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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oke | ||||||
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タイトル | Crystal structure of S25-39 in complex with Ko | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / IgG / carbohydrate | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-KO2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Blackler, R.J. / Evans, S.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011 タイトル: A Common NH53K Mutation in the Combining Site of Antibodies Raised against Chlamydial LPS Glycoconjugates Significantly Increases Avidity. 著者: Blackler, R.J. / Brooks, C.L. / Evans, D.W. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3oke.cif.gz | 95.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3oke.ent.gz | 74.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3oke.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3oke_validation.pdf.gz | 797.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3oke_full_validation.pdf.gz | 804.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3oke_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3oke_validation.cif.gz | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/3oke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/3oke | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24182.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c |
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#2: 抗体 | 分子量: 23936.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c |
#3: 糖 | ChemComp-KO2 / |
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 3350, MPD, ZnAc, NaCacod, pH 6.5, hanging drop, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月16日 / 詳細: OSMIC BLUE MIRRORS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→19.88 Å / Num. obs: 18047 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.85 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 37.1 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.356 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.654 Å2 / ksol: 0.316 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.356 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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