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- PDB-3of3: Crystal structure of PNP with an inhibitor DADME_immH from Vibrio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3of3
タイトルCrystal structure of PNP with an inhibitor DADME_immH from Vibrio cholerae
要素Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / phophoryl transferase / purine nucleosides / phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


purine-nucleoside phosphorylase / purine nucleoside catabolic process / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DIH / PHOSPHATE ION / Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Kim, J. / Ramagopal, U.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PNP with an inhibitor DADME_immH from Vibrio cholerae
著者: Kim, J. / Ramagopal, U.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年12月12日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
B: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
C: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
D: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
E: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
F: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
G: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
H: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
I: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
J: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
K: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
L: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,15936
ポリマ－313,83612
非ポリマー4,32324
水36,2462012
1
A: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
B: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
C: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
D: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
E: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
L: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,08018
ポリマ－156,9186
非ポリマー2,16212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28110 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area41570 Å2
手法PISA
2
F: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
G: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
H: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
I: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
J: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
K: Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,08018
ポリマ－156,9186
非ポリマー2,16212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28150 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area41660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.375, 160.974, 188.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Purine nucleoside phosphorylase deoD-type 1 / PNP 1


分子量: 26153.006 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: deoD, deoD1, VC_2347 / プラスミド: LIC-PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9KPM0, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-DIH / 7-[[(3R,4R)-3-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-ium-1-yl]methyl]-3,5-dihydropyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one


分子量: 265.288 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N4O3
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2012 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M sodium acetate, 0.1M tri-sodium citrate PH 5.6, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月24日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→43.03 Å / Num. all: 270678 / Num. obs: 270346 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 32.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 26846 / Rsym value: 0.513 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP10.2.23位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VHJ

1vhj


解像度: 1.83→43.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 5.512 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18765 13629 5 %RANDOM
Rwork0.15359 ---
obs0.15529 256929 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.334 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.11 Å20 Å20 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→43.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21771 0 288 2012 24071
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02222624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.97330569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05352911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.59524.7949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.441153876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.27315108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.23406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02116956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6751.514311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.193222944
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08538313
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3414.57625
LS精密化 シェル解像度: 1.829→1.876 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1013 -
Rwork0.243 18556 -
obs-18556 98.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05230.18530.03120.7703-0.01620.54070.06020.00410.0020.2333-0.0503-0.01420.0419-0.0022-0.00980.195-0.0592-0.00020.07450.00170.060842.8625.02185.054
20.01790.11530.03970.86780.29040.60850.0039-0.0032-0.0070.0207-0.05880.0636-0.1226-0.00210.05490.1358-0.0080.00970.0475-0.02210.107544.03368.021160.752
30.01130.06170.02290.5758-0.08560.47290.01-0.00140.01160.0013-0.02-0.03780.1007-0.01850.010.1263-0.0277-0.00520.0608-0.00070.111240.74310.933161.528
40.0386-0.0363-0.15370.35880.06820.749-0.00070.0013-0.0105-0.0681-0.0265-0.0131-0.0788-0.04320.02730.10720.00210.00490.0774-0.00340.112342.37852.229134.361
50.06360.17760.01620.53530.12380.67250.0542-0.0050.00360.1648-0.0540.0448-0.0728-0.0035-0.00020.2053-0.06250.03880.062-0.03860.065141.51455.236184.928
60.02370.01570.0890.5503-0.13150.7404-0.017-0.01510.0187-0.18880.04180.03080.13660.0094-0.02480.1725-0.018-0.01750.07390.00430.104344.60423.42941.718
70.0159-0.0089-0.03610.802-0.03340.5041-0.04050.020.01050.22530.04690.00950.06290.0133-0.00640.19780.01790.01130.07040.01140.074944.52522.83391.358
80.0569-0.0357-0.15920.8206-0.08180.57270.01730.0038-0.00590.05320.06130.0238-0.1521-0.0134-0.07860.1550.01630.02670.05490.00240.10943.14265.98366.911
90.0334-0.10450.12830.7668-0.38340.80850.0202-0.00920.0258-0.09850.02440.00640.2579-0.0135-0.04450.1834-0.0065-0.01020.05330.00170.109242.9358.32467.953
100.02420.004-0.11950.5007-0.01090.9061-0.0122-0.0159-0.0056-0.16520.05460.0285-0.098-0.0248-0.04240.1586-0.0098-0.01070.07240.01570.101641.75750.78240.936
110.02380.0859-0.02830.54340.03770.6890.00860.0204-0.00920.14920.02610.0403-0.1205-0.0126-0.03470.18730.01980.02650.0579-0.00710.081941.43952.87291.185
120.014-0.00440.06890.409-0.03670.58440.0035-0.01650.0182-0.0841-0.018-0.01550.0772-0.00730.01440.1157-0.00730.00670.0772-0.00480.107143.48425.147135.142
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999
5X-RAY DIFFRACTION5E-10 - 9999
6X-RAY DIFFRACTION6F-10 - 9999
7X-RAY DIFFRACTION7G-10 - 9999
8X-RAY DIFFRACTION8H-10 - 9999
9X-RAY DIFFRACTION9I-10 - 9999
10X-RAY DIFFRACTION10J-10 - 9999
11X-RAY DIFFRACTION11K-10 - 9999
12X-RAY DIFFRACTION12L-10 - 9999

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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