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- PDB-3okw: Mouse Semaphorin 6A, extracellular domains 1-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3okw
タイトルMouse Semaphorin 6A, extracellular domains 1-2
要素Semaphorin-6A
キーワードSIGNALING PROTEIN / Transmembrane / ligand / sema-domain / Cell-cell signalling / Plexin A2
機能・相同性
機能・相同性情報


semaphorin receptor binding / positive regulation of neuron migration / centrosome localization / semaphorin-plexin signaling pathway / axon guidance / neuron migration / transmembrane signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / axon / apoptotic process ...semaphorin receptor binding / positive regulation of neuron migration / centrosome localization / semaphorin-plexin signaling pathway / axon guidance / neuron migration / transmembrane signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / axon / apoptotic process / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Semaphorin / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. ...Semaphorin / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Semaphorin-6A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Janssen, B.J.C. / Robinson, R.A. / Bell, C.H. / Siebold, C. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structural basis of semaphorin-plexin signalling.
著者: Janssen, B.J. / Robinson, R.A. / Perez-Branguli, F. / Bell, C.H. / Mitchell, K.J. / Siebold, C. / Jones, E.Y.
履歴
登録2010年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Semaphorin-6A
B: Semaphorin-6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,09520
ポリマ－127,9312
非ポリマー4,16418
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint29 kcal/mol
Surface area47900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.036, 97.036, 153.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Semaphorin-6A / Semaphorin VIA / Sema VIA / Semaphorin-6A-1 / SEMA6A-1 / Semaphorin Q / Sema Q


分子量: 63965.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sema6a, Semaq / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O35464

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糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 289分子

#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Polyethylene Glycol 3350 20% w/v, di-ammonium Hydrogen Citrate 200mM, 6% D-galactose, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.299→37 Å / Num. all: 71753 / Num. obs: 71409 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.299→32.434 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2187 3610 5.06 %random
Rwork0.1841 ---
all0.1858 71753 --
obs0.1858 71381 99.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7959 Å20 Å20 Å2
2---1.7959 Å20 Å2
3---3.5918 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.299→32.434 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8443 0 274 278 8995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12312071
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3423360
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2986-2.32880.33981340.32822551X-RAY DIFFRACTION98
2.3288-2.36070.37591380.31852614X-RAY DIFFRACTION100
2.3607-2.39440.28921370.29182598X-RAY DIFFRACTION100
2.3944-2.43020.3561260.27922662X-RAY DIFFRACTION100
2.4302-2.46810.31711610.25122586X-RAY DIFFRACTION100
2.4681-2.50860.25151310.23012567X-RAY DIFFRACTION100
2.5086-2.55180.29371530.23782665X-RAY DIFFRACTION100
2.5518-2.59820.24971370.22422582X-RAY DIFFRACTION100
2.5982-2.64820.29411570.22872581X-RAY DIFFRACTION100
2.6482-2.70220.26541360.20772634X-RAY DIFFRACTION100
2.7022-2.76090.27621300.19742626X-RAY DIFFRACTION100
2.7609-2.82510.2431360.1842578X-RAY DIFFRACTION100
2.8251-2.89570.22061420.18872623X-RAY DIFFRACTION100
2.8957-2.9740.22871440.18322605X-RAY DIFFRACTION100
2.974-3.06140.23781240.18692646X-RAY DIFFRACTION100
3.0614-3.16010.23711290.18192630X-RAY DIFFRACTION100
3.1601-3.2730.21051480.18452592X-RAY DIFFRACTION100
3.273-3.40390.19911540.17992597X-RAY DIFFRACTION100
3.4039-3.55860.22291480.18132662X-RAY DIFFRACTION100
3.5586-3.7460.18681110.17872648X-RAY DIFFRACTION100
3.746-3.98030.18531300.16552618X-RAY DIFFRACTION100
3.9803-4.2870.19881540.14992588X-RAY DIFFRACTION100
4.287-4.71720.13691350.12852599X-RAY DIFFRACTION100
4.7172-5.39710.21911330.14712654X-RAY DIFFRACTION100
5.3971-6.78950.24111410.19422592X-RAY DIFFRACTION100
6.7895-32.43710.18651410.19022473X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8575-0.01550.08921.128-0.41581.30260.02740.22210.206-0.1491-0.0529-0.02910.0451-0.1189-00.18310.00610.00830.0912-0.01180.1755-21.936582.1329-0.8543
20.39740.25440.1440.2053-0.02210.3296-0.25210.09140.0542-0.3948-0.03990.4112-0.36730.2296-0.00030.4744-0.0464-0.14390.55080.00250.3787-51.380778.2907-20.1157
31.7945-0.1259-0.15332.2009-1.40992.4802-0.1219-0.2048-0.04280.66020.1341-0.0369-0.428-0.17160.00010.35820.09130.00230.1108-0.04170.1406-33.623129.9876-3.9415
40.04510.0363-0.04660.0263-0.03550.0466-0.0478-0.0668-0.48020.31790.0260.49830.4288-0.314700.7720.19770.34661.15990.26920.6452-62.1657119.76213.58
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 1:509 or resseq 1000:1509)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 510:570 or resseq 1510:1570)
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resseq 1:509 or resseq 1000:1509)
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resseq 510:570 or resseq 1510:1570)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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