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- PDB-3qoq: Crystal Structure of the Transcription Factor AmrZ in Complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qoq
タイトルCrystal Structure of the Transcription Factor AmrZ in Complex with the 18 Base Pair amrZ1 Binding Site
要素
  • Alginate and motility regulator Z
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*T)-3')
キーワードTranscription/DNA / Protein-DNA Complex / Ribbon-Helix-Helix / Transcription Factor / DNA Binding / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of polysaccharide biosynthetic process / negative regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / type IV pilus-dependent motility / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / DNA-binding transcription repressor activity / positive regulation of cell motility / bacterial-type flagellum assembly / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding ...regulation of polysaccharide biosynthetic process / negative regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / type IV pilus-dependent motility / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / DNA-binding transcription repressor activity / positive regulation of cell motility / bacterial-type flagellum assembly / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Arc-like DNA binding domain / Arc-like DNA binding domain / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor AmrZ / Alginate and motility regulator Z
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Pryor Jr., E.E. / Wozniak, D.J. / Hollis, T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: The Transcription Factor AmrZ Utilizes Multiple DNA Binding Modes to Recognize Activator and Repressor Sequences of Pseudomonas aeruginosa Virulence Genes.
著者: Pryor Jr., E.E. / Waligora, E.A. / Xu, B. / Dellos-Nolan, S. / Wozniak, D.J. / Hollis, T.
履歴
登録2011年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Database references
改定 1.22012年10月17日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate and motility regulator Z
B: Alginate and motility regulator Z
C: Alginate and motility regulator Z
D: Alginate and motility regulator Z
E: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6606
ポリマ－42,6606
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12030 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area15240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.465, 129.465, 152.554
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質
Alginate and motility regulator Z / DNA binding-protein


分子量: 7906.509 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-66 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: algZ, amrZ, PA3385 / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9RPY7, UniProt: G3XCY4*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*A)-3')


分子量: 5519.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*T)-3')


分子量: 5514.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 3% PEG8K, 0.1M MES, 0.15M NaCl, 2mM TCEP, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月30日
放射モノクロメーター: SILICON(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. obs: 11900 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.308 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.155.80.54311410.8941100
3.15-3.215.80.28311391.0021100
3.21-3.275.70.19510961.0661100
3.27-3.345.70.20911281.075199.8
3.34-3.415.80.21311470.9761100
3.41-3.495.80.16211101.0951100
3.49-3.585.80.15611091.0221100
3.58-3.685.80.15711211.0311100
3.68-3.785.70.13511190.9811100
3.78-3.915.80.10311371.0481100
3.91-4.045.80.0811331.03199.9
4.04-4.215.80.07510891.0671100
4.21-4.45.80.06211341.186199.9
4.4-4.635.70.05611261.237199.9
4.63-4.925.70.05611201.581199.9
4.92-5.35.70.05911171.8199.9
5.3-5.835.70.05511282.109199.9
5.83-6.675.60.0511322.091199.7
6.67-8.395.50.03511191.913199.6
8.39-405.70.02810902.082196.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
112.859-16.172-52.504SE68.122.67
2-59.81117.136-38.985SE68.962.09
3-59.92333.221-41.407SE62.371.98
4-31.75116.122-95.93SE60.751.66
5-24.51324.691-53.622SE62.81.78
6-28.8334.965-43.354SE50.80.66
74.07-41.007-40.379SE62.051.33
8-18.03213.027-59.557SE56.510.99
9-2.67-29.09-42.996SE54.240.93
10-4.677-46.295-35.708SE56.130.97
11-10.971-18.946-60.314SE55.460.91
12-4.091-28.054-45.467SE54.610.93
13-5.413-29.7-33.94SE54.580.81
14-17.384-30.431-97.141SE52.780.74
Phasing dmFOM : 0.65 / FOM acentric: 0.67 / FOM centric: 0.57 / 反射: 11828 / Reflection acentric: 10269 / Reflection centric: 1559
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.9-39.2480.940.960.89558379179
5.5-8.90.870.90.7416541336318
4.4-5.50.830.860.6520231724299
3.9-4.40.760.770.6220091777232
3.3-3.90.540.560.3734773131346
3.1-3.30.320.340.221071922185

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE2.14位相決定
REFMACrefmac_5.5.0063精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→39.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / WRfactor Rfree: 0.295 / WRfactor Rwork: 0.261 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 18.656 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.418
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2954 593 5 %RANDOM
Rwork0.2614 ---
obs0.2631 11827 100 %-
all-11827 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.96 Å2 / Biso mean: 82.8186 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å20 Å20 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3---2.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1522 732 0 7 2261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0212356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.182.3523316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2935187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95323.01283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.31415298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4031522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021532
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.1-3.180.446530.317759812
3.18-3.2670.312400.299775815
3.267-3.3610.381260.303756782
3.361-3.4630.373490.31734783
3.463-3.5760.312450.311726771
3.576-3.7010.366350.274711746
3.701-3.8390.301340.273685719
3.839-3.9940.272480.245647695
3.994-4.170.324350.239625660
4.17-4.3710.218300.24620650
4.371-4.6040.283280.235589617
4.604-4.8790.345280.229557585
4.879-5.210.286260.237535561
5.21-5.6190.267250.276494519
5.619-6.1430.214260.286460486
6.143-6.8470.308160.297428444
6.847-7.8670.247180.256380398
7.867-9.540.286130.216328341
9.54-13.1090.359140.229268282
13.109-39.2480.10140.268157161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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