5100, 100mM HEPES pH 7.5, 20mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月30日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→20 Å / Num. all: 53369 / Num. obs: 53369 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -6 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 43.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 7699 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Adxvdata processing
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1CVU

1cvu


解像度: 2.45→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 14.647 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -6 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21929 2707 5.1 %RANDOM
Rwork0.16281 ---
obs0.16565 50659 100 %-
all-53369 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.636 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----1.07 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.306 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8865 0 368 513 9746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0229576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6632.00413012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.51151118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.54923.978445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.352151499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.241544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4831.55537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95729000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.90734039
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1274.54000
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 210 -
Rwork0.225 3619 -
obs-37347 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2913-0.0510.29582.7403-0.58121.8461-0.0132-0.0751-0.02610.23990.14270.0341-0.2947-0.5393-0.12950.10250.03520.05220.26820.02520.24621.258737.910560.2305
26.9124-3.34136.410211.5213-3.62546.0640.5237-0.3755-1.129-0.2950.48090.44270.6631-0.4985-1.00460.3969-0.16530.10030.43570.11540.5777-3.924518.891463.888
35.0169-2.8468-2.16258.9631-1.64949.9967-0.2444-0.0304-0.1167-0.0558-0.08740.550.3576-0.48220.33180.0821-0.1030.00960.20610.00480.413613.28593.343366.8844
41.3529-0.3741-0.33080.8612-0.24034.0944-0.0437-0.16080.1290.1490.0890.0623-0.225-0.2135-0.04530.04670.02270.02130.036-0.01390.078718.594136.346267.2177
51.3323-1.20230.17181.4608-0.47631.222-0.0854-0.14080.12170.10660.0464-0.108-0.1929-0.00760.0390.048-0.007-0.01680.0794-0.00710.06733.059923.143966.3626
63.29510.22191.721.5221-0.58584.97120.03760.06050.0858-0.07480.0108-0.1318-0.04220.4379-0.04840.0134-0.00360.04010.06940.0110.141751.218518.991955.9593
72.0212-0.2748-0.24331.2909-0.09172.19440.0381-0.22810.14940.0028-0.0129-0.18120.04960.3853-0.02520.02250.01230.00580.09770.01020.092144.813816.081858.4174
80.536-0.43020.06081.6784-0.63032.6071-0.0429-0.1737-0.19320.07230.11820.21040.1877-0.056-0.07530.04150.0030.03680.08430.04620.102325.512615.444866.2926
95.88581.56420.39916.70662.63724.31210.0009-0.38920.15020.3451-0.0071-0.1314-0.00520.54940.00620.13420.0559-0.04760.3003-0.00380.053747.134516.481878.5556
101.642-0.93270.95321.5984-0.83541.7467-0.1076-0.21840.03370.14970.12450.0378-0.0646-0.0508-0.01690.08330.03650.05130.1225-0.01310.045320.233929.778975.963
111.4487-0.8787-0.96531.15651.33252.722-0.1213-0.2889-0.140.03550.07160.20760.0115-0.10660.04970.12150.02240.01540.10940.05520.12318.869621.869571.1426
120.9434-1.5262-0.29494.10730.47455.9903-0.1062-0.1087-0.36770.07460.06280.20310.7448-0.29890.04340.1754-0.02890.02870.0430.07460.246837.62563.371364.8703
134.83620.7354-1.95940.6528-0.21923.83110.15660.066-0.3241-0.2392-0.0873-0.09750.69760.2175-0.06930.43980.0571-0.01970.079-0.0320.294933.67241.706533.4817
1411.9578-6.7073.23527.6578-2.83621.88780.53170.256-0.587-0.5938-0.03631.57380.6295-0.4542-0.49540.6245-0.1952-0.08510.3813-0.03540.606214.926-0.284328.5472
157.4868-3.8662-1.96235.36390.58549.9721-0.05240.3009-0.4402-0.1659-0.11260.32350.5124-0.68840.1650.2484-0.1946-0.03270.1827-0.0640.43170.946218.731226.3953
162.9367-2.9609-0.79873.3141-0.33024.18930.03040.0584-0.2607-0.1256-0.04980.28680.3724-0.01320.01940.07780.02310.00160.02190.00410.047131.835918.833939.9618
171.0143-0.98490.06531.6843-0.11372.40840.1180.16530.0502-0.2099-0.0879-0.14990.15580.286-0.03010.07370.02520.02850.08290.02230.085230.347927.133222.0448
181.5355-0.48160.6485.2101-0.75084.15240.00040.08910.32340.2768-0.0811-0.3093-0.37890.28750.08070.0491-0.01940.00530.03740.04170.127522.054150.97138.691
192.49742.03910.36084.31730.58352.1401-0.17720.53120.1202-0.47730.1819-0.5344-0.38380.4595-0.00470.2596-0.10920.09350.30860.070.404227.899749.973127.5707
201.1604-0.3211-0.51822.14270.53153.4447-0.00440.08550.0592-0.0398-0.05870.271-0.2247-0.31450.06310.01680.0244-0.00210.06970.04480.107110.07542.115638.4256
213.3835-0.23110.61632.0268-0.54683.4761-0.01040.0305-0.1291-0.08040.0210.27650.2303-0.2372-0.01060.0609-0.0099-0.04150.0193-0.01150.081814.965124.476433.6285
221.4512-0.5187-0.42767.25831.95372.34290.23050.37780.2449-0.563-0.0395-0.0997-0.38070.0371-0.19110.17940.06920.02070.20490.09060.083819.519446.245814.2542
231.4396-0.39170.09591.5542-0.71352.42030.11080.2482-0.1695-0.3256-0.09230.11010.4354-0.0348-0.01850.25480.0682-0.02020.1333-0.04320.083426.819819.025316.6053
241.5083-0.36340.2411.6596-1.40483.42040.05970.1046-0.0402-0.00010.17280.30290.0372-0.3617-0.23250.0117-0.00710.00510.06320.03540.1086.660538.323735.9926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A33 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2A69 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3A87 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4A123 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5A188 - 235
6X-RAY DIFFRACTION6A236 - 268
7X-RAY DIFFRACTION7A269 - 346
8X-RAY DIFFRACTION8A347 - 400
9X-RAY DIFFRACTION9A401 - 429
10X-RAY DIFFRACTION10A430 - 478
11X-RAY DIFFRACTION11A479 - 553
12X-RAY DIFFRACTION12A554 - 584
13X-RAY DIFFRACTION13B33 - 67
14X-RAY DIFFRACTION14B68 - 87
15X-RAY DIFFRACTION15B88 - 122
16X-RAY DIFFRACTION16B123 - 148
17X-RAY DIFFRACTION17B149 - 227
18X-RAY DIFFRACTION18B228 - 271
19X-RAY DIFFRACTION19B272 - 304
20X-RAY DIFFRACTION20B305 - 356
21X-RAY DIFFRACTION21B357 - 389
22X-RAY DIFFRACTION22B390 - 438
23X-RAY DIFFRACTION23B439 - 534
24X-RAY DIFFRACTION24B535 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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