PDB-3off: Structured Domain of Drosophila melanogaster Boca p65 2 2 Crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3off

タイトル

Structured Domain of Drosophila melanogaster Boca p65 2 2 Crystal form

要素

LDLR chaperone boca

キーワード

CHAPERONE / mesd / molecular chaperone / protein folding / YWTD propeller / LRP

機能・相同性

機能・相同性情報

protein targeting to membrane / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endomembrane system / Wnt signaling pathway / apical part of cell / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.002 Å

データ登録者

Collins, M.N. / Hendrickson, W.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural Characterization of the Boca/Mesd Maturation Factors for LDL-Receptor-Type beta-Propeller Domains
著者: Collins, M.N. / Hendrickson, W.A.

履歴

登録	2010年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3off.cif.gz	34.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3off.ent.gz	21.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3off.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3off_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3off_full_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示
XML形式データ	3off_validation.xml.gz	7.4 KB	表示
CIF形式データ	3off_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3off ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3off	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ofeC 3ofgC 3ofhC 2i9s 2rqk 2rqm C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zeq-d 1nh9-d 6k4i-d 4pqt-2 2akk-d 1u4a-d 3b1l-d 1h8c-d 3h7s-2 3a4r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LDLR chaperone boca

ヘテロ分子

11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.284, 62.284, 89.675
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1- SO4
2	1	A-174- NA

#1: タンパク質	LDLR chaperone boca 分子量: 10637.482 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 88-172 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: boca, CG30498 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8T9B6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: 48-52% saturated AmSO4, 100mM NaAc pH 5.6-5.8 at 298 C, one of four crystal morphologies, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月9日 / 詳細: monochromator + mirror

放射

モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 11.1 % / Av σ(I) over netI: 20.64 / 数: 144983 / R_merge(I) obs: 0.129 / Χ²: 0.82 / D res high: 2 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 13036 / % possible obs: 99

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.42	40	92.1	1	0.064	1.187	10.3
4.31	5.42	98.2	1	0.063	1.24	10.9
3.76	4.31	98.5	1	0.073	1.336	11
3.42	3.76	98.5	1	0.083	1.127	11.2
3.17	3.42	99.1	1	0.092	0.954	11.5
2.99	3.17	99.2	1	0.103	0.89	11.5
2.84	2.99	99.2	1	0.117	0.855	11.7
2.71	2.84	99.4	1	0.158	0.815	11.8
2.61	2.71	99.2	1	0.207	0.927	11.6
2.52	2.61	99.7	1	0.273	0.844	11.7
2.44	2.52	99.7	1	0.258	0.759	11.6
2.37	2.44	99.7	1	0.281	0.752	11.7
2.31	2.37	99.7	1	0.268	0.621	11.6
2.25	2.31	99.7	1	0.369	0.701	11.5
2.2	2.25	99.7	1	0.396	0.618	11.1
2.15	2.2	99.8	1	0.319	0.573	10.8
2.11	2.15	99.9	1	0.389	0.534	10.7
2.07	2.11	99.8	1	0.416	0.543	10.4
2.03	2.07	99.8	1	0.433	0.528	10.1
2	2.03	100	1	0.43	0.567	9.8

反射

解像度: 2→40 Å / Num. all: 13168 / Num. obs: 13036 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.129 / Χ²: 0.82 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.03	9.8	0.43	661	0.567	100
2.03-2.07	10.1	0.433	655	0.528	99.8
2.07-2.11	10.4	0.416	649	0.543	99.8
2.11-2.15	10.7	0.389	668	0.534	99.9
2.15-2.2	10.8	0.319	642	0.573	99.8
2.2-2.25	11.1	0.396	658	0.618	99.7
2.25-2.31	11.5	0.369	653	0.701	99.7
2.31-2.37	11.6	0.268	670	0.621	99.7
2.37-2.44	11.7	0.281	633	0.752	99.7
2.44-2.52	11.6	0.258	660	0.759	99.7
2.52-2.61	11.7	0.273	664	0.844	99.7
2.61-2.71	11.6	0.207	656	0.927	99.2
2.71-2.84	11.8	0.158	650	0.815	99.4
2.84-2.99	11.7	0.117	645	0.855	99.2
2.99-3.17	11.5	0.103	657	0.89	99.2
3.17-3.42	11.5	0.092	647	0.954	99.1
3.42-3.76	11.2	0.083	650	1.127	98.5
3.76-4.31	11	0.073	642	1.336	98.5
4.31-5.42	10.9	0.063	657	1.24	98.2
5.42-40	10.3	0.064	619	1.187	92.1

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing dm

FOM : 0.66 / FOM acentric: 0.65 / FOM centric: 0.68 / 反射: 6551 / Reflection acentric: 5192 / Reflection centric: 1359

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.7-29.419	0.89	0.93	0.85	342	174	168
3.6-5.7	0.9	0.93	0.84	980	695	285
2.9-3.6	0.82	0.85	0.74	1200	934	266
2.5-2.9	0.7	0.7	0.69	1055	868	187
2.1-2.5	0.55	0.55	0.55	1806	1522	284
2-2.1	0.34	0.34	0.37	1168	999	169

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345	software	データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.002→29.419 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 18.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2257	1198	9.95 %	random
R_work	0.19	-	-	-
obs	0.1935	12039	91.67 %	-
all	-	13133	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.308 Å² / k_sol: 0.375 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.08 Å² / B_iso mean: 24.4629 Å² / B_iso min: 9.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.1982 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.1982 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.3964 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.002→29.419 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	668	0	20	76	764

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	728
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.667	985
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	112
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	125
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.563	254

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0016-2.0817	0.2498	144	0.1991	1263	1407	96
2.0817-2.1764	0.2452	133	0.1902	1193	1326	92
2.1764-2.2911	0.1733	120	0.1779	1132	1252	85
2.2911-2.4346	0.2356	134	0.1859	1163	1297	89
2.4346-2.6225	0.2105	124	0.1857	1063	1187	83
2.6225-2.8862	0.1975	131	0.2111	1196	1327	91
2.8862-3.3033	0.2673	142	0.1828	1306	1448	99
3.3033-4.16	0.1843	134	0.1731	1261	1395	95
4.16-29.4217	0.2404	136	0.1976	1264	1400	96

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関連情報:EMDBヘッダ

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