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万見
- PDB-3ol3: Crystal structure of a putative uncharacterized protein from Myco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ol3
タイトルCrystal structure of a putative uncharacterized protein from Mycobacterium smegamtis, an ortholog of Rv0543c, iodide phased
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Mycobacterium / tuberculosis / Rv0543c / ortholog / iodide ion SAD phasing / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


Arc Repressor Mutant, subunit A - #2390 / Helix Hairpins - #2080 / Protein of unknown function DUF3349 / Protein of unknown function (DUF3349) / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / EndoIII-related endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural diversity in the Mycobacteria DUF3349 superfamily.
著者: Buchko, G.W. / Abendroth, J. / Robinson, J.I. / Phan, I.Q. / Myler, P.J. / Edwards, T.E.
#1: ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2010年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,55026
ポリマ－23,3902
非ポリマー3,16024
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.870, 72.900, 45.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL MOLECULE IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 11695.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_1066 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QRC4
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 52.57 mg/mL MysmA.17112.a.A1 PS00688 in 25 mM Hepes pH 7.5, 0.5 M NaCl, 5% glycerol grown against JCSG+ screen conditions D2, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Na Hepes pH 7.5, 30% PEG 400 and soaked ...詳細: 52.57 mg/mL MysmA.17112.a.A1 PS00688 in 25 mM Hepes pH 7.5, 0.5 M NaCl, 5% glycerol grown against JCSG+ screen conditions D2, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Na Hepes pH 7.5, 30% PEG 400 and soaked against 1.0 M NaI, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Na Hepes pH 7.0, 35% PEG 400 for 5 minutes, crystal tracking ID 217009d2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 214563 / Rmerge(I) obs: 0.068 / D res high: 1.95 Å / Num. obs: 32341 / % possible obs: 96.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
1.952219888.810.504
22.06219791.710.393
2.062.1222419510.35
2.122.18218096.410.27
2.182.25214996.710.208
2.252.33204197.110.185
2.332.42202197.410.168
2.422.52194097.610.153
2.522.63186798.310.127
2.632.76177898.410.103
2.762.91168898.310.084
2.913.0816089910.069
3.083.3155699.110.051
3.33.56139499.210.04
3.563.9131399.510.032
3.94.36116399.710.029
4.365.04107399.810.029
5.046.1788299.910.034
6.178.7267410010.028
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 17898 / Num. obs: 17265 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 27.164 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 21.83
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.95-20.537493631149188.5
2-2.060.425.2101581149191.2
2.06-2.120.3736.4112781169194.6
2.12-2.180.2888.4118291145196
2.18-2.250.22410.7123151126196.2
2.25-2.330.19912.4125231074196.6
2.33-2.420.18213.9133681063196.9
2.42-2.520.16616.6147741026197
2.52-2.630.1419.314399986197.8
2.63-2.760.1192213762943198
2.76-2.910.0982513091898197.7
2.91-3.080.08328.512471860198.5
3.08-3.30.06334.512020837198.8
3.3-3.560.05341.610800751198.8
3.56-3.90.04745.810119714199.2
3.9-4.360.04449.58964637199.4
4.36-5.040.04847.68250599199.7
5.04-6.170.06243.96684499199.8
6.17-8.720.05746.749623941100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.95 Å / D res low: 45.14 Å / FOM : 0.433 / FOM acentric: 0.464 / FOM centric: 0.215 / 反射: 17200 / Reflection acentric: 15076 / Reflection centric: 2109
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.92-11.040.3310.4170.16218912564
6.5-7.920.4380.5090.26323116467
5.65-6.50.4810.5430.30126619868
5.06-5.650.4670.5230.26630523867
4.62-5.060.4210.4990.13133926772
4.28-4.620.4510.5160.15234528461
4.01-4.280.4560.5250.1538431371
3.78-4.010.4760.5430.12439633363
3.59-3.780.4950.5590.16142335568
3.42-3.590.5160.5760.15543137060
3.28-3.420.5180.5680.2346439668
3.15-3.280.4790.5290.17547540966
3.03-3.150.4820.5230.19548442459
2.93-3.030.4860.530.21751744572
2.84-2.930.4870.520.22951145457
2.76-2.840.4960.5330.22654247666
2.68-2.760.5140.5460.2454648858
2.61-2.680.480.5160.256950366
2.54-2.610.4860.5140.24757651462
2.48-2.540.470.4980.22458752760
2.42-2.480.4870.5120.2560054258
2.37-2.420.4630.4880.22960654660
2.32-2.370.4340.4580.19662156457
2.27-2.320.440.4580.27164158061
2.23-2.270.4060.4290.19564658264
2.19-2.230.3810.3950.22565459657
2.15-2.190.3750.3870.25465860058
2.11-2.150.3780.3950.20470463864
2.08-2.110.3390.350.20767061454
2.04-2.080.3360.3450.23967061455
2.01-2.040.3440.350.26769463953
1.98-2.010.3550.3640.25267161752
1.95-1.980.3320.3370.27766060453

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASEREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.2147 / WRfactor Rwork: 0.1853 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.849 / SU B: 6.411 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.1659 / SU Rfree: 0.1525 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2358 876 5.1 %RANDOM
Rwork0.1966 ---
obs0.1985 17200 96.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.13 Å2 / Biso mean: 25.2377 Å2 / Biso min: 11.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1458 0 54 154 1666
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2351.9792101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3585196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.49624.62767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.73315242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4021510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7951.5963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40821557
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1583580
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4844.5540
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 65 -
Rwork0.226 1079 -
all-1144 -
obs--88.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1959-0.8666-0.40630.53290.20310.02290.06710.1198-0.09370.0004-0.07430.0507-0.0128-0.0130.00710.04050.01350.00250.0696-0.0110.004638.58315.571233.0994
20.2294-0.65930.16012.5403-0.27290.110.00320.03470.0140.0511-0.0173-0.06230.00620.01510.01410.04990.01690.00260.04750.00350.021856.636433.860436.0031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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