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- PDB-7nen: Crystal structure of outer surface protein C (OspC) from Borrelia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nen
タイトルCrystal structure of outer surface protein C (OspC) from Borrelia garinii
要素Outer surface protein C
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Lyme disease / tick-borne disease / OspC / Borrelia garinii
機能・相同性Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / Lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Outer surface protein C
機能・相同性情報
生物種Borrelia garinii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Sliwiak, J. / Bierwagen, P. / Ruszkowski, M. / Jaskolski, M. / Urbanowicz, A.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2015/17/B/NZ1/ 00873 ポーランド
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies of outer surface proteins (OspC) from different Borrelia strains
著者: Sliwiak, J. / Bierwagen, P. / Ruszkowski, M. / Jaskolski, M. / Urbanowicz, A.
#1: ジャーナル: FEBS J / 年: 2019
タイトル: Borrelia outer surface protein C is capable of human fibrinogen binding.
著者: Bierwagen, P. / Szpotkowski, K. / Jaskolski, M. / Urbanowicz, A.
#2: ジャーナル: Ticks Tick Borne Dis / 年: 2020
タイトル: Strong interactions between Salp15 homologues from the tick I. ricinus and distinct types of the outer surface OspC protein from Borrelia.
著者: Bierwagen, P. / Sliwiak, J. / Jaskolski, M. / Urbanowicz, A.
#3: ジャーナル: FEBS J / 年: 2019
タイトル: Borrelia outer surface protein C is capable of human fibrinogen binding.
著者: Bierwagen, P. / Szpotkowski, K. / Jaskolski, M. / Urbanowicz, A.
履歴
登録2021年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer surface protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6491
ポリマ－18,6491
非ポリマー00
水2,954164
1
A: Outer surface protein C

A: Outer surface protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2992
ポリマ－37,2992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area3750 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.000, 151.850, 57.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-267-

HOH

21A-332-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Outer surface protein C


分子量: 18649.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Borrelia garinii (バクテリア) / プラスミド: pMCSG48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H6VGK2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M sodium acetate trihydrate 25% w/v PEG 3350 0.1M sodium HEPES pH 7.5 protein 30 mg/mL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→31.75 Å / Num. obs: 14012 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 9.25 % / Biso Wilson estimate: 28.231 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 0.845 / Net I/σ(I): 10.73 / Num. measured all: 129617 / Scaling rejects: 5392
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.98-2.038.4190.8981.888815105010470.930.95799.7
2.03-2.097.7070.5984.068046104510440.7950.64299.9
2.09-2.159.8090.5393.519809100210000.950.5799.8
2.15-2.2110.2750.6583.0383849558160.9580.69385.4
2.21-2.297.5760.27711.4763499608380.9530.29787.3
2.29-2.379.220.514.0160859156600.9820.5472.1
2.37-2.4610.280.2316.8392429008990.9960.24399.9
2.46-2.5610.2320.2078.4787698578570.9920.218100
2.56-2.6710.0410.2038.8981338108100.9920.214100
2.67-2.810.0520.16610.3978617827820.9950.175100
2.8-2.9510.1130.14510.977167637630.9950.152100
2.95-3.139.9990.11913.9370797087080.9970.126100
3.13-3.359.9110.10315.5766706736730.9980.109100
3.35-3.629.1290.10618.1357976376350.9960.11299.7
3.62-3.967.970.11321.3945515815710.9930.12198.3
3.96-4.439.1670.07722.7247305345160.9980.08196.6
4.43-5.118.9790.06523.6842024714680.9980.06999.4
5.11-6.268.8630.05823.1836164084080.9980.062100
6.26-8.857.8440.04523.7425653283270.9990.04799.7
8.85-31.756.3050.03925.1911981971900.9990.04296.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BML

7bml


解像度: 1.98→31.75 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 1045 7.48 %
Rwork0.2551 12928 -
obs0.2604 13973 95.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.43 Å2 / Biso mean: 34.7542 Å2 / Biso min: 11.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→31.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1139 0 0 168 1307
Biso mean---32.8 -
残基数----160
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.98-2.080.41731500.34821873202399
2.08-2.210.42071400.32691740188093
2.22-2.390.56291280.41791567169582
2.39-2.630.281530.257518962049100
2.63-3.010.31131550.236319102065100
3.01-3.790.29041580.202819412099100
3.79-31.750.25141610.20262001216298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.96040.9374-0.14691.3138-0.27810.67180.1864-0.08441.2883-0.13290.15020.1527-0.39310.0838-0.04620.2245-0.00480.10640.40230.07580.462719.125255.648443.8877
23.20131.18640.49161.1534-0.31591.20150.1930.0504-0.04670.0864-0.11790.2477-0.0494-0.1084-0.11710.0936-0.0224-0.01230.36850.02850.093113.634137.5943.5536
31.412-0.4076-0.70280.38330.61640.9933-0.2980.36711.1017-0.51990.24040.1576-0.6327-0.0190.15450.41170.0366-0.14670.40320.18860.564410.834155.92139.3959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 37 )A5 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 135 )A38 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 136 through 164 )A136 - 164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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