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Yorodumi- PDB-7nen: Crystal structure of outer surface protein C (OspC) from Borrelia... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nen | ||||||
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Title | Crystal structure of outer surface protein C (OspC) from Borrelia garinii | ||||||
Components | Outer surface protein C | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Lyme disease / tick-borne disease / OspC / Borrelia garinii | ||||||
Function / homology | Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / Lipoprotein / cell outer membrane / Outer surface protein C Function and homology information | ||||||
Biological species | Borrelia garinii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.98 Å | ||||||
Authors | Sliwiak, J. / Bierwagen, P. / Ruszkowski, M. / Jaskolski, M. / Urbanowicz, A. | ||||||
Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structural studies of outer surface proteins (OspC) from different Borrelia strains Authors: Sliwiak, J. / Bierwagen, P. / Ruszkowski, M. / Jaskolski, M. / Urbanowicz, A. #1: Journal: FEBS J / Year: 2019 Title: Borrelia outer surface protein C is capable of human fibrinogen binding. Authors: Bierwagen, P. / Szpotkowski, K. / Jaskolski, M. / Urbanowicz, A. #2: Journal: Ticks Tick Borne Dis / Year: 2020 Title: Strong interactions between Salp15 homologues from the tick I. ricinus and distinct types of the outer surface OspC protein from Borrelia. Authors: Bierwagen, P. / Sliwiak, J. / Jaskolski, M. / Urbanowicz, A. #3: Journal: FEBS J / Year: 2019 Title: Borrelia outer surface protein C is capable of human fibrinogen binding. Authors: Bierwagen, P. / Szpotkowski, K. / Jaskolski, M. / Urbanowicz, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7nen.cif.gz | 78.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7nen.ent.gz | 58.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7nen.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7nen_validation.pdf.gz | 424.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7nen_full_validation.pdf.gz | 426 KB | Display | |
Data in XML | 7nen_validation.xml.gz | 10.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7nen_validation.cif.gz | 14.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/7nen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/7nen | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7bmlSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18649.295 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Borrelia garinii (bacteria) / Plasmid: pMCSG48 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: H6VGK2 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2M sodium acetate trihydrate 25% w/v PEG 3350 0.1M sodium HEPES pH 7.5 protein 30 mg/mL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.54184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU HyPix-6000HE / Detector: PIXEL / Date: Jul 29, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.98→31.75 Å / Num. obs: 14012 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 9.25 % / Biso Wilson estimate: 28.231 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 0.845 / Net I/σ(I): 10.73 / Num. measured all: 129617 / Scaling rejects: 5392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7BML Resolution: 1.98→31.75 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 34.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.43 Å2 / Biso mean: 34.7542 Å2 / Biso min: 11.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.98→31.75 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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