PDB-3ofs: Dynamic conformations of the CD38-mediated NAD cyclization captur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ofs

タイトル

Dynamic conformations of the CD38-mediated NAD cyclization captured using multi-copy crystallography

要素

ADP-ribosyl cyclase 1

キーワード

HYDROLASE / CD38 / cyclization / hydrolysis / cADPR / ADPR / ara-2'F-NAD / ara-2'F-ADPR

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhang, H. / Lee, H.C. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Dynamic Conformations of the CD38-Mediated NAD Cyclization Captured in a Single Crystal
著者: Zhang, H. / Graeff, R. / Chen, Z. / Zhang, L.R. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. / Hao, Q.

履歴

登録	2010年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ofs.cif.gz	594.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ofs.ent.gz	492.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ofs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ofs_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ofs_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	3ofs_validation.xml.gz	56.2 KB	表示
CIF形式データ	3ofs_validation.cif.gz	75.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3ofs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3ofs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yh3S 3i9m S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xjs-d 4xjt-d 3u4i-2 4q7l-3 3h06-1 2fgj-1 7cqe-1 6r5f-3 2i67-2 3en7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosyl cyclase 1

B: ADP-ribosyl cyclase 1

C: ADP-ribosyl cyclase 1

D: ADP-ribosyl cyclase 1

E: ADP-ribosyl cyclase 1

F: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

182 kDa, 6 ポリマー
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1

A: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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6

F: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.655, 146.662, 191.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ADP-ribosyl cyclase 1 / CD38 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10 分子量: 29754.703 Da / 分子数: 6 / 断片: extracellular domain, residues 46-300 / 変異: Q49T, N100D, E146A, N164D, N209D, N219D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P28907, NAD+ glycohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-AVU / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3R,4R)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / arabinosyl-2-fluoro-deoxy-adenosine diphosphate ribose, ara-2'F-ADPR 分子量: 545.307 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂FN₅O₁₂P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.68 % / Mosaicity: 0.516 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.0, 15% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 3% isopropanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97623 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97623 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→100 Å / Num. obs: 79445 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Χ²: 1.247 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.2-2.28	4.6	0.354	7208	0.927	89.9
2.28-2.37	5.1	0.315	7613	0.973	95
2.37-2.48	5.7	0.299	7749	1.004	96.7
2.48-2.61	6.4	0.247	7943	1.07	98.6
2.61-2.77	7.1	0.214	8017	1.1	99.3
2.77-2.99	7.7	0.177	8057	1.076	99.5
2.99-3.29	8	0.129	8047	1.088	99.7
3.29-3.76	8.4	0.1	8164	1.386	99.7
3.76-4.74	8.7	0.08	8195	1.714	99.6
4.74-100	8.4	0.06	8452	1.582	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YH3

1yh3

解像度: 2.2→48.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / WR_factor R_free: 0.2579 / WR_factor R_work: 0.2077 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8284 / SU B: 14.383 / SU ML: 0.17 / SU R Cruickshank DPI: 0.3024 / SU R_free: 0.2246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2496	3969	5 %	RANDOM
R_work	0.2033	-	-	-
obs	0.2057	79380	97.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.13 Å² / B_iso mean: 47.9 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11346	0	210	392	11948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	11898
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.17	1.954	16190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.822	3.001	19431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.501	5	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.476	24.007	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.316	15	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.11	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	12881
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.445	1.5	7026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.095	1.5	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.861	2	11436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.489	3	4872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.346	4.5	4754

LS精密化シェル

解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	246	-
R_work	0.24	4700	-
all	-	4946	-
obs	-	-	82.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1006	-0.0154	-1.1057	2.7357	0.5025	5.7186	-0.1521	-0.2644	-0.053	0.068	-0.0508	0.1387	-0.5105	-0.1558	0.203	0.101	-0.0376	-0.0488	0.2427	0.0157	0.1738	-38.651	4.913	-1.408
2	6.7477	-5.8977	-2.1619	11.8187	2.0096	6.2358	-0.3147	0.0563	-1.0034	0.6128	-0.0857	1.0619	0.5519	-0.8079	0.4003	0.2381	-0.0472	0.0502	0.3068	0.0281	0.3303	-30.82	-3.488	17.513
3	3.8457	0.9363	0.7783	2.439	0.8324	7.7982	-0.2186	0.2132	-0.3484	-0.0326	-0.0288	-0.3276	-0.0987	0.5743	0.2475	0.0481	-0.0799	-0.0001	0.2398	0.0357	0.2129	-30.505	1.847	-3.365
4	6.5454	-1.8611	0.719	8.1455	-0.4555	4.3828	-0.2795	-0.0917	-0.2653	0.1523	0.0071	-0.5074	-0.0431	0.4656	0.2725	0.1179	-0.0185	-0.0013	0.3012	0.1031	0.1991	-17.437	-1.638	18.238
5	4.4481	-0.9799	0.7787	2.9294	-0.3466	6.9934	-0.0191	0.2538	0.0649	-0.2392	-0.1094	0.3313	-0.0361	-1.0071	0.1286	0.1727	0.0482	-0.0052	0.3323	0.0067	0.2597	-10.192	18.14	3.348
6	5.5198	4.6867	2.2506	7.2766	-0.9487	7.4089	-0.4493	0.1442	0.8042	0.0191	0.1348	1.0096	-1.2724	-0.7535	0.3145	0.4484	-0.0121	-0.0923	0.3151	0.0516	0.2911	-1.795	26.537	-15.96
7	3.365	-0.6067	-0.9389	2.5502	1.1218	9.3361	-0.0015	-0.0855	0.3401	-0.0579	-0.0679	-0.2124	-0.6395	-0.0378	0.0693	0.2044	0.0363	-0.0083	0.1093	0.0396	0.1994	-2.194	21.234	5.252
8	3.6402	1.6777	-0.5828	8.7669	-3.3282	6.5228	-0.2365	-0.0955	0.0708	0.0675	-0.3721	-0.6933	-0.4539	0.9065	0.6085	0.2276	-0.1648	-0.0821	0.3552	0.1234	0.2107	11.455	24.224	-16.618
9	5.578	0.0679	-1.104	4.1013	1.3099	4.7494	-0.1561	0.1413	-0.0028	0.0288	-0.0168	0.043	-0.4179	-0.0927	0.1729	0.1748	-0.0235	-0.0129	0.0965	-0.0369	0.2065	-8.564	22.961	-46.745
10	8.012	1.0836	2.0243	5.9984	-0.476	3.358	-0.2468	-0.5309	0.5253	0.3195	-0.0167	0.6666	-0.2348	-0.8437	0.2635	0.157	-0.022	0.0418	0.2796	-0.0501	0.2538	-18.757	13.114	-30.447
11	4.2272	-1.6761	0.2484	3.4093	0.1788	8.9657	-0.1435	0.7471	-0.5737	-0.3527	-0.1326	0.2508	0.1751	-0.4176	0.2761	0.0838	-0.0664	0.0248	0.204	-0.1308	0.2692	-10.737	15.782	-51.804
12	5.1843	1.0418	-1.2883	3.6342	-0.6726	2.9745	-0.1564	-0.052	-0.3638	-0.0406	-0.0957	-0.0866	0.3393	-0.4711	0.2521	0.1783	-0.1086	0.0365	0.1906	-0.0464	0.2149	-14.371	0.108	-29.302
13	4.1127	0.5008	-2.1989	3.8674	-1.8153	7.7316	0.2934	0.091	0.267	-0.2088	-0.181	-0.1289	-0.5153	-0.0604	-0.1124	0.2091	0.021	0.0799	0.0133	0.0079	0.218	9.062	-0.112	-46.183
14	11.8747	0.5437	0.3984	3.6885	2.0506	2.6662	-0.1741	0.6059	0.7099	-0.117	0.1419	-0.522	-0.2583	0.7821	0.0323	0.3003	-0.015	0.0456	0.387	0.1693	0.2688	19.512	-9.8	-62.944
15	2.8853	1.5989	-1.7119	2.3742	-0.4196	12.4418	-0.0146	-0.2848	-0.2056	0.102	-0.1875	-0.2804	0.6272	0.4537	0.2022	0.1627	0.0485	0.0621	0.0463	0.0535	0.1996	11.352	-7.345	-41.29
16	6.6643	-1.5772	-1.6796	3.2956	0.4825	4.751	-0.2737	0.0799	-0.9007	0.3504	-0.0171	0.2405	0.6157	0.0245	0.2909	0.3373	0.0212	0.0935	0.067	0.0377	0.2775	14.399	-22.658	-63.747
17	6.3275	0.7557	0.7352	4.5859	-1.1374	6.5853	-0.3532	0.4114	0.1865	-0.3636	0.2535	0.2572	0.6283	-0.9215	0.0996	0.1426	-0.1601	0.0076	0.2644	-0.0344	0.1452	-10.843	-29.938	3.017
18	7.0132	6.4909	-1.6003	13.7226	1.8244	5.0155	-0.2267	0.828	1.0067	-0.7996	0.2784	0.9714	0.2326	-1.5072	-0.0517	0.2814	-0.2314	-0.0861	0.6276	0.1381	0.2544	-2.821	-20.603	-15.782
19	5.4607	1.1164	-0.6156	4.4122	-2.667	12.2638	-0.5307	-0.0327	0.4001	-0.0609	0.1978	-0.3381	0.1657	0.008	0.3329	0.0898	-0.0386	-0.0267	0.0727	-0.0567	0.1716	-3.06	-26.872	5.295
20	3.2793	1.1143	-1.711	6.437	1.1989	6.161	-0.2045	0.179	-0.0725	-0.0967	0.065	-0.3409	0.6556	-0.1976	0.1395	0.1934	-0.1118	-0.0191	0.211	0.0277	0.1244	10.364	-23.01	-16.391
21	2.936	0.0021	0.1376	7.6825	3.9318	10.4451	-0.006	-0.1276	0.3021	0.1834	-0.4818	0.3316	-1.0141	-0.593	0.4877	0.3453	0.0482	-0.0797	0.0777	-0.0401	0.2727	-11.808	-24.097	-50.034
22	3.1247	0.9319	0.9955	12.6391	3.2695	10.3454	-0.035	-0.0328	-0.0375	0.1347	-0.2577	-0.4537	-0.6756	0.5723	0.2927	0.1668	-0.0897	-0.0515	0.0658	0.0631	0.185	-1.693	-29.099	-50.422
23	1.6121	3.913	-3.2856	10.2542	-9.0295	8.1698	0.6017	-0.1465	0.4777	2.1322	0.1426	0.9805	-2.0842	-0.4671	-0.7443	0.9934	0.17	0.1832	0.5073	-0.2589	0.2974	-16.082	-32.643	-35.674
24	9.3056	1.4132	1.5319	13.595	2.441	6.7635	0.2213	0.4155	-0.4093	-0.1929	-0.4335	0.2635	0.2991	-0.2501	0.2122	0.2566	-0.0056	-0.0473	0.1407	-0.0644	0.1686	-10.12	-34.839	-60.724
25	1.6911	2.3496	-4.3061	4.7837	-6.4291	11.1118	0.0065	-0.2083	-0.302	0.4233	-0.7132	-0.2724	-0.1133	0.695	0.7067	0.2461	-0.1205	0.0046	0.2476	-0.0409	0.2143	-9.8	-42.617	-37.675
26	10.7568	0.5606	-0.3023	4.6756	-1.6306	9.4731	-0.0586	-0.3021	-0.5806	0.2333	-0.2087	0.1382	0.0579	-0.1068	0.2674	0.3231	-0.129	0.1469	0.1287	-0.1078	0.1671	-18.204	-50.689	-27.567

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	115 - 145
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	146 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	195 - 281
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	46 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	115 - 144
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	145 - 194
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	195 - 281
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	46 - 115
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	116 - 147
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	148 - 192
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	193 - 281
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	46 - 116
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	117 - 147
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	148 - 192
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	193 - 280
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	46 - 114
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	115 - 144
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	145 - 192
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	193 - 281
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	46 - 81
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	82 - 114
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	115 - 159
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	160 - 179
25	X-RAY DIFFRACTION	25	F	180 - 235
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	236 - 280

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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