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- PDB-5j81: Crystal structure of Glycoprotein C from Puumala virus in the pos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j81
タイトルCrystal structure of Glycoprotein C from Puumala virus in the post-fusion conformation (pH 6.0)
要素Envelopment polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / membrane fusion / virus / glycoprotein / class II
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / signal transduction / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : ...Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Puumala virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Willensky, S. / Dessau, M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Glycoprotein C from a Hantavirus in the Post-fusion Conformation.
著者: Willensky, S. / Bar-Rogovsky, H. / Bignon, E.A. / Tischler, N.D. / Modis, Y. / Dessau, M.
履歴
登録2016年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0545
ポリマ－48,9861
非ポリマー1,0684
水6,612367
1
A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子

A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子

A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,16315
ポリマ－146,9593
非ポリマー3,20412
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area19780 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area47830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.430, 96.430, 247.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1638-

HOH

21A-1644-

HOH

31A-1664-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 48986.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Puumala virus (strain P360) (ウイルス)
株: P360 / 遺伝子: GP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P41266
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 370分子

#3: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 % / 解説: Sharp edges rhombohedrons
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 12% PEG 2000 MME, 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 41365 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.93 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 14.65
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.8-1.91.38199.9
1.9-22.5811000.845
2-2.24.5611000.49
2.2-2.58.3211000.265
2.5-2.814.69199.90.142
2.8-3.224.2811000.082
3.2-3.637.511000.053
3.6-442.48199.40.046
4-4.548.57199.90.039
4.5-549.37199.90.036
5-648.6911000.038
6-744.29199.80.041
7-849.2411000.035
8-952.1511000.031
9-1052.7611000.03
1054.74197.20.028

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→48.215 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 2103 5.08 %
Rwork0.1828 --
obs0.1841 41357 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 122.99 Å2 / Biso mean: 25.3894 Å2 / Biso min: 4.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→48.215 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3133 0 70 367 3570
Biso mean--57.17 33.72 -
残基数----411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093301
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8934490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7871985
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8001-1.8420.43161590.470725692728
1.842-1.8880.36981240.341826032727
1.888-1.93910.32851430.278425652708
1.9391-1.99610.25931530.23225792732
1.9961-2.06060.24191420.214125862728
2.0606-2.13420.23881270.20126062733
2.1342-2.21970.21471480.198225902738
2.2197-2.32070.21341330.192626072740
2.3207-2.4430.23531110.190426182729
2.443-2.59610.20751660.184626022768
2.5961-2.79650.24161220.182826282750
2.7965-3.07790.22261360.17926182754
3.0779-3.52310.18211520.165726382790
3.5231-4.43830.18881330.147426792812
4.4383-48.23230.17131540.173327662920
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20470.0707-0.01580.3228-0.02880.02330.0721-0.2146-0.0190.1927-0.02620.02990.03410.06680.04050.09070.0116-0.01160.12120.02580.01057.946150.4877135.5243
20.2852-0.001-0.04180.3199-0.00730.01170.0111-0.0658-0.05970.1313-0.0416-0.22140.06610.09210.00730.07640.0181-0.00510.05890.00060.040116.876648.8102123.4473
30.1273-0.1069-0.0520.18890.18180.47760.06040.0746-0.0406-0.0563-0.0097-0.14830.03720.13170.25780.05480.01790.06910.08590.00780.033312.869851.188990.8191
40.2652-0.0015-0.03610.2576-0.02590.1882-0.0119-0.2006-0.3720.1685-0.0453-0.13970.1630.04110.03620.0950.09180.0185-0.10720.04930.12543.834630.8243116.5079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 666 through 701 )A666 - 701
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 702 through 735 )A702 - 735
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 736 through 965 )A736 - 965
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 966 through 1076 )A966 - 1076

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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