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- PDB-3glx: Crystal Structure Analysis of the DtxR(E175K) complexed with Ni(II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3glx
タイトルCrystal Structure Analysis of the DtxR(E175K) complexed with Ni(II)
要素Diphtheria toxin repressor
キーワードTRANSCRIPTION / REPRESSOR / REGULATOR / DTXR / HELIX-TURN-HELIX / METAL ION / ACTIVATION / DNA-BINDING / FERROUS IRON / Cytoplasm / Transcriptional regulation / transcriptional regulator / Iron / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / SH3 domain binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Diphteria toxin repressor, SH3 domain / Diphteria toxin repressor SH3 domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain ...Diphteria toxin repressor, SH3 domain / Diphteria toxin repressor SH3 domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / Transcriptional repressor, C-terminal / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / Diphtheria toxin repressor / Diphtheria toxin repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者D'Aquino, J.A. / Denninger, A. / Moulin, A. / D'Aquino, K.E. / Ringe, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Decreased sensitivity to changes in the concentration of metal ions as the basis for the hyperactivity of DtxR(E175K).
著者: D'Aquino, J.A. / Denninger, A.R. / Moulin, A.G. / D'Aquino, K.E. / Ringe, D.
履歴
登録2009年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif ...database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphtheria toxin repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5323
ポリマ－25,3781
非ポリマー1542
水1,15364
1
A: Diphtheria toxin repressor
ヘテロ分子

A: Diphtheria toxin repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0636
ポリマ－50,7562
非ポリマー3074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area22480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.800, 63.800, 108.165
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Diphtheria toxin repressor / Iron-dependent diphtheria tox regulatory element / Tox regulatory factor


分子量: 25377.914 Da / 分子数: 1 / 変異: E175K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
遺伝子: DIP1414, dtxR / プラスミド: pET-11c-dtxR(E175K) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33120, UniProt: P0DJL7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.95 M Sodium/Potasium Phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.03313 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月9日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03313 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 10.4 % / Av σ(I) over netI: 26.63 / 数: 214617 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20646 / % possible obs: 99.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.095099.610.0480.99910.2
3.254.0910010.0641.00510.9
2.843.2510010.070.99711
2.582.8410010.0981.00811
2.392.5810010.1220.99311
2.252.3910010.1561.00911
2.142.2510010.2080.99410.9
2.052.1410010.2811.00210.7
1.972.0510010.4190.9879.9
1.91.9792.210.4921.0087
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 21162 / Num. obs: 22293 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 26.628
反射 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1880 / Χ2: 1.008 / % possible all: 92.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 45.21 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.2 Å
Translation2.5 Å49.2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QQ9

2qq9


解像度: 1.85→38.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.292 / WRfactor Rwork: 0.237 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.966 / SU B: 2.766 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.147 / SU Rfree: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.147
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 1135 5.1 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.224 22265 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.39 Å2 / Biso mean: 34.099 Å2 / Biso min: 12.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.147 Å-
Luzzati sigma a-0.087 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1688 0 6 64 1758
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.9782335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7925223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.87823.46278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.8315322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6831520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1021.51073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91221759
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0353643
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8274.5568
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 71 -
Rwork0.287 1478 -
all-1549 -
obs--95.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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