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万見
- PDB-3oga: 1.75 Angstrom resolution crystal structure of a putative NTP pyro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oga
タイトル1.75 Angstrom resolution crystal structure of a putative NTP pyrophosphohydrolase (yfaO) from Salmonella typhimurium LT2
要素Nucleoside triphosphatase nudI
キーワードHYDROLASE / Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 / unknown function / putative NTP pyrophosphohydrolase / infectious diseases / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
機能・相同性
機能・相同性情報


dCTP diphosphatase / dTTP diphosphatase activity / dCTP diphosphatase activity / nucleotide diphosphatase / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside triphosphatase NudI / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...Nucleoside triphosphatase NudI / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / PHOSPHATE ION / Nucleoside triphosphatase NudI
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.75 Angstrom resolution crystal structure of a putative NTP pyrophosphohydrolase (yfaO) from Salmonella typhimurium LT2
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside triphosphatase nudI
B: Nucleoside triphosphatase nudI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,83410
ポリマ－38,1252
非ポリマー7098
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area13770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.589, 81.104, 110.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside triphosphatase nudI


分子量: 19062.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: nudI, STM2295, yfaO / プラスミド: pMSCG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/Magic
参照: UniProt: Q8ZNF5, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 8 mg/mL protein in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition: The JCSG+ suite condition 56 (1 M di-Ammonium phosphate 0.1 M Sodium acetate pH 4.5), VAPOR ...詳細: 8 mg/mL protein in 10 mM Tris/HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME. Crystallization condition: The JCSG+ suite condition 56 (1 M di-Ammonium phosphate 0.1 M Sodium acetate pH 4.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月23日 / 詳細: Be-Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 38224 / Num. obs: 38224 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 27.34
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 3.06 / Num. unique all: 1863 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N77

3n77


解像度: 1.75→29.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.647 / SU ML: 0.069 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21836 1911 5 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
obs0.18713 36254 99.47 %-
all-36254 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.27 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å2-0 Å2
3---2.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2133 0 37 237 2407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222383
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5021.9873244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8123.0023992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9295295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.50123.361122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.53815422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5541527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0171.51416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2711.5571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84522305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5283967
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0464.5939
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 141 -
Rwork0.217 2559 -
obs-2559 96.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8577-0.38420.38890.9478-0.28971.6873-0.0134-0.13260.10030.10130.09250.019-0.0695-0.0919-0.07910.061-0.00450.00610.03710.01460.027329.107556.445814.9214
21.5568-0.42470.36140.2945-0.37391.17850.01690.05720.1305-0.04270.0085-0.0199-0.06980.0189-0.02540.0581-0.0110.0050.02980.02540.033234.412756.8397.8382
30.73250.10430.18053.8891-1.26651.50560.0185-0.10970.0220.284-0.1899-0.37680.00530.12760.17140.0640.0046-0.02270.08830.04850.057950.312638.695124.513
41.2613-1.17080.72573.9719-1.02791.37670.0609-0.0346-0.0307-0.0439-0.1344-0.27840.24650.07330.07360.09390.01170.00390.08560.05830.055147.091234.037520.3798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2A67 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 57
4X-RAY DIFFRACTION4B58 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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