PDB-3olo: Crystal structure of a PAS domain from two-component sensor histi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3olo

タイトル

Crystal structure of a PAS domain from two-component sensor histidine kinase

要素

Two-component sensor histidine kinase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / histidine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay sensor kinase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.094 Å

データ登録者

Michalska, K. / Chhor, G. / Bearden, J. / Fenske, R.J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a PAS domain from two-component sensor histidine kinase
著者: Michalska, K. / Chhor, G. / Bearden, J. / Fenske, R.J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2010年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3olo.cif.gz	105.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3olo.ent.gz	88 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3olo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3olo_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3olo_full_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示
XML形式データ	3olo_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	3olo_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/3olo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/3olo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3d5j-d 4ye1-d 4le0-d 4n38-5 4n35-6 2re2-d 3tuc-d 1ri8-d 6i23-d 6r1d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC67115.3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (10) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (7) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Two-component sensor histidine kinase

B: Two-component sensor histidine kinase

ヘテロ分子

28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Two-component sensor histidine kinase

ヘテロ分子

A: Two-component sensor histidine kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Two-component sensor histidine kinase

ヘテロ分子

B: Two-component sensor histidine kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.43, 85.43, 67.84
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Two-component sensor histidine kinase 分子量: 14379.462 Da / 分子数: 2 / 断片: PAS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: alr0428 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q8YZM9, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.05 M citric acid, 0.05 M BIS-TRIS propane, 16% (w/v) PEG3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.094→35 Å / Num. all: 15323 / Num. obs: 15260 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 749 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELX		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.094→30.202 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2268	881	5.79 %	random
R_work	0.1772	-	-	-
all	0.1799	15213	-	-
obs	0.1799	15213	99.44 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.704 Å² / k_sol: 0.424 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.9105 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.9105 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.8211 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.094→30.202 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1885	0	12	53	1950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1959
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	2634
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.357	728
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	271
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	344

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0942-2.2253	0.2711	164	0.2237	2296	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2253-2.3971	0.2614	153	0.2055	2337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3971-2.6382	0.2439	146	0.1896	2368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6382-3.0196	0.2296	147	0.1804	2385	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0196-3.8032	0.2224	121	0.155	2435	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8032-30.2054	0.2034	150	0.1693	2511	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9263	-1.7418	1.5687	1.6905	0.913	7.249	-0.3959	-0.0536	1.437	0.4844	0.2824	2.0261	-0.5854	-1.1594	-0.1999	0.4669	-0.0029	0.151	0.4931	-0.0259	0.7329	53.6192	36.2857	20.1468
2	0.7745	0.8798	-0.1682	2.0646	1.5272	3.047	-0.0438	0.0906	0.006	-0.1536	0.0159	0.1459	-0.0466	-0.1466	-0.003	0.2528	0.0157	-0.0175	0.2505	0.0461	0.2613	55.486	19.9776	5.3244
3	9.8557	5.335	5.3961	4.397	2.3787	3.1659	0.6339	0.189	-0.0076	0.5583	0.0755	-0.1335	-0.4475	-1.0952	-0.0313	0.6507	-0.082	0.0451	0.6365	0.054	0.5786	46.7916	6.6911	14.4851
4	0.3106	-0.0631	-0.5058	1.4435	-0.6215	3.3104	-0.16	-0.1302	-0.1302	-0.0346	0.227	0.0196	0.8128	-0.232	0.0565	0.3509	-0.0744	-0.0333	0.2707	0.0336	0.2109	54.6835	13.5804	7.8448
5	5.3739	-3.5558	-6.995	8.4278	2.7465	9.9747	0.2909	-0.9312	0.8176	0.699	0.2352	-0.8345	-0.9054	0.7584	-0.2898	0.2607	-0.0861	-0.0608	0.3355	0.0586	0.2477	60.5653	14.3628	11.2961
6	3.0464	3.0846	1.3525	3.2792	1.9108	2.6274	0.2022	0.6751	-0.6223	-0.523	0.134	-1.0269	0.3662	1.9837	-1.3223	0.2123	0.0757	0.0434	0.5136	-0.0276	0.3586	68.5957	22.5546	52.1667
7	2.5796	0.3823	0.3471	0.1388	0.5284	1.5559	0.0139	-0.1662	-0.1988	0.0739	0.0298	-0.0436	-0.0289	-0.0848	-0.0064	0.2	-0.002	0.0055	0.205	0.0343	0.2089	50.4217	18.2834	51.594
8	2.4785	1.4823	-1.1688	3.1913	-1.5288	1.9595	-0.0514	0.6222	-0.0587	-0.3194	0.176	0.0593	-0.0706	-0.073	0.0471	0.3401	-0.0563	0.0023	0.4596	-0.0176	0.2522	42.0752	18.1603	36.8427
9	3.5111	1.4604	-0.9298	2.8811	-3.2958	3.9702	-0.0427	-0.1008	0.0923	0.1945	-0.043	0.1095	-0.1367	0.007	0.064	0.1811	0.035	-0.0302	0.2465	0.0237	0.2303	38.0104	21.9464	47.8752
10	9.0464	-3.1814	-5.1183	4.0911	2.5326	3.9818	0.3063	0.07	0.3821	-0.1285	0.0133	-0.2429	-0.1907	0.0681	-0.1216	0.2395	-0.026	-0.0289	0.2095	0.0141	0.1486	53.2395	21.6072	41.0488

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:11)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 12:66)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 67:75)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 76:106)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 107:114)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 5:12)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 13:55)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 56:75)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 76:94)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 95:114)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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