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- PDB-3okt: Mouse Plexin A2, extracellular domains 1-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3okt
タイトルMouse Plexin A2, extracellular domains 1-4
要素Plexin-A2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Transmembrane / receptor / sema-domain / Cell-cell signalling / Semaphorin-6A
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellar granule cell precursor tangential migration / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / limb bud formation / pharyngeal system development / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / semaphorin receptor complex ...cerebellar granule cell precursor tangential migration / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / limb bud formation / pharyngeal system development / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / semaphorin receptor complex / neural tube development / centrosome localization / positive regulation of axonogenesis / semaphorin-plexin signaling pathway / somitogenesis / regulation of cell migration / regulation of cell shape / collagen-containing extracellular matrix / cell surface receptor signaling pathway / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plexin-A2, sema domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family ...Plexin-A2, sema domain / Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.296 Å
データ登録者Janssen, B.J.C. / Robinson, R.A. / Bell, C.H. / Siebold, C. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structural basis of semaphorin-plexin signalling.
著者: Janssen, B.J. / Robinson, R.A. / Perez-Branguli, F. / Bell, C.H. / Mitchell, K.J. / Siebold, C. / Jones, E.Y.
履歴
登録2010年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plexin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,50313
ポリマ－75,9351
非ポリマー1,56812
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Plexin-A2
ヘテロ分子

A: Plexin-A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,00626
ポリマ－151,8702
非ポリマー3,13724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area56850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.860, 92.903, 62.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Authors have confirmed that the quaternary structure is a monomer, experimentally by multi-angle light scattering and also by analytical utracentrifugation.

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 A

#1: タンパク質 Plexin-A2 / Plexin-2 / Plex 2


分子量: 75934.914 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 33-703, extracellular domains 1-4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plxna2, Kiaa0463 / プラスミド: PHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P70207
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 189分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Polyethylene Glycol 6000 12.8% w/v, Magnesium Chloride 128mM, HEPES 64mM pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月27日
放射モノクロメーター: SI [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.296→50 Å / Num. all: 39628 / Num. obs: 38566 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.296→44.907 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 1940 5.03 %random
Rwork0.1958 ---
all0.1986 39628 --
obs0.1986 38550 97.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.832 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.501 Å20 Å211.7196 Å2
2---2.7475 Å20 Å2
3---3.2485 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.296→44.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5138 0 97 182 5417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9197266
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6491939
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06811
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004930
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2961-2.35360.34181420.28922535X-RAY DIFFRACTION96
2.3536-2.41720.31651330.27372645X-RAY DIFFRACTION98
2.4172-2.48830.32261320.26832636X-RAY DIFFRACTION99
2.4883-2.56860.31871420.26592629X-RAY DIFFRACTION98
2.5686-2.66040.32181390.24412620X-RAY DIFFRACTION98
2.6604-2.76690.29681510.23782620X-RAY DIFFRACTION98
2.7669-2.89280.28661300.21022619X-RAY DIFFRACTION98
2.8928-3.04530.26521300.2042634X-RAY DIFFRACTION98
3.0453-3.23610.26741490.19722580X-RAY DIFFRACTION97
3.2361-3.48580.26321300.17852635X-RAY DIFFRACTION97
3.4858-3.83640.22571260.16582609X-RAY DIFFRACTION97
3.8364-4.39120.19391440.14342591X-RAY DIFFRACTION96
4.3912-5.53080.16981300.13922624X-RAY DIFFRACTION97
5.5308-44.91530.22331620.18352633X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.53490.1831-0.54951.4551-0.41270.9968-0.06860.0534-0.20940.04620.01690.06830.06-0.0324-00.1793-0.0250.0010.1589-0.03750.153547.666353.704220.3194
20.04840.0158-0.05260.0672-0.01890.055-0.01640.0643-0.0850.11370.11970.1285-0.0547-0.2939-00.2412-0.0747-0.04150.4139-0.01580.197268.637668.4379-8.8934
30.3175-0.1060.10520.1524-0.13110.21030.2261-0.11210.5042-0.3066-0.088-0.2097-0.2840.0640.00140.3076-0.0660.07250.3032-0.02990.35884.157184.1877-19.0327
40.07170.0019-0.02970.06950.00090.0324-0.0161-0.17290.25210.3078-0.2408-0.39520.2619-0.046300.334-0.07240.02120.39430.04090.4979110.199291.5934-17.7626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 1:509 or resseq 1000:1509)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 510:559 or resseq 1510:1559)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 560:655 or resseq 1560:1655)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 656:707 or resseq 1656:1707)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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