PDB-3ogh: Crystal structure of yciE protein from E. coli CFT073, a member o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ogh

タイトル

Crystal structure of yciE protein from E. coli CFT073, a member of ferritine-like superfamily of diiron-containing four-helix-bundle proteins

要素

Protein yciE

キーワード

Structural Genomics / Unknown function / iron-binding / MCSG / four-helix-bundle / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O6 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Nocek, B. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of yciE protein from E. coli CFT073, a member of ferritine-like superfamily of diiron-containing four-helix-bundle proteins
著者: Nocek, B. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ogh.cif.gz	142.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ogh.ent.gz	113 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ogh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ogh_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ogh_full_validation.pdf.gz	438 KB	表示
XML形式データ	3ogh_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	3ogh_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3hiu-2 1svs-d 6vme-2 3c5r-d 6vme-3 7bml-1 3qoq-d 5hxg-2 1svk-d 7nen-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc38261

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Protein yciE

A: Protein yciE

ヘテロ分子

39.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.148, 90.295, 58.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Protein yciE 分子量: 19618.018 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O6 (大腸菌) / 株: CFT073 / 遺伝子: yciE, c1723 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q8FHW2, UniProt: A0A0H2V857*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	THE AUTHORS BELIEVE THAT THE IRON ION LIKELY REPRESENTS IRON III, HOWEVER THERE IS NO EXPERIMENTAL ...THE AUTHORS BELIEVE THAT THE IRON ION LIKELY REPRESENTS IRON III, HOWEVER THERE IS NO EXPERIMENTAL DATA TO CONFIRM IT.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% Peg 3350, 0.2 M Magnesium Chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→40 Å / Num. all: 36700 / Num. obs: 36634 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 29
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1843 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELX		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.437 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21291	1815	5 %	RANDOM
R_work	0.16648	-	-	-
all	0.18	36311	-	-
obs	0.16878	34496	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.968 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	-0.91 Å²
2-	-	-1.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2353	0	5	196	2554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.794	1.943	3267
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.18	3	3957
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.869	5	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.453	25.126	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.441	15	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.732	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.88	1.5	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.601	1.5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.304	2	2406
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.221	3	925
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.65	4.5	856
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.408	3	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.648→1.691 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	128	-
R_work	0.273	2477	-
obs	-	-	96.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.431	-0.1324	0.0004	1.2255	0.0109	0.5944	0.0086	-0.0942	0.023	0.1492	-0.0457	0.0624	-0.1047	-0.0544	0.0371	0.279	0.0058	-0.0024	0.2574	-0.0177	0.2553	13.7347	17.3745	28.5248
2	0.7992	-0.1228	-0.8897	12.1118	-0.3433	2.2906	-0.0238	0.005	-0.0371	0.4422	0.105	0.7187	0.066	0.014	-0.0813	0.2811	-0.0122	0.0248	0.2318	0.0124	0.282	14.0391	-2.9572	30.0535
3	2.3328	-5.1024	-2.7923	13.8532	5.0615	3.7555	-0.1138	0.02	-0.0819	0.0367	0.1324	0.5624	0.232	-0.0522	-0.0186	0.3677	-0.0602	-0.0699	0.216	0.0812	0.3399	16.8361	-15.5926	24.9859
4	1.1525	-1.0009	1.3925	2.7414	0.415	3.1614	0.0404	0.1018	-0.0479	0.2494	0.0056	0.0995	0.3133	0.3389	-0.046	0.2895	0.0179	-0.0064	0.2762	0.0268	0.2644	24.6878	-11.4599	25.5091
5	0.4033	-0.2275	-0.3977	1.9515	0.9101	0.6764	0.0073	-0.1112	0.0239	0.3477	-0.0104	-0.1022	0.0727	0.1162	0.0031	0.3444	-0.0281	-0.0493	0.2641	0.0007	0.2466	21.022	8.0162	35.4749
6	2.0575	-6.4844	0.1496	20.7369	1.2436	13.7262	0.4535	-0.0049	-0.2589	-1.1447	-0.2743	0.6615	1.7437	-0.5194	-0.1792	0.8151	-0.2363	-0.178	0.5786	0.3861	0.5357	8.4395	5.1283	31.2731
7	0.1305	-0.4028	-0.4667	3.0127	1.387	1.6835	-0.0482	-0.007	-0.0204	0.249	-0.052	0.0984	0.1467	-0.0137	0.1003	0.2517	-0.0088	0.0009	0.2476	0.0023	0.2614	16.4832	-6.31	17.2158
8	0.0854	0.0805	0.2726	1.901	0.5233	0.9173	-0.0471	0.0211	0.0064	0.1262	0.0463	-0.1145	-0.0831	0.0595	0.0008	0.2596	-0.0036	-0.0159	0.2483	-0.0137	0.2674	21.4022	14.185	23.6434
9	0.6048	1.3491	1.2549	5.0564	3.8826	3.178	-0.0591	0.1479	0.0973	0.0836	0.1724	-0.3943	0.0001	0.2247	-0.1133	0.2475	-0.0163	-0.0414	0.2692	-0.0077	0.3201	27.3902	7.5973	25.3514
10	1.1551	-1.0952	0.1924	2.4219	1.7225	2.722	-0.104	-0.0119	0.1049	0.1223	0.1494	-0.2449	0.0245	0.165	-0.0455	0.2356	0.0086	-0.013	0.2495	0.0008	0.3074	26.2614	-6.2951	17.0677
11	1.6084	2.1581	1.8144	6.3623	2.1823	2.4856	0.0411	0.0895	-0.135	0.2147	0.0439	-0.1984	0.1047	0.1566	-0.085	0.2444	0.0065	-0.0106	0.2437	0.0058	0.2617	23.0591	-14.952	11.6602
12	1.0208	0.4972	0.0568	4.3972	0.7244	2.7255	0.1279	-0.1142	-0.0889	0.3294	-0.0577	-0.0465	0.2514	0.0133	-0.0702	0.275	0.0005	-0.009	0.2391	0.0118	0.2624	17.7296	-24.314	12.24
13	0.7278	-0.739	-0.1554	2.3278	0.0832	0.4227	-0.0163	-0.0059	-0.1028	0.0618	0.0086	0.0842	0.0767	0.0004	0.0077	0.2147	-0.0017	-0.0023	0.2205	0.0021	0.2402	10.9765	-16.6553	3.7639
14	2.1194	-0.8419	-0.4476	5.6464	1.3352	0.3485	-0.0782	0.0386	0.0137	0.0327	0.0337	0.2811	0.002	-0.0055	0.0445	0.2323	0.0065	-0.0028	0.2461	0.0064	0.2755	5.1911	5.0344	3.4746
15	0.6997	-0.4067	0.0652	1.6932	1.1888	1.0481	-0.1308	-0.0125	-0.2091	0.0647	0.0143	0.3019	-0.0496	0.041	0.1164	0.2454	-0.001	0.0165	0.2392	-0.0029	0.3324	7.5947	19.3702	7.237
16	0.0205	0.1607	-0.0549	3.7603	0.0756	0.3348	-0.0233	0.0031	0.0089	-0.0138	0.0733	0.0322	-0.0406	0.0398	-0.05	0.2357	0.0013	-0.0029	0.2306	0.0003	0.2576	13.6854	15.0772	1.9452
17	0.2673	-0.0434	0.0443	3.2825	0.5531	0.1609	-0.0053	0.0518	-0.0255	-0.1777	0.0024	0.0326	-0.0125	0.0131	0.0029	0.2387	0.0014	-0.0039	0.2371	-0.0023	0.2546	11.5935	-3.8543	-5.5736
18	2.1593	-0.855	-0.7553	1.5429	0.1476	0.628	0.1205	0.0192	-0.0848	-0.0621	-0.0766	0.0251	0.0438	-0.1456	-0.0439	0.2205	0.0127	-0.0047	0.2219	-0.0065	0.2686	2.1351	-10.7693	-0.4724
19	3.5768	5.7395	2.1409	9.3948	3.5182	1.3302	-0.0296	-0.0025	0.1033	0.1892	0.0504	0.1359	0.0792	0.0152	-0.0208	0.261	0.0246	0.0165	0.3178	-0.0185	0.2708	2.2731	4.8704	11.9298
20	0.2657	-0.4808	-0.1704	2.4953	1.5591	1.0793	-0.0264	-0.0532	0.0136	0.0191	-0.0389	0.0921	-0.0446	-0.073	0.0653	0.2314	0	0.0108	0.2288	0.0029	0.2533	14.5156	4.2718	11.1955
21	0.3437	0.0567	-0.0561	1.2461	0.2226	0.5371	0.0131	0.0617	-0.058	-0.1053	0.0104	-0.0617	0.0599	0.0487	-0.0235	0.2141	0.0053	-0.0029	0.2361	-0.0058	0.2588	21.0093	-11.1871	-0.2991
22	0.5738	0.1494	-0.2214	5.1783	2.6763	3.0992	0.0041	0.0712	0.0179	-0.0773	0.0657	-0.1822	-0.0179	0.1581	-0.0698	0.211	-0.0011	-0.0012	0.2195	0.0052	0.2421	21.4663	4.3485	3.5089
23	0.2442	-0.2883	0.2107	1.3164	1.249	2.4833	0.0037	-0.0145	0.0343	-0.0846	0.0611	-0.1137	-0.1443	0.0543	-0.0648	0.2433	-0.0071	0.0119	0.234	-0.0048	0.2758	21.0279	14.7884	10.3879
24	0.9716	0.5278	-0.0205	1.8086	0.0435	2.5066	0.0295	0.025	0.1159	0.0708	0.0267	-0.0842	-0.2303	-0.0048	-0.0563	0.2695	0.0027	0.0026	0.2368	-0.0049	0.2605	15.0074	24.8387	17.2967

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	27 - 34
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	35 - 45
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	46 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	93 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	105 - 126
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	127 - 139
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	140 - 147
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	148 - 153
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	154 - 162
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	-2 - 18
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	19 - 27
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	28 - 35
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	36 - 45
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	46 - 63
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	64 - 73
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	74 - 92
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	93 - 111
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	112 - 134
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	135 - 142
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	143 - 150
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	151 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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