[日本語] English
万見
- PDB-3ogn: Crystal Structure of an Odorant-binding Protein from the Southern... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ogn
タイトルCrystal Structure of an Odorant-binding Protein from the Southern House Mosquito Complexed with an Oviposition Pheromone
要素Odorant-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / helix bundle / Odorant-binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / sensory perception of smell / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3OG / Odorant-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Culex quinquefasciatus (カ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Mao, Y. / Clardy, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Crystal and solution structures of an odorant-binding protein from the southern house mosquito complexed with an oviposition pheromone.
著者: Mao, Y. / Xu, X. / Xu, W. / Ishida, Y. / Leal, W.S. / Ames, J.B. / Clardy, J.
履歴
登録2010年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Odorant-binding protein
B: Odorant-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5158
ポリマ－28,7932
非ポリマー7226
水7,548419
1
A: Odorant-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7825
ポリマ－14,3971
非ポリマー3854
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Odorant-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7333
ポリマ－14,3971
非ポリマー3372
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.915, 107.310, 38.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Odorant-binding protein / mosquito odorant binding protein


分子量: 14396.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Culex quinquefasciatus (カ) / 遺伝子: CpipJ_CPIJ007604 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8T6I2
#2: 化合物 ChemComp-3OG / (1S)-1-[(2R)-6-oxotetrahydro-2H-pyran-2-yl]undecyl acetate / (5R,6S)-6-acetoy-5-hexadecanolide / (5R,6S)-5-ヒドロキシ-6-アセトキシヘキサデカン酸ラクトン


分子量: 312.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 20% (wt/vol) PEG 4,000, 100 mM HEPES, 200 mM MgCl2, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 68116 / Num. obs: 68116 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル
解像度 (Å)% possible all
1.3-1.3595.5
1.35-1.496.3
1.4-1.4696.6
1.46-1.5497
1.54-1.6497.4
1.64-1.7698
1.76-1.9498.4
1.94-2.2298.9
2.22-2.899.3
2.8-5091.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→26.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.16 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17374 3426 5 %RANDOM
Rwork0.13201 ---
all0.13415 64639 --
obs0.13415 64639 96.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.795 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.16 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 48 419 2481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0222224
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3661.9943018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2725276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.34325.192104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.20315422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.03156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0211674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4611.51294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.59322108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3083930
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.4654.5894
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.87232224
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 235 -
Rwork0.159 4699 -
obs--94.78 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る